Hệ thống pháp luật về TT&TT mặc dù đã được từng bước hoàn thiện nhưng chưa đáp ứng yêu cầu của thực tiễn công tác quản lý, thực tiễn phát triển của hoạt động TT&TT. Với sự phát triển như vũ bão của CNTT và sự thay đổi nhanh chóng của đời sống, nhìn chung, các văn bản quy phạm pháp luật còn thiếu đồng bộ, việc sửa đổi, bổ sung tiến hành chậm. Đồng thời một số lĩnh vực được Chính phủ giao tại Nghị định 187/2007/NĐ-CP, nhưng trong quá trình thực hiện bộc lộ những bất cập, chồng lấn không rõ ràng về chức năng, nhiệm vụ giữa hai Bộ: Bộ TT&TT và Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch ảnh hưởng khơng nhỏ đến hiệu lực, hiệu quả công tác thanh tra. Cụ thể:
- Dự thảo Nghị định về tổ chức và hoạt động của Thanh tra TT&TT đã được Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ thẩm định và trình Chính phủ ngày 14/4/2008. Chính phủ đã lấy ý kiến thành viên Chính phủ, 25/26 thành viên đồng ý với nội dung của Dự thảo. Riêng Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch khơng đồng ý
với một nội dung là thẩm quyền quản lý nhà nước đối với "bản quyền phần mềm máy tính" quy định tại điểm k khoản 1 Điều 18 dự thảo Nghị định. Ngày 7/8/2008, Vụ Tổ chức Cơng vụ - Văn phịng Chính phủ tổ chức cuộc họp có sự tham gia của Bộ TT&TT, Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch, Bộ Tư pháp và Bộ Nội vụ. Tại cuộc họp, đại diện Bộ Tư pháp, Bộ Nội vụ có phát biểu: "căn cứ theo các quy định của pháp luật hiện hành, thẩm quyền quản lý nhà
nước trong lĩnh vực bản quyền phần mềm máy tính thuộc Bộ TT&TT cịn Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch quản lý nhà nước mang nặng tính chất về văn hóa, nghệ thuật". Tuy nhiên, ngày 25/8/2008, Văn phịng Chính phủ có cơng
văn số 5567/VPCP-TCCV yêu cầu Bộ TT&TT bỏ cụm từ "bản quyền phần mềm máy tính" ra khỏi dự thảo Nghị định. Ngày 06/11/2008, Văn phịng Chính phủ có cơng văn số 7649/VPCP-TCCV thông báo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ "đưa vấn đề nhiệm vụ quyền hạn quản lý nhà nước của Bộ TT&TT trong lĩnh vực quyền tác giả và sở hữu trí tuệ ra Thường trực Chính phủ cho ý kiến". Nhưng cho đến nay, vấn đề trên vẫn chưa được đưa ra trong các cuộc họp Thường trực Chính phủ. Tiếp theo, Văn phịng Chính phủ có 02 cơng văn: cơng văn số 6010/VPCP-TCCV ngày 01/9/2009 và công văn số 2056/VPCP-TCCV ngày 30/3/2010 yêu cầu Bộ TT&TT sửa đổi Điều 2 Nghị định số 187/2007/NĐ-CP theo hướng bỏ nhiệm vụ, quyền hạn quản lý nhà nước về quyền tác giả, quyền liên quan, sau khi sửa Điều 2 Nghị định số
187/2007/NĐ-CP sẽ đưa nội dung sửa đổi đó vào Dự thảo Nghị định về tổ chức và hoạt động của Thanh tra TT&TT thì Chính phủ mới ban hành. Bộ TT&TT đã có 07 văn bản giải trình, nói rõ trách nhiệm quản lý nhà nước về quyền tác giả, quyền liên quan trong hoạt động TT&TT là hợp lý, hợp pháp, thể hiện ở những khía cạnh như sau:
Thứ nhất, trách nhiệm quản lý nhà nước về quyền tác giả và quyền
liên quan chỉ giới hạn trong lĩnh vực TT&TT, không chồng chéo với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các bộ, ngành khác. Tại điểm a, b khoản 19 Điều 2 Nghị định 187/2007/NĐ-CP ngày 25/12/2007 của Chính phủ quy định
nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ TT&TT:"Chỉ đạo và tổ chức thực hiện các quy
định của pháp luật về quyền tác giả đối với sản phẩm báo chí, xuất bản, bản quyền về sản phẩm và dịch vụ công nghệ thông tin và truyền thơng...". Trong
đó, sản phẩm CNTT bao gồm cả sản phẩm phần cứng máy tính, sản phẩm phần mềm máy tính. Theo Khoản 12 Điều 4 Luật CNTT sản phẩm phần mềm máy tính cũng chính là chương trình máy tính. Tại điểm c khoản 10 Điều 2 Nghị định số 185/2007/NĐ-CP ngày 25/12/2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thì Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch có nhiệm vụ:"Bảo vệ quyền
và lợi ích hợp pháp của Nhà nước, tổ chức, cá nhân trong lĩnh vực quyền tác giả, quyền liên quan đối với tác phẩm văn học, nghệ thuật".
