Thực hiện theo quyết định số 37/2006/QĐ-NHNN về Quy chế kiểm toán nội bộ của TCTD ngày 01/08/2006, Phịng KTNB VPBank chính thức thành lập từ ngày 27/12/2006 theo quyết định số 615-2006/QĐ-HĐQT của Hội đồng quản trị VPBank. Theo quy chế tổ chức hoạt động ban hành kèm theo quyết định trên, phòng KTNB là đơn vị chuyên trách thực hiện hoạt động kiểm toán nội bộ của VPBank.
Theo mơ hình tổ chức VPBank, vị trí chức năng của Phòng KTNB VPBank là bộ phận chun mơn về kiểm tốn trong VPBank được tổ chức theo ngành dọc, trực thuộc và chịu sự chỉ đạo, điều hành trực tiếp của Ban kiểm soát.
Từ khi thành lập từ năm 2006 đến nay, phòng KTNB đã nhiều lần thay đối cách tổ chức và hoạt động. Ban đầu hoạt động phòng KTNB hoạt động với số lượng nhân sự khoảng 5 người tại Hội sở chính, các KTVNB khác được bố trí làm việc tại các Chi nhánh VPBank. Sau khi xem xét và đánh giá hiệu quả hoạt động trong năm 2008, đầu năm 2009 Phịng Kiểm tốn nội bộ đã đề xuất với Ban Kiểm soát và Hội động quản trị thay đổi mơ hình hoạt động theo hướng cắt giảm các kiểm toán viên tại các chi nhánh (do có một số hạn chế về tính độc lập và khả năng làm việc một mình của các kiểm toán viên tại chi nhánh), tăng cường kiểm tốn viên tại Hội sở và khu vực phía Nam. Qua hoạt động thực tiễn, Phòng KTNB đã đề xuất và được Ban Kiểm sốt phê duyệt mơ hình hoạt động với ba bộ phận:
Bộ phận rà sốt, đánh giá Quy trình, Quy chế và các quy định nghiệp vụ VPBank. Bộ phận này đảm nhận nhiệm vụ rà soát, xem xét, tổng hợp các quy định nghiệp vụ của Ngân hàng với các mục đích: xem xét tính đầy đủ, phù hợp của hệ thống văn bản quy định trong ngân hàng để có những kiến nghị kịp thời với Ban điều hành; hệ thống hóa các quy định nghiệp vụ để phục vụ đào tạo nội bộ trong phịng và hỗ trợ cho Kiểm tốn viên trong việc Giám sát từ xa hoặc Kiểm toán tại đơn vị; nghiên cứu đề xuất các phương thức kiểm toán, các lĩnh vực cần tập trung kiểm toán và các mẫu biểu kiểm toán phù hợp trong từng ra giai đoạn nhất định, trình Lãnh đạo Phịng xem xét.
hàng tháng nhằm kịp thời phát hiện các sai sót trong tác nghiệp tại các chi nhánh của VPBank. Với mỗi sai sót đều có mức điểm đánh giá bị trừ vào điểm hoàn thành kế hoạch tại đơn vị, do đó đã nâng cao ý thức tuân thủ nghiệp vụ của toàn thể cán bộ nhân viên trên toàn hệ thống.
Bộ phận Kiểm toán hoạt động tại các đơn vị. Bộ phận này thường xuyên thực hiện các đợt kiểm toán theo Kế hoạch KTNB năm đã được Ban Kiểm soát phê duyệt và các đợt kiểm toán đột xuất theo yêu cầu của Hội đồng Quản trị, Ban Kiểm soát và Ban Tổng Giám đốc.
Trải qua quá trình hoạt động, cùng với sự chuyển đổi chung của Ngân hàng, Phòng KTNB VPBank nâng cấp tổ chức lại thành mơ hình Khối theo quyết định số 1195/2011/QĐ-HĐQT ngày 13/10/2011.