Hiện nay, cơng tác kiểm tốn nội bộ ở các ngân hàng Việt Nam cịn cĩ nhiều bất cập. Vì vậy, các ngân hàng Việt nam khơng chỉ khĩ phát huy được các tiềm năng sẵn cĩ của mình, mà cịn chậm trễ khắc phục những tồn tại trong quá trình hoạt động của các ngân hàng. Do đĩ, để nâng cao tính hiệu quả và tăng cường năng lực cạnh tranh, NHCTVN cần củng cố hệ thống kiểm tốn nội bộ, cần hồn thiện cơ chế kiểm tra, kiểm tốn nội bộ cho hệ thống mình dựa trên cơ sở quy định khung về những yêu cầu tối thiểu bắt buộc đối với kiểm tra, kiểm tốn nội bộ Ngân hàng thương mại do ngân hàng Nhà nước ban hành.
NHCTVN nên xây dựng hệ thống kiểm tra kiểm tốn nội bộ dưới hai hình thức: Giám sát từ xa và kiểm tra tại chỗ. Giám sát từ xa là kiểm sốt thơng qua các thơng tin báo cáo định kỳ và qua mạng vi tính. Việc kiểm sốt được thực hiện theo một số chỉ tiêu quan trọng như tình hình tăng giảm dư nợ, tăng trưởng huy động vốn, thực hiện quyết định về cho vay và bảo lãnh, việc tính tốn các chỉ tiêu an tồn vốn…Việc kiểm tra tại chỗ là phương pháp chủ yếu và quan trọng nhất để kiểm tra hoạt động của các phịng ban chức năng trong việc tuân thủ các quy chế, quy trình nghiệp vụ hiện hành theo hai kênh: các chi nhánh tự kiểm tra và kiểm tra của Phịng kiểm tra, kiểm tốn nội bộ trung ương.
Hệ thống kiểm tra, kiểm tốn nội bộ của NHCTVN cần tổ chức các cuộc kiểm tra trên diện rộng trong mọi lĩnh vực hoạt động như tín dụng, bảo lãnh, kế tốn, kho quỹ, tiết kiệm… Nĩi chung, NHCTVN nên kiểm tra với phương châm phịng ngừa là chính, phát hiện được các sai phạm để kịp thời nêu ra các kiến
Khơng chỉ cĩ thế, NHCTVN nên xây dựng cho mình một chiến lược phát triển cả trước mắt và lâu dài. Các chiến lược đĩ phải thể hiện từng bước đi cụ thể, cĩ tính khả thi cao, cĩ tính hiệu quả khơng chỉ trước mắt mà cả trong tương lai, đồng thời phù hợp với điều kiện riêng biệt của NHCTVN.