Hệ thống thanh tốn thì hoạt động theo chức năng, nhưng về mặt kỹ thuật thì hệ thống này kém phát triển do cơ sở hạ tầng thanh tốn kém và khơng có sẵn các sản phẩm và dịch vụ. Tiền mặt vẫn là phương thức thanh toán chủ yếu đặc biệt giữa các cá nhân mặc dù có sự sụt giảm trong phương thức thanh toán bằng tiền mặt từ 20% năm 2004 xuống còn 18% năm 2006. Và mặc dù số lượng tài khoản cá nhân tăng vọt từ 2 triệu lên 6 triệu tài khoản trong vòng 3 năm qua, số người sử dụng tài khoản chủ yếu là những người có thu nhập cao ở các thành phố hay trong các cơng ty lớn.
Hiện tại, có 6 hệ thống thanh tốn giữa các ngân hàng ở Việt Nam: thanh toán bù trừ dựa trên giấy tờ, thanh toán bù trừ điện tử, hệ thống thanh toán nội bộ của các ngân hàng, hệ thống thanh tốn điện tử thơng qua Ngân hàng Nhà nước, thanh toán điện tử liên ngân hàng, và hệ thống thanh toán bằng thẻ.
Bảng 9 Hệ thống thanh tốn
Loại hình hệ thống thanh toán
Năm bắt đầu Khối lượng thanh
toán/ngày
Giá trị thanh toán (Số lượng) trung bình ngày (tỷ đồng)
Thanh toán bù trừ dựa trên giấy tờ
1991
Hệ thống thanh toán thẻ 1993 16
Thanh tốn điện tử thơng qua ngân hàng Nhà nước
1998 1300-1500 8100
Thanh toán bù trừ điện tử 2002
Thanh toán nội bộ ngân hàng
ngân hàng
Thanh toán điện tử liên ngân hàng
2002 13000-15000 10
Hệ thống thanh toán bằng thẻ được ra đời vào năm 1993 nhưng đến nay vẫn chưa phát triển. Hiện nay có 20 nhà phát hành và 20 ngân hàng đại lý thẻ. Đến tháng 3/2007, cả nước có 3.800 máy ATM, 21.000 điểm bán hàng chấp nhận thẻ, và gần 20.000 đơn vị chấp nhận thẻ. Các ngân hàng đã phát hành 6,2 triệu thẻ thanh toán trong nước và thẻ thanh tốn quốc tế với tốc độ tăng trung bình hằng năm là 200 – 300% trong 1 vài năm gần đây. Hiện tại có 4 hệ thống liên minh thẻ của các ngân hàng chấp nhận thẻ của các đơn vị khác: Ngân hàng Ngoại thương VN, VNBC, BanknetVn và ANZ/Sài Gịn Thương Tín.
Hệ thống thanh toán lõi của Ngân hàng Nhà nước chưa được mở rộng tới tất cả các ngân hàng để đẩy mạnh việc thanh toán liên ngân hàng.