- Bộ máy cơ quan chuyên trách của các đoàn thể vẫn chưa thực sự đáp ứng yêu cầu của theo chức năng nhiệm vụ được quy định của Điều lệ của các tổ chức đó. Đa số cơ quan chuyên trách các đoàn thể đều chưa được Ban Thường vụ Thành ủy xác định chính thức số biên chế phù hợp (bằng văn bản) làm cơ sở để các thủ trưởng cơ quan chuyên trách các tổ chức đoàn thể chủ động trong sắp xếp luân chuyển, tuyển dụng và bố trí cán bộ.
- Do đặc thù các tổ chức đoàn thể khơng phải chỉ là cơ quan hành chính đơn thuần mà chủ yếu đội ngũ cán bộ có nhiệm vụ chun mơn tổ chức các hoạt động phong trào, vận động và tập hợp quần chúng nhân dân theo đối tượng. Mặc dù, cán bộ cơng nhân viên cơ quan chun trách các đồn thể đã thực sự tiết
kiệm nhưng kinh phí quản lý hành chính phục vụ cho hoạt động chun mơn khá cao, tuy nhiên phần kinh phí vẫn khơng đủ đáp ứng được yêu cầu hoạt động.
- Công tác tuyển chọn cán bộ tại các cơ quan chun trách ít thơng qua tuyển dụng mà thường điều động cán bộ từ các cơ sở Đoàn – Hội. Đặc điểm cán bộ tại cơ quan chuyên trách các đoàn thể là thường ln chuyển cơng tác ảnh hưởng ít nhiều đến chất lượng cơng tác tham mưu, công tác vận động quần chúng – cơng tác chính của cán bộ khối đồn thể.
- Do đặc điểm công việc của các cán bộ tại các cơ quan chuyên trách thường xuyên làm việc ngoài giờ, làm việc tại cơ sở, di chuyển nhiều nên tiền lương thu nhập của cán bộ khối cơ quan đồn thể nhìn chung chưa đáp ứng yêu cầu công tác, chưa đủ trang trải nhu cầu của cuộc sống gia đình.