Việc xỏc lập quyền đối với nhón hiệu được thực hiện theo nguyờn tắc đăng ký với cơ quan nhà nước cú thẩm quyền theo trỡnh tự, thủ tục do phỏp luật quy định cụ thể. Theo Điều 6 Nghị định 103/2006/NĐ-CP quy định chi tiết hướng dẫn thi hành một số điều luật SHTT về SHCN thỡ quyền sở hữu đối với nhón hiệu "được xỏc định trờn cơ sở quyết định của cơ quan quản lý nhà nước về SHCN cấp văn bằng bảo hộ cho người nộp đơn đăng ký", và quyền sở hữu đối với nhón hiệu đăng ký quốc tế theo Thỏa ước Madrid và Nghị định thư Madrid được xỏc lập trờn cơ sở cụng nhận của cơ quan quản lý nhà nước đối với đăng ký quốc tế đú. Cũn đối với nhón hiệu nổi tiếng thỡ "được xỏc lập trờn cơ sở thực tiễn sử dụng rộng rói nhón hiệu đú theo quy định tại Điều 75 Luật SHTT mà khụng cần thủ tục đăng ký". Theo quy định của phỏp luật Việt Nam hiện hành, quyền nộp đơn đăng ký nhón hiệu thuộc về cỏc cỏ nhõn, phỏp nhõn cú hoạt động sản xuất, kinh doanh hợp phỏp. Cỏc chủ thể này cú thể chỉ thực hiện việc sản xuất sản phẩm hoặc chỉ thực hiện kinh doanh dịch vụ hoặc cú cả hai chức năng. Phỏp luật cũng cho phộp một cơ sở thương mại nộp đơn đăng ký nhón hiệu cho hàng húa do mỡnh đưa ra thị trường nhưng do người khỏc sản xuất với điều kiện người sản xuất khụng sử dụng và khụng phản đối việc đăng ký đú.
Về việc nguyờn tắc xỏc lập quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý, trước khi cú Luật SHTT 2005, phỏp luật Việt Nam cú sự phõn biệt về phương thức bảo hộ và nguyờn tắc xỏc lập quyền giữa chỉ dẫn địa lý và tờn gọi xuất xứ: Quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý được xỏc lập theo nguyờn tắc tự động theo Nghị định 54/2000/NĐ-CP; quyền SHCN đối với tờn gọi xuất xứ hàng húa được xỏc lập theo nguyờn tắc đăng ký với cơ sở phỏp lý là Nghị định 63/CP. Việc quy định hai nguyờn tắc bảo hộ khỏc nhau cho hai đối tượng cú nội hàm là tập hợp con của nhau như vậy là khụng hợp lý. Cỏc quy định của Nghị định 54/2000/NĐ-CP hầu như khụng được thực thi do khụng phự hợp với yờu cầu của thực tế; trong khi đú, quy định về trỡnh tự, thủ tục đăng bạ tờn gọi xuất xứ hàng húa theo Nghị định 63/CP và Thụng tư 3055/TT-SHCN khụng rừ ràng, đầy đủ để cú thể ỏp dụng. Hậu quả của bất cập này là cho đến nay, Cục SHTT mới đăng bạ được 4 tờn gọi xuất xứ là nước mắm Phỳ Quốc, chố Shan tuyết Mộc chõu, cà phờ Buụn Ma Thuột và Bưởi Đoan Hựng; trong khi đú, theo điều tra mới nhất của nhúm điều tra MALICA (Nhúm nghiờn cứu phỏt triển nụng nghiệp của cỏc thành phố Chõu Á - Phỏp), Việt Nam cú đến 265 loại đặc sản do người tiờu dựng bầu chọn [33].
Luật SHTT đó cú thay đổi về nguyờn tắc xỏc lập quyền đối với chỉ dẫn địa lý nhằm khắc phục bất cập nờu trờn, theo đú, chỉ dẫn địa lý được bảo hộ theo nguyờn tắc đăng ký. Việc quy định đăng ký chỉ dẫn địa lý như là một sự kiện phỏp lý làm phỏt sinh quyền sử dụng đối với tờn gọi xuất xứ hàng húa hoàn toàn đỏp ứng cỏc yờu cầu của thực tiễn bảo hộ đối tượng này trờn thế giới. Yờu cầu này đó được đưa ra trong Hiệp ước Lisbon, Quy chế 2081/91, 2081/92 của Ủy ban Chõu Âu và quy định phỏp luật của nhiều nước trờn thế giới.