Khoa nhi được thành lập ngày từ ngày tiếp quản bệnh viện do giáo sư Chu Văn Tường làm trưởng khoa sau này phát triển thành Viện Bảo vệ sức khoẻ trẻ em. Năm 1980, Viện Bảo vệ Sức khoẻ Trẻ em chuyển đến địa điểm mới, một bộ phận tiếp tục ở lại xây dựng và phát triển. Khoa Nhi do GS. TS Trần Qụy làm trưởng khoa, bác sỹ Nguyễn Hoàng Khoa- Phó trưởng khoa với 40 giường điều trị cho trẻ em từ sơ sinh đến 15 tuổi. Từ năm 2000 khoa chuyển sang cơ sở mới do JICA viện trợ với 55 giường bệnh điều trị.
Ban lãnh đạo hiện nay:
1. Giáo sư, Tiến sĩ Trần Qụy: Giám đốc Bệnh viện kiêm trưởng khoa. 2. Tiến sĩ Nguyễn tiến Dũng: Phó trưởng khoa.
3.Thạc sĩ Nguyễn Văn Bàng: Phó trưởng khoa.
Tổ chức nhân sự - Tổng số 32 nhân viên Trong đó Số lượng Giáo sư 01 Tiến sỹ 01 Thạc sỹ 04 Bác sỹ chuyên khoa 2 01 Bác sỹ chuyên khoa 1 04
Cứ nhân điều dưỡng 03
Hộ lý 03
Cán bộ khác 04
Từ 20/11/2000 đến nay, khoa được chia thành 3 phòng như sau:
1. Phòng khám
Có nhiệm vụ thăm khám, phân loại bệnh, điều trị và tư vấn sức khoẻ trong đó có 2 phòng khám bệnh chung được trang bị 2 máy tính nối mạng, 1 phòng khám chuyên khoa về hô hấp trẻ em và hội chẩn các trường hợp bệnh khó và phức tạp. Gần đây do tình hình bệnh hen ở trẻ em tăng lên, nên phát triển một phòng tư vấn hen phế quản được thành lập vào cuối năm 2004.
2. Phòng A1
Có nhiệm vụ cấp cứu điều trị tích cực cho các bệnh nhân nặng và trẻ sơ sinh bao gồm 23 giường bệnh trong đó có 5 giường cấp cứu và điều trị tích cực, 8 giường bệnh nhân nặng, 2 giường điều trị tự nguyện chất lượng cao và từ tháng 3/2003 phát triển thêm 8 giường chăm sóc và điều trị tích cực cho trẻ sơ sinh.
3. Phòng A2
Có nhiệm vụ điều trị cho các bệnh nhi bao gồm các bệnh chuyên khoa của Nội- Nhi như: hô hấp, tiêu hoá, thận tiết niệu, máu, v.v.. Bao gồm 32 giường bệnh chia làm 4 phòng theo các chuyên khoa. Tại phòng này có thêm 1 phòng Thăm dò chức năng nhi với các thăm dò về siêu âm tim mạch và siêu âm tổng quát về tiêu hoá, thận, tiết niệu v.v. điện tâm đồ và đo chức nặng hô hấp.
Tham gia quản lí các bệnh nhân thấp tim, hội chứng thận hư và leucemie thể Lympho v.v.
- Trong 2 năm 2011 và năm 2012 có tổng số 502 trẻ bị TCC nằm điều trị tại khoa.