Thứ hai, quyền tác giả, quyền liên quan có sự gắn kết chặt chẽ, khơng
thể tách rời trong hoạt động thuộc các lĩnh vực TT&TT, đặc biệt là báo chí, xuất bản, CNTT. Hoạt động báo chí, xuất bản là hoạt động đặc thù, rất nhạy cảm có liên quan chặt chẽ, mật thiết với quyền tác giả, quyền liên quan. Quyền tác giả, quyền liên quan chủ yếu phát sinh thông qua hoạt động xuất bản. Một tác phẩm nếu chưa thông qua hoạt động xuất bản thì xét về mặt lý thuyết đã phát sinh quyền tác giả nhưng trên thực tế các tranh chấp về quyền tác giả và đặc biệt là quyền liên quan thường xảy ra sau khi tác phẩm được công bố. Nếu không quy định thẩm quyền quản lý cho Bộ TT&TT sẽ không chỉ gây khó khăn trong cơng tác quản lý nhà nước về báo chí, xuất bản nói chung, mà cịn gây khó khăn cho bản thân các cơ quan báo chí, xuất bản khi họ phải chịu sự quản lý của nhiều cơ quan khác nhau, dễ gây ra chồng chéo hoặc có thể tạo ra khoảng trống trong quản lý nhà nước khi quy định không sát với thực tiễn.
Việc chậm ban hành Nghị định về tổ chức và hoạt động của Thanh tra TT&TT đã gây nhiều khó khăn cho hoạt động của tồn bộ hệ thống thanh tra TT&TT bao gồm Thanh tra Bộ TT&TT và Thanh tra của 63 Sở TT&TT các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong suốt thời gian dài 3 năm qua. Hiện nay Thanh tra TT&TT đang hoạt động theo Nghị định 115/2006/NĐ-CP
ngày 04/10/2006 của Chính phủ về tổ chức và hoạt động của Thanh tra BCVT và CNTT mà thực chất đã thay đổi toàn bộ về cơ sở pháp lý và khơng cịn phù hợp với thực tiễn quản lý. Những hoạt động của Thanh tra TT&TT nhất là việc thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm trong lĩnh vực báo chí, xuất bản đang thực hiện là không đúng quy định của pháp luật, khơng có cơ sở pháp lý vì Nghị định về tổ chức và hoạt động của Thanh tra TT&TT vẫn chưa được Chính phủ ban hành.
- Nghị định số 47/2009/NĐ-CP ngày 13/5/2009 của Chính phủ quy định xử phạt VPHC về quyền tác giả, quyền liên quan, Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 30/6/2009, thay thế các quy định tại Điều 44, 45, 46 và Điều 47 Mục 7 Chương II và các quy định khác tại Nghị định số 56/2006/NĐ-CP ngày 06 tháng 6 năm 2006 của Chính phủ về xử phạt VPHC trong hoạt động văn hóa - thơng tin. Việc xử phạt VPHC liên quan đến quyền tác giả và quyền liên quan đối với xuất bản, báo chí của Thanh tra Bộ TT&TT gặp rất nhiều khó khăn vì khơng có thẩm quyền xử phạt VPHC đối với các hành vi xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ trong lĩnh vực này.