1.3.2.1. Điện di trên gel agarose
Một phương pháp đơn giản, thường được dùng cho các phản ứng khuếch đại DNA đó là điện di trên gel agarose. Tương tự như với PCR, sau khi kết thúc quá trình nhân gen dung dịch sau phản ứng có thể phát hiện bằng cách điện di trên gel agarose 2%, hiệu điện thế 90V, trong 30 phút, với thuốc nhuộm Ethidium bromide. Do sản phẩm DNA khuếch đại có cấu trúc vịng lặp và độ dài khác nhau nên khi đặt dưới ánh sáng UV, sản phẩm điện di sẽ xuất hiện một dải gồm nhiều băng có dạng bậc thang, kích thước tăng dần từ kích thước băng cơ sở [38].
1.3.2.2. Phát hiện dựa vào chất phát huỳnh quang
Sản phẩm của phản ứng LAMP là DNA dạng mạch kép, cho nên có thể được phát hiện bằng cách sử dụng các thuốc nhuộm DNA sợi đôi như SYBR Green I, Picogreen I, SYBR Gold hoặc EvaGreen... SYBR Green là một thuốc nhuộm cyanine bất đối xứng, thường sử dụng nhuộm axit nucleic trong sinh học phân tử. SYBR Green liên kết với DNA hình thành phức hợp DNA- SYBR hấp thụ ánh sáng màu xanh (λmax = 488 nm) và phát ra ánh sáng màu xanh lá cây (λmax = 522 nm). SYBR Green khi chèn vào sợi đôi DNA sẽ phát huỳnh quang, cường độ phát quang tỷ lệ thuận với số lượng DNA sợi đôi. Do vậy, rất thích hợp để sử dụng phát hiện sản phẩm phản ứng LAMP với số lượng bản sao DNA rất lớn. Sau khi phản ứng
Quá trình khuếch đại
Điện di trên gel agarose
Chỉ thị màu Phát hiện
LAMP kết thúc, bổ sung 1 µl SYBR Green I 1000x, những mẫu nào dương tính sẽ chuyển sang màu xanh lá cây, những mẫu nào âm tính sẽ có màu vàng cam [26].
1.3.2.3. Phát hiện dựa vào sản phẩm phụ của phản ứng
- Đo độ đục:
Sau phản ứng LAMP ngoài tạo ra DNA với hàm lượng lớn, còn tạo ra sản phẩm phụ của phản ứng là ion pyrophotphat (P2O74-) nên khi kết hợp với ion Mg2+ trong dung dịch phản ứng sẽ tạo thành Mg2P2O7 (Magnesium pyrophosphate) có kết tủa màu trắng, làm cho hỗn hợp sau phản ứng bị đục. Như vậy có thể quan sát độ đục của sản phẩm phản ứng LAMP bằng mắt thường hoặc ly tâm quan sát lượng kết tủa trong ống phản ứng hoặc thơng qua đo độ đục ở bước sóng 400 nm [33].
- Sử dụng chỉ thị kim loại phát huỳnh quang:
Ngoài các phương pháp kể trên, sản phẩm của phản ứng LAMP cịn có thể được phát hiện bằng cách sử dụng các chỉ thị kim loại phát huỳnh quang. Các chỉ thị này có khả năng bắt cặp với DNA sợi đôi với hàm lượng lớn làm xuất hiện tín hiệu huỳnh quang, chuyển từ màu cam sang xanh hoặc tím hoặc tùy hàm lượng DNA được khuếch đại nhiều hay ít thì chỉ thị màu sẽ thay đổi theo các dải màu sắc khác nhau.