địa hình đảo là đồi thấp với đỉnh cao nhất trên 160m, chia cắt đơn giản, độ chia cắt thấp, diện tích thu thủy hạn chế, thêm vào đó, mặt đệm dưới thảm rừng cũng như lớp thổ nhưỡng đã bị phá hủy, bào mịn sâu sắc, do đó khơng có giá trị giữ, tích trữ nước và điều tiết dịng chảy trên mặt, nên hầu hết chỉ có dịng chảy tạm thời. Các suối tập trung chủ yếu ở phần phía Bắc của đảo gồm: Suối Hải Tiến khá dài và thoải, với chiều dài khoảng 1,23km. Suối thuộc khu vực đồng bằng thôn Hải Tiến, chảy theo hướng TB-ĐN và đổ vào vụng Hồng Vàn. Mật độ sông suối trong lưu vực đạt 0,38 km/km2, tương ứng với diện tích lưu vực là 3,27 km2; Suối Vàn Chảy nằm phía Tây thơn Nam Đồng với chiều dài là 0,43km, thuộc khu vực đồng bằng thôn Nam Đồng. Mật độ sông suối trong lưu vực đạt 0,33 km/km2, tương ứng với diện tích lưu vực là 1,28 km2; Suối Hồng Vàn nằm phía Đơng thơn Nam Đồng với chiều dài là 1,26km, thuộc khu vực đồng bằng thôn Nam Đồng. Mật độ sông suối trong lưu vực đạt 0,98 km/km2, tương ứng với diện tích lưu vực là 1,29 km2. Trừ suối Hồng Vàn là có nước vào mùa khơ, cịn phần lớn khe, suối bị khô cạn vào mùa khô..
Trên đảo Cơ Tơ có 11 hồ chứa nhỏ. Nước trong hồ phục vụ ăn uống, sinh hoạt, trồng trọt và chăn nuôi. Theo kết quả điều tra thực địa, dung tích hồ được xác định vào mùa mưa cịn về mùa khơ thì hầu như chúng bị cạn chỉ trừ một số hồ là có nước, ví dụ như hồ C4. Hồ C4 là lớn nhất trên đảo, có đường kính trung bình khoảng 80m; nó có khả năng cung cấp nước cho khoảng 2000 người dân thị trấn Cô Tơ, với lưu lượng khoảng 100 nghìn m3/năm và tưới cho một diện tích rất nhỏ là 25ha.
Đánh giá chung thì nước hồ khu vực nghiên cứu chỉ có khả năng cung cấp nước vào mùa mưa, cịn về mùa khơ thì sẽ thiếu nước.