PHẦN IV KÉT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Kết quả xác định sự hiện diện của WSSV trong các mẫu tôm
4.2.2 Kết quả PCR-genotyping khuyếch đại vùnglặp lại thuộc ORF
Mẫu tôm sú dùng trong nghiên cứu là các mẫu tôm có kết quả dương tính với WSSV bằng phương pháp Nested-PCR (bộ kit IQ2000) trong 12 ao thuộc các huyện Phú Tân (1 ao), Đầm Dơi (2 ao), Thới Bình (2 ao), Tắc Vân (3 ao), Tân Thành (4 ao). DNA ly trích từ tôm bị nhiễm WSSV đã được sử dụng trong PCR- genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 và tiếp tục được sử dụng trong PCR-genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF125.
1 2 3 4 5 6 M 7 8 9 10
nhiễm và bùng phát dịch bệnh đốm trắng trên tôm không phải là từ giáp xác tự nhiên mà là từ nguồn giống.
Kết quả phân tích PCR-genotyping sử dụng cặp mồi ORF125-flank Forward và ORF125-flank Reverse khuếch đại vùng lặp lại thuộc ORF125 đối với 60 mẫu dương tính với WSSV đã được kiểm tra bằng phương pháp Nested-PCR cho thấy có sự khác nhau về số vùng lặp lại trên bộ gen của WSSV giữa các ao thu được và cả trong cùng một ao (Bảng 4.4), (Hình 4.6). Kết quả PCR-genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF125 trên các mẫu tôm thu tại Cà Mau đã xác định được 5 kiểu gen WSSV có (4, 5, 6, 7, 8 vùng lặp lại) với tỉ lệ tương ứng là 19%, 24%, 47%, 1,3%, 8,7%. Tuy có sự khác biệt số vùng lặp lại giữa các mẫu tôm trong cùng một ao, và giữa các ao, nhưng trong số tất cả các mẫu phân tích thì kiểu gen có 6 vùng lặp lại xuất hiện nhiều nhất, chiếm tỉ lệ cao nhất 47% và thấp nhất có 7 vùng lặp lại chiếm 1,3% so với các vùng lặp lại khác.
Bảng 4.4: Kết quả phân tích các nhóm vùng lặp lại thuộc ORF125 trong các ao tôm thu
tại Cà Mau
Số vùng Số mẫu phân tích của từng ao
thuộc 1 ORF125 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 4 1 5 5 2 5 1 2 2 1 5 5 6 5 5 4 3 5 5 5 7 1 8 1 5
Kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Bui Thi Minh Dieu et al., (2004) sử dụng cặp mồi ORF125-flank Forward và ORF125-flank Reverse khuếch đại vùng lặp lại thuộc ORF125 đã phân lặp được 3 dòng WSSV trên mẫu tôm thu ở miền Trung, Việt Nam tương ứng với số vùng lặp lại là 5, 6, 7. Tuy nhiên kết quả này có phần khác biệt so với kết quả nghiên cứu của Pradeep et al., (2007), đã sử dụng ADN ly trích từ tôm hậu ấu trùng, tôm nuôi có nhiễm WSSV tại Ấn Độ để xác định số vùng lặp lại thuộc ORF75, ORF94, và ORF125. Đối với ORF125, có 11 kiểu gen khác nhau được tìm thấy với số vùng lặp lại từ 2 đến 14. Trong đó số lần
lặp lại được tìm thấy nhiều nhất là 7 lần chiếm 47,1%, không tìm thấy mẫu nào có số vùng lặp lại 6 lần hoặc 13 lần.
1 2 3 4 5 M 6 7 8 9 10
Hình 4.6: Kết quả điện di khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF125 trên mẫu WSSV thu ở Cà Mau. Giếng M thang DNA 1kb Plus. Giếng 1-5 thuộc ao CM7 có 5 vùng lặp lại .
Giếng 6-10 thuộc ao CM8 có 6 vùng lặp lại.
Ngoài ra, trong cùng một ao thì số vùng lặp lại giữa các mẫu là giống nhau (10/12 ao nhiễm WSSV). Đôi khi trong cùng một ao thì lại có sự khác biệt của số vùng lặp lại thuộc ORF125 ao CM2, CM4 điều này cho thấy có hai kiểu gen khác nhau của WSSV. Cũng có khi trong cùng một mẫu lại song song tồn tại hai vùng lặp lại thuộc ORF125 8/60 mẫu, điều này cho thấy hai dòng virut cùng tấn công trên một con tôm. Như vậy cho thấy trong cùng một ao có thể tồn tại nhiều vùng lặp lại thuộc ORF125 tức là có sự khác biệt kiểu gen của WSSV hay có thể nói trong cùng một ao có thể tồn tại nhiều dòng WSSV gây bệnh cho tôm nuôi. Theo Tran Thi Tuyet Hoa et al., (2005) cho rằng sự cảm nhiễm cùng lúc nhiều kiểu gen WSSV trên tôm sú là phổ biến.