PHẦN IV KÉT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Kết quả xác định sự hiện diện của WSSV trong các mẫu tôm
4.2.1.2 Kết quả phân tích các mẫu WSSV thu tại Cà Mau (PCR genotyping ORF94)
genotyping- ORF94)
Mẫu tôm sú dùng trong nghiên cứu là các mẫu tôm có kết quả dương tính với WSSV bằng phương pháp Nested-PCR (bộ kit IQ2000) trong 12 ao thuộc các huyện Phú Tân (1 ao), Đầm Dơi (2 ao), Thới Bình (2 ao), Tắc Vân (3 ao), Tân Thành (4 ao). DNA ly trích từ tôm bị nhiễm WSSV được sử dụng trong PCR- genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94.
Bằng phương pháp PCR-genotyping sử dụng cặp mồi ORF94-F và ORF94-R cho thấy có sự khác biệt về số vùng lặp lại thuộc ORF94 trên bộ gen WSSV giữa các ao thu được và ngay trong cùng một ao. Kết quả PCR-genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 trên các mẫu tôm thu tại Cà Mau đã xác định được 7 kiểu gen WSSV tương ứng với 4, 5, 6, 7, 8, 9,10 vùng lặp lại (Bảng 4.3) (Hình 4.4). Trong đó 6, 8 vùng lặp lại chiếm tỉ lệ cao nhất so với các vùng khác 24,6%, tiếp sau đó là 5 vùng lặp lại chiếm 20,5%, 7 vùng lặp lại chiếm 13,9%, 4 vùng lặp lại chiếm 10,9%, 10 vùng lặp lại chiếm 3%, và thấp nhất là có 9 vùng lặp lại chiếm 1,5%.
Bảng 4.3: Kết quả phân tích các nhóm vùng lặp lại thuộc ORF94 trong các ao tôm thu tại Cà Mau
Hình 4.4: Kết quả điện di khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 trên mẫu WSSV thu ở Cà Mau. M: Thang DNA 1kb plus. Giếng 1-5 thuộc ao CM1 có 5 vùng lặp lại.
Giếng 6-10 thuộc ao CM2 có 6 vùng lặp lại.
Kết quả đạt được tương tự như trong nghiên cứu của Wongteerasupaya et al.,
(2003) đã xác định được 12 kiểu gen của WSSV Thái Lan nhờ vào số lần lặp lại của trình tự 54 bp thuộc ORF94 từ 6 đến 20 lần, trong đó 8 lần lặp lại chiếm nhiều nhất 32%. Ngân hàng gen ghi nhận số vùng lặp lại của WSSV Thái Lan và WSSV của Đài Loan là 6 vùng lặp lại. Và Tran Thi Tuyet Hoa et al, (2005) khi nghiên cứu trên tôm nuôi ở Việt Nam bằng phương pháp PCR-genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 cho rằng kiểu gen của WSSV được phân lặp trên tôm bệnh đốm trắng có số vùng lặp lại là từ 4 đến 9 trong đó 7 vùng lặp lại chiếm tỉ lệ cao nhất.
