Khụng những trực tiếp tham gia vào việc thành lập Chớnh phủ thụng qua việc chọn Thủ tướng để Nghị viện phờ chuẩn mà Tổng thống Nga cũn được Hiến phỏp trao quyền lónh đạo Chớnh phủ.
Dưới thời Tổng thống Putin, hệ thống cỏc cơ quan hành phỏp được xõy dựng theo hỡnh chúp mà đỉnh là Tổng thống. Tại tất cả cỏc chủ thể của Liờn bang đều cú đại diện của Tổng thống. Tổng thống điều hành toàn bộ hoạt động của Chớnh phủ, cú thể giải tỏn Chớnh phủ bất cứ lỳc nào. Một số bộ chủ chốt như Bộ Ngoại giao, Bộ Quốc phũng, Bộ Nội vụ… chịu sự điều hành trực tiếp của Tổng thống.
Điều 83 Hiến phỏp Liờn bang Nga quy định: "Tổng thống chủ toạ cỏc
phiờn họp của Chớnh phủ", Điều 80: "Tổng thống căn cứ vào Hiến phỏp và
luật để xỏc định những phương hướng cơ bản cho chớnh sỏch đối nội và đối ngoại của Nhà nước".
Tổng thống đồng thời là Tổng chỉ huy tối cao cỏc lực lượng quõn đội. Chỉ cú Tổng thống mới cú quyền thụng qua Chiến lược quốc phũng của Nga, đề bạt và bói miễn chức vụ người lónh đạo qũn đội.
Như vậy trong hoạt động thực thi phỏp luật ở Liờn bang Nga thỡ sự tỏc động của Nguyờn thủ quốc gia là rất lớn, chi phối đến mọi hoạt động của ngành hành phỏp. Điều đú được thể hiện tập trung nhất qua việc Nguyờn thủ quốc gia cú thẩm quyền chủ toạ cỏc phiờn họp của Hội đồng Chớnh phủ - nơi đề ra cỏc quyết sỏch quan trọng trong việc quản lý điều hành đất nước. Đõy cũng chớnh là biểu hiện đậm nột của chế độ cộng hoà tổng thống vỡ ở cỏc nước đại nghị Nguyờn thủ quốc gia khụng cú quyền tham gia cỏc phiờn họp của Chớnh phủ và hầu như khụng cú tỏc động tới hoạt động của Chớnh phủ. Cũn ở cỏc nước cộng hoà tổng thống thỡ Tổng thống đứng đầu Chớnh phủ nờn nắm quyền hành phỏp là đương nhiờn. Quy phạm hiến định này một lần nữa
khẳng định xu hướng tăng cường một nền hành phỏp mạnh với vai trũ lớn của Nguyờn thủ quốc gia trong cơ cấu tổ chức quyền lực ở Liờn bang Nga.
Cú thể hỡnh dung sự phõn chia thẩm quyền giữa Nguyờn thủ quốc gia và Thủ tướng trong hành phỏp ở Nga như thế này: Nguyờn thủ quốc gia đề ra cỏc chớnh sỏch đối nội và đối ngoại cũn Chớnh phủ thực thi cỏc chớnh sỏch đú. Thủ tướng sẽ là người điều hành Chớnh phủ để thực hiện chớnh sỏch do Nguyờn thủ quốc gia đưa ra. Núi cỏch khỏc Thủ tướng điều hành hoạt động Chớnh phủ để thực hiện chớnh sỏch mà phiờn họp Chớnh phủ dưới sự chỉ đạo của Nguyờn thủ quốc gia đưa ra.
Ở Nga, Chớnh phủ cú những thẩm quyền để điều hành đất nước được quy định tại Điều 114 Hiến phỏp "Chớnh phủ thực thi những quyền hạn do Hiến
phỏp, luật và sắc lệnh của Tống thống trao cho". Điều 113: Thủ tướng tuõn theo Hiến phỏp, luật, sắc lệnh của Tổng thống xỏc định đường lối hoạt động của Chớnh phủ và tổ chức thực hiện cỏc cụng việc đú. Điều 115: Trờn cơ sở và tuõn theo đỳng Hiến phỏp, luật, sắc lệnh của Tổng thống, Chớnh phủ ban hành và đảm bảo thực thi Nghị quyết và Nghị định. Những nghị quyết và nghị định này của Chớnh
phủ bị Tổng thống bói bỏ nếu chỳng trỏi với Hiến phỏp, luật, và sắc lệnh của Tổng thống. Ngồi ra Thủ tướng cũn lónh đạo việc soạn thảo những dự ỏn luật hay dự ỏn sắc lệnh của Tổng thống được Tổng thống uỷ quyền, bỏo cỏo với Tổng thống kết quả thực hiện những nhiệm vụ mà Tổng thống giao phú. Cú thể thấy cỏc hoạt động của Chớnh phủ đều phải tuõn theo và chịu sự giỏm sỏt của Tổng thống.