Hệ thống chuyển tiền ñiện tử liên ngân hàng ñược xây dựng theo phương pháp quản lý tài khoản tiền gửi thanh toán phân tán, mỗi chi nhánh của Ngân hàng Thương mại có nhu cầu thanh toán qua Ngân hàng Nhà nước phải mở một tài khoản tiền gửi thanh toán tại Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố trên ñịa bàn. Trung tâm Thanh tốn chỉ nối mạng đến các Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố ñể thực hiện chuyển tiền trong nội bộ hệ thống Ngân hàng Nhà nước. Việc chuyển lệnh thanh toán thực hiện theo tệp (file) và chỉ ñược chuyển ñi sau khi kế toán Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố đã hạch tốn trích tài khoản tiền gửi của chi nhánh Ngân hàng Thương mại yêu cầu chuyển tiền. Hệ thống này chủ yếu thực hiện chuyển tiền giữa các hệ thống ngân hàng với nhau nó chỉ là thực hiện chuyển vốn trong trường hợp tài khoản tiền gởi thanh toán của các đơn vị thanh tốn mở phân tán.. Như vậy, các chi nhánh của Ngân hàng Thương mại thanh tốn với các ngân hàng khác phải thơng qua
Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố chứ khơng chuyển trực tiếp được. Hệ thống này xử lý ñơn giản như khi các ngân hàng có nhu cầu thanh toán, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố trích tài khoản tiền gởi thanh tốn của đơn vị thanh tốn và xử lý lệnh chuyển tiền thông qua hệ thống chuyển tiền ñiện tử ñể chuyển về Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố có đơn vị thanh tốn thụ hưởng. Khi nhận ñược lệnh chuyển tiền ñến nếu thấy hợp pháp, hợp lệ thì kế tốn Ngân hàng Nhà nước chi nhánh tỉnh, thành phố bên thụ hưởng hạch tốn ghi Có tài khoản của đơn vị thụ hưởng thụ hưởng. Trong tương lai khi hệ thống thanh tốn điện tử liên ngân hàng triễn khai hoàn tất thì hệ thống này sẽ khơng cịn tồn tại và sẽ ñược thay thế bằng tiểu hệ thống giá trị cao của hệ thống thanh tốn điện tử liên ngân hàng.