Số Số mẫu phân tích của từng ao ;u?. CM1 lặp lại thuộc ORF94 CM2 CM3 CM4 CM5 CM6 CM7 CM8 CM9 CM10 CM11 CM12 4 5 2 5 5 5 4 6 5 5 1 5 7 3 5 1 8 1 2 5 5 3 9 1 10 1 1 1 2 3 4 5 M 6 7 8 9 10 507 bp
Theo kết quả nghiên cứu Lê Vân Hải Yến, (2006) xác định số vùng lặp lại thuộc ORF94 trên các mẫu tôm thu tại Sóc trăng là 5, 7, 8, 12, trong đó kiểu gen có 8 vùng lặp lại chiếm nhiều nhất 50%, và tại Trà Vinh là 5, 8, 9 vùng lặp lại và kiểu gen có 8 vùng lặp lại chiếm tỉ lệ cao nhất 57,1%, và không có mẫu nào có 6 vùng lặp lại. Kết quả này có sự khác biệt lớn đối với kết quả nghiên cứu của Triệu Thanh Tuấn, (2006) khi sử dụng PCR-genotyping khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 trên các mẫu tôm thu tại Cà Mau và Bạc Liêu đã phân lập được 6 kiểu gen tương ứng WSSV, từ 4 đến 16 vùnglặp lạitrong đókiểu gen có 5 vùng lặp lại chiếm tỷ lệ cao nhất (48,8% ở Bạc liêu, 68,4% ở Cà Mau) và không có mẫu có 6, và 8 vùng lặp lại đối với mẫu tôm thu tại Bạc Liêu và 8 vùng lặp lại đối với mẫu tôm thu tại Cà Mau. Pradeep et al., (2007), đã sử dụng ADN ly trích từ tôm hậu ấu trùng, tôm nuôi có nhiễm WSSV tại Ân Độ để xác định số vùng lặp lại thuộc ORF75, ORF94, và ORF125. Đối với ORF94, có 13 kiểu gen được tìm thấy với số vùng lặp lại từ 2 đến 16. Trong đó 7 vùng lặp lại chiếm cao nhất 11,3% không có mẫu nào có số vùng lặp lại 11 lần hoặc 15 lần được tìm thấy.
Theo bảng 4.1 cho thấy 3 ao CM1, CM3, CM4 đều thuộc xã Tân Thành, thành phố Cà Mau các ao này gần nhau. Trong đó CM1 thả giống miền Trung, CM3, CM4 cùng có nguồn giống Cái Nước. Khi so sánh số vùng lặp lại giữa các ao tôm nhiễm WSSV cho thấy các ao CM1, CM3, CM4 đều có 5 vùng lặp lại. Kết quả này có thể dự đoán bệnh đốm trắng trên tôm sú ở các ao này là cùng một kiểu gen WSSV. Trong trường hợp này có thể WSSV đã lây nhiễm theo chiều ngang giữa các ao trong vùng. Theo Bùi Quang Tề, (2003) cho rằng WSSV lây nhiễm chủ yếu theo chiều ngang. Hai ao CM6, CM7 được thu cùng một ngày, cùng thuộc xã Hồ Thị Kỹ huyện Thới Bình, nhưng có số vùng lặp lại khác nhau. Theo bảng 4.1 hai ao này có nguồn giống khác nhau, ao CM6 thả giống miền Trung, ao CM7 thả giống Gành Hào. Kết quả này cho thấy bệnh đốm trắng trong hai ao này có kiểu gen khác nhau, trong trường hợp này có thể WSSV lây truyền qua nguồn tôm giống. Theo Tran Thi Tuyet Hoa et al., (2005) cho rằng nguồn gốc chính của sự lây
Hình 4.5: Kết quả điện di khuyếch đại vùng lặp lại thuộc ORF94 trên mẫu WSSV thu ở Cà Mau. Giếng M thang DNA 1kb plus (invitrogen).Giếng 1, 2, 3 thuộc ao CM4 ( giếng
3 có 2 vạch tương ứng 5 và 8 vùng lặp lại). Giếng 4,5, thuộc ao CM9. Giếng 7, 8, 9, 10 thuộc ao CM12 (giếng 7 có 2 vạch tương ứng với 8 và 9 vùng lặp lại)
Trong cùng một ao thì số vùng lặp lại hầu như hoàn toàn giống nhau 9/12 ao chỉ có 3 ao có số vùng lặp lại khác nhau là CM4, CM6, CM12 (Hình 4.5). Như vậy bệnh đốm trắng trên tôm trong cùng một ao cảm nhiễm cùng một kiểu gen WSSV (9/12 ao). Đôi khi trong cùng một ao số vùng lặp lại khác nhau tức là có sự biến đổi kiểu gen của WSSV nó tồn tại hai vùng lặp lại trên cùng một bộ gen. Có trường hợp trong cùng một mẫu có 2 vùng lặp lại thuộc ORF94 (5/60 mẫu) nghĩa là trong cùng một con tôm có sự hiện diện của hai kiểu gen WSSV. Theo Tran Thi Tuyet Hoa et al., (2005) cho rằng sự cảm nhiễm cùng lúc nhiều kiểu gen WSSV trên tôm sú là phổ biến.