Theo Nghị quyết số 41/NQ-TW ngày 15/11/2004 của Bộ Chính trị về bảo vệ môi trƣờng trong thời kỳ đẩy mạnh cơng nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nƣớc, hoạt động bảo vệ mơi trƣờng cần đƣợc đa dạng hóa các nguồn đầu tƣ. Riêng ngân sách nhà nƣớc cần có mục chi riêng cho hoạt động sự nghiệp môi trƣờng và tăng chi để bảo đảm đến năm 2006 đạt mức chi không dƣới 1% tổng chi ngân sách nhà nƣớc và tăng dần tỷ lệ này theo tốc độ tăng trƣởng của nền kinh tế.
Hàng năm, căn cứ Quyết định số 59/2010/QĐ-TTg ngày 30/9/2010 của Thủ tƣớng Chính phủ về việc ban hành định mức phân bổ dự toán chi thƣờng xuyên ngân sách nhà nƣớc năm 2011, đối với nguồn kinh phí sự nghiệp mơi trƣờng, trên cơ sở tổng dự tốn chi sự nghiệp mơi trƣờng của ngân sách nhà nƣớc, trong đó ngân sách trung ƣơng 15%, ngân sách địa phƣơng 85%.
Trong giai đoạn 2011-2015, về cơ bản tổng kinh phí chi sự nghiệp môi trƣờng đã đảm bảo ở mức không dƣới 1% tổng chi ngân sách nhà nƣớc theo quy định. Tỷ lệ chi ngân sách trung ƣơng là 14% và địa phƣơng là 86% trong tổng chi 1% sự nghiệp môi trƣờng gần đáp ứng quy định tại Quyết định số 59/2010/QĐ- TTg ngày 30 tháng 9 năm 2010 của Thủ tƣớng Chính phủ. Trong đó, chi sự nghiệp mơi trƣờng ở ngân sách trung ƣơng hỗ trợ có mục tiêu cho các địa phƣơng chiếm
tới 35%, chủ yếu để hỗ trợ xử lý các cơ sở gây ô nhiễm môi trƣờng nghiêm trọng thuộc khu vực cơng ích ở các địa phƣơng có khó khăn về nguồn thu; chi ở các Bộ, ngành, cơ quan trung ƣơng để thực hiện các nhiệm vụ theo chức năng, nhiệm vụ đƣợc giao chiếm khoảng 35%).