Bên cạnh những đóng góp tích cực của nguồn vốn FDI, cũng phải thấy rằng hiệu quả sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp FDI chưa cao: Chỉ khoảng hơn 50% số doanh nghiệp có lãi, cịn lại là không lãi hoặc lỗ. Mấy năm gần đây, tỷ lệ các doanh nghiệp có lãi đã có chiều hướng tăng lên, tuy nhiên, vẫn chưa tương xứng với mong muốn và tiềm năng của nền kinh tế. Tình trạng bất lợi này sẽ làm nản lòng các nhà đang đầu tư và sẽ làm nhụt chí những nhà đầu tư đang kiếm tìm cơ hội. Mặt khác, kể từ năm 1997, vốn FDI vào Việt Nam liên tục giảm sút, năm 1997: 4.453 triệu USD, năm 1998: 3.897 triệu USD, năm 1999: 1.612 triệu USD, năm 2000: 1.970 triệu USD, năm 2001 tăng lên 2.450 triệu USD, nhưng năm 2002 chỉ thu hút được 1.379 triệu USD, năm 2003 cũng chỉ hơn 2.700 triệu USD.
Nguyên nhân khách quan: Cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ khu vực vào năm
1997 và tiếp đó là sự suy thoái của Hoa Kỳ, Nhật Bản, EU vào các năm 1998 – 2000 làm cho dòng vốn đầu tư từ các nước châu Á và các nước EU, châu Mỹ vào Việt Nam giảm sút. Thêm nữa, việc Trung Quốc gia nhập WTO làm môi trường đầu tư quốc tế chú ý nhiều tới thị trường rộng lớn và đầy tiềm năng này hơn.
Nguyên nhân chủ quan:
- Môi trường pháp lý vẫn chưa minh bạch, chưa rõ ràng, thiếu nhất quán làm cho các nhà đầu tư khó khăn khi tiếp xúc với hệ thống pháp lý, làm xáo trộn các phương án kinh doanh của các nhà đầu tư và gây thiệt hại tới lợi ích của các nhà đầu tư.
- Môi trường đầu tư và môi trường kinh doanh chưa đồng bộ, thiếu sự kết hợp và thiếu tính ổn định; nhiều cơng cụ tài chính và nhiều thị trường chưa phát triển đầy đủ và chưa phát huy hiệu quả gây trở ngại cho quá trình thực hiện đầu tư.
- Việt Nam còn thiếu quy hoạch tổng thể và quy hoạch chi tiết hoặc có quy hoạch nhưng chất lượng chưa cao, dẫn tới tình trạng một số ngành, một số doanh nghiệp FDI cung sản phẩm vượt quá cầu hiện tại (như các dự án khách sạn, sản phẩm điện tử, gia dụng, ô tô ...), dẫn tới tình trạng khơng lãi. Quy hoạch chi tiết của các địa phương chồng chéo, còn tình trạng cạnh tranh để lấp đầy các khu công nghiệp, khu chế xuất.
- Cơ chế quản lý của Nhà nước vừa cồng kềnh, vừa trùng lập, vừa buông lỏng, vừa can thiệp quá sâu vào hoạt động của doanh nghiệp mà vẫn sơ hở như trong các trường hợp chuyển giá, trong các hành vi gian lận thương mại, trốn thuế, đưa thiết bị cũ, lạc hậu vào Việt Nam hoặc lợi dụng độc quyền để đẩy giá sản phẩm lên cao gây thiệt hại cho người tiêu dùng.
- Các vụ gây ô nhiễm môi trường xảy ra ngày càng nhiều, một số con sông như Thị Vải, sông Cầu, sông Nhuệ bị đầu độc bởi các chất thải của các nhà máy đến
mức báo động, mặc dù đã có “Báo cáo đánh giá tác động môi trường”. Nguyên nhân chính của thực trạng đó là do các cơ quan chức năng không thường xuyên giám sát, thanh tra, khi phát hiện cũng không xử lý kịp thời và nghiêm minh, thiếu rất nhiều quy định luật pháp để xử lý.
- Cơ sở hạ tầng yếu kém và quá tải cũng là một yếu tố làm nản lòng các nhà đầu tư. Tình trạng mất điện đột ngột khơng được báo trước, nhiều tuyến giao thông huyết mạch thường xuyên tắc nghẽn, hàng hóa bị ách tắc ở cảng... là những điều đã được phản ảnh đi phản ảnh lại nhiều lần nhưng vẫn không hề được cải thiện.
- Thêm vào đó, với giá nhiên liệu biến động khó lường, có thể nhiều nhà đầu tư sẽ phải định vị lại địa điểm đầu tư lại gần những thị trường tiêu thụ chính để giảm chi phí vận chuyển, và khi ấy Việt Nam có thể khơng tận dụng được một số lợi thế sẵn có của mình.
- Mối liên kết lỏng lẻo giữa khu vực FDI và khu vực kinh tế nội địa cũng là một điểm yếu của nền kinh tế Việt Nam. Bằng chứng rõ ràng là công nghệ phụ trợ của chúng ra rất yếu, và trong nhiều lĩnh vực, để có thể xuất khẩu được thì cần phải nhập khẩu tới 70-80% nguyên vật liệu từ nước ngoài. Điều này một mặt hạn chế tác dụng lan tỏa tích cực của FDI đối với các doanh nghiệp trong nước, mặt khác tăng chi phí kinh doanh của các doanh nghiệp FDI.
- "Thành tích" thu hút FDI hơn 60 tỷ USD trong năm 2008 chủ yếu là do chúng ta quá hào hứng với những siêu dự án liên quan trực tiếp hay gián tiếp đến việc khai thác tài nguyên thiên nhiên (bao gồm đất đai, bờ biển, dầu khí) mà lãng quên những dự án sản xuất hay dịch vụ như ngân hàng, công nghiệp nhẹ, nông-lâm- ngư nghiệp và xây dựng cơ sở hạ tầng. Khơng những thế, sự phấn khích này cũng làm chúng ta trở nên quá dễ dãi với những đánh giá môi trường, không chú trọng đúng mức tới việc cải thiện cơ sở hạ tầng, chất lượng giáo dục và dạy nghề, thủ tục hành chính liên quan đến FDI...
- Các hình thức đầu tư nước ngồi chưa phong phú, hạn chế khả năng góp vốn và hiệu quả sử dụng vốn của các nhà đầu tư nước ngoài.
- Chất lượng lao động của Việt Nam còn thấp, thiếu lao động lành nghề, lao động có kĩ thuật, có khả năng vận hành các thiết bị hiện đại; vì vậy, đã đánh mất lợi thế về lao động do giá nhân cơng có kỹ thuật tăng nhanh. Hơn nữa, cán bộ trong các liên doanh, cán bộ quản lý FDI còn thiếu kiến thức về kinh tế thị trường, không nắm vững pháp luật và trình độ ngoại ngữ cịn yếu, chưa phát huy hết khả năng trong công việc.