Phương pháp cấy chuyền định kì: áp dụng cho tất cả các loại VSV. Phương pháp này đơn giản, dễ thực hiện nhưng thời gian bảo quản không lâu, tổn thất môi trường, thời gian và phẩm chất ban đầu của giống có thể bị thay đổi sau mỗi lần cấy chuyền.
Phương pháp giữ giống trên môi trường thạch có lớp dầu khoáng: với yêu cầu các chất dầu khoáng như parafin lỏng, vazơlin phải trung tính, độ nhớt cao, khôngđộc hại với VSV và vô trùng ( hấp 1210C, 2 giờ; sấy khô trong tủ sấy ở 1700C, 1-2 giờ). Dầu khoáng được cho lên bề mặt môi trường đã cấy VSV, cách mép trên ống nghiệm 1cm. Đối với VSV kị khí thì cần phải loại bỏ O2 trong môi trường trước khi cấy chúng vào và tiến hành cho lớp dầu khoáng vào thật nhanh. Phương pháp này khá đơn giản nhưng có hiệu quả cao nhờ khả năng làm chậm quá trình biến dưỡng và hô hấp của tế bào động vật, làm VSV phát triển chậm lại. Phương pháp này không làm môi trường mất nước và khô.
Phương pháp giữ giống trên đất, cát, hạt: Đất và cát là môi trường dùng bảo quản các chủng có khả năng tạo bào tử tiềm sinh, thời gian bảo quản từ một đến nhiều năm. Đất, cát sau khi sơ chế ( loại bỏ axit hữu cơ, rửa kỹ, sấy khô, vô trùng) thì được cho vào ống nghiệm có VSV đã phát triển trên môi trường thạch, lắc đều, cho toàn bộ vào ống nghiệm khác và hàn kín miệng sẽ bảo quản được rất lâu; Hạt là môi trường dùng để bảo quản các chủng có dạng sợi sinh bào tử hoặc không, thời gian bảo quản có thể đến một năm. Hạt sau khi được rửa sạch, nấu cho vừa nứt, để ráo, cho vào ống nghiệm và phủ một lớp bông thấm nước nâu hạt, cấy giống vào, khi VSV mọc dầy đặc thì giữ ở nhiệt độ 15 – 200C.
Phương pháp đông khô: làm mất nước tế bào ở trạng thái tự do, làm ngưng hẳn quá trình phân chia của VSV, nhờ đó giống có khả năng chịu được nhiều tác động của
ngoại cảnh. Phương pháp này được áp dụng trong sản xuất, thời gian bảo quản lên đến vài chục năm.
Sự lựa chọn VSV ở giai đoạn phát triển thích hợp cũng là yếu tố khá quan trọng trong việc bảo quản giống.