Để Viện kiểm sỏt cỳ thể thực hiện chức năng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt cỏc hoạt động tư phỏp cỳ hiệu quả, hệ thống cơ quan Viện kiểm sỏt được tổ chức và hoạt động theo nguyờn tắc tập trung, thống nhất lúnh đạo trong ngành và nguyờn tắc độc lập, khụng lệ thuộc vào cỏc cơ quan chớnh quyền địa phương. Cơ cấu tổ chức bộ mỏy của Viện kiểm sỏt cỏc cấp phải bảo đảm quỏn triệt cỏc nguyờn tắc trờn.
* Về cơ cấu tổ chức của Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực
Cơ cấu tổ chức của Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực gồm cỳ cỏc Phũng chuyờn trỏch, dự kiến bao gồm Phũng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt hỡnh sự, Phũng kiểm sỏt dừn sự, Phũng kiểm sỏt hành chớnh và bộ mỏy giỳp việc là Văn phũng.
Ngoài ra, căn cứ vào nhu cầu thực tế và đặc thự hoạt động của Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực, tuỳ từng địa hạt tư phỏp cụ thể, cỳ thể đặt thờm
sỏt sơ thẩm khu vực cỳ nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng, thẩm quyền của Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực theo sự phừn cụng và chỉ đạo của Viện trưởng Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực. Cỏc cỏn bộ, Kiểm sỏt viờn của Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực sẽ được cử luừn chuyển đến cụng tỏc tại cỏc phừn Viện dưới sự quản lý và chỉ đạo của một Phỳ Viện trưởng Viện kiểm sỏt sơ thẩm khu vực được giao phụ trỏch phừn Viện.
* Về cơ cấu tổ chức của Viện kiểm sỏt phỳc thẩm (cấp tỉnh)
Về cơ bản, Viện kiểm sỏt cấp tỉnh cỳ cơ cấu tổ chức như Viện kiểm sỏt nhừn dừn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hiện nay, dự kiến bao gồm Uỷ ban kiểm sỏt, Văn phũng và cỏc Phũng như hiện nay.
* Về cơ cấu tổ chức của Viện kiểm sỏt cấp cao
Phương ỏn 1: Trường hợp Viện kiểm sỏt cấp cao chỉ cỳ chức năng,
nhiệm vụ thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử phỳc thẩm thỡ cơ cấu tổ chức của cỏc Viện kiểm sỏt cấp cao về cơ bản như cỏc Viện kiểm sỏt xột xử phỳc thẩm hiện nay, nhưng thành lập thờm Văn phũng để thực hiện cỏc cụng việc tài chớnh - kế toỏn, thống kờ, tổng hợp, văn thư, lưu trữ và cỏc việc về hành chớnh, quản trị theo quy định.
Phương ỏn 2: Trường hợp Viện kiểm sỏt cấp cao được giao thờm
nhiệm vụ thực hành quyền cụng tố, kiểm sỏt điều tra cỏc vụ ỏn hỡnh sự do Cơ quan điều tra Bộ Cụng an tiến hành và kiểm sỏt xột xử giỏm đốc thẩm, tỏi thẩm thỡ trong cơ cấu tổ chức của Viện kiểm sỏt cấp cao cần cỳ cỏc Phũng chuyờn trỏch, dự kiến bao gồm cỏc Phũng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt điều tra cỏc vụ ỏn hỡnh sự, Phũng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử phỳc thẩm hỡnh sự; Phũng thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử giỏm đốc thẩm, tỏi thẩm hỡnh sự và Phũng kiểm sỏt xột xử giỏm đốc thẩm, tỏi thẩm dừn sự, hành chớnh. Bờn cạnh đỳ, cỳ thể xem xột, cừn nhắc việc thành lập Uỷ ban kiểm sỏt tại cỏc Viện kiểm sỏt cấp cao.
Phương ỏn 1: Khi chuyển cỏc Viện Thực hành quyền cụng tố và kiểm
sỏt xột xử phỳc thẩm thành cỏc Viện kiểm sỏt cấp cao, về cơ bản Viện kiểm sỏt tối cao sẽ cỳ cơ cấu tổ chức như hiện nay, dự kiến bao gồm Uỷ ban kiểm sỏt, cỏc Cục, Vụ, Viện khoa học kiểm sỏt, Ban thanh tra, Văn phũng, Bỏo, Tạp chớ Kiểm sỏt và Trường Đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm sỏt; đồng thời thành lập Trung từm nghiờn cứu tội phạm học quốc gia thuộc Viện kiểm sỏt tối cao.
Phương ỏn 2: Chuyển tất cả cỏc Vụ Thực hành quyền cụng tố, kiểm sỏt
điều tra và cỏc Viện Thực hành quyền cụng tố, kiểm sỏt xột xử phỳc thẩm thành Viện kiểm sỏt cấp cao. Cơ cấu tổ chức Viện kiểm sỏt tối cao sẽ chỉ cũn Ủy ban kiểm sỏt, Vụ Thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt xột xử hỡnh sự (Vụ 3), Vụ Kiểm sỏt việc việc tạm giữ - tạm giam - quản lý và giỏo dục người chấp hành ỏn phạt tự (Vụ 4), Vụ Kiểm sỏt việc giải quyết cỏc vụ ỏn dừn sự (Vụ 5), Cục điều tra (Cục 6), Vụ Khiếu tố (Vụ 7), Viện Khoa học kiểm sỏt (Vụ 8), Vụ tổ chức - cỏn bộ (Vụ 9), Vụ Kiểm sỏt thi hành ỏn (Vụ 10), Vụ Kế hoạch - Tài chớnh (Vụ 11), Vụ Kiểm sỏt việc giải quyết cỏc vụ ỏn hành chớnh - kinh tế - lao động (Vụ 12), Văn phũng, Vụ Hợp tỏc quốc tế, Cục Thống kờ tội phạm, Ban thanh tra, Tạp chớ Kiểm sỏt, Bỏo Bảo vệ phỏp luật, Trường đào tạo - bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm sỏt, Trung từm nghiờn cứu tội phạm học quốc gia.
Đối với Cục điều tra, cỳ thể đặt thờm cỏc chi Cục tại cỏc khu vực Bắc, Trung, Nam theo địa hạt tư phỏp của Viện kiểm sỏt cấp cao, cỳ nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng, thẩm quyền của Cục điều tra theo sự phừn cụng và chỉ đạo của Cục trưởng Cục điều tra. Cỏc cỏn bộ, Điều tra viờn của Cục điều tra sẽ được cử luừn chuyển đến cụng tỏc tại cỏc chi Cục dưới sự quản lý và chỉ đạo của một Phỳ Cục trưởng Cục điều tra được giao phụ trỏch chi Cục.
Một vấn đề đặt ra là cần nghiờn cứu, xem xột việc thành lập cỏc Tổng cục thuộc Viện kiểm sỏt tối cao.