Theo thống kê, từ năm 2004 đến năm 2014, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát nhân dân, Tòa án nhân dân các cấp đã khởi tố 63 vụ, 213 bị can; truy tố 62 vụ, 199 bị can và xét xử 53 vụ, 177 bị cáo về Tội cố ý làm lộ BMNN; tội chiếm đoạt, mua bán, tiêu hủy tài liệu BMNN; khởi tố, truy tố, xét xử 01 vụ, 1 bị cáo về Tội vô ý làm lộ BMNN, tội làm mất tài liệu BMNN. Trong đó, có 36 bị cáo bị phạt tù từ 03 năm trở xuống; 16 bị cáo bị phạt tù từ 03 năm đến 07 năm; 06 bị cáo cải tạo không giam giữ; 26 bị cáo được hưởng án treo; 04 bị cáo được miễn trách nhiệm hình sự; 01 bị cáo từ đủ 16 đến 18 tuổi; 15 bị cáo từ 18 tuổi đến 30 tuổi; 06 bị cáo là nữ; 01 bị cáo là người dân tộc thiểu số; 01 bị cáo là người nước ngoài (kèm theo bảng 2.1 đến bảng 2.12) [24]; [25].
Như vậy so với số vụ lộ, mất BMNN đã xảy ra thì tỷ lệ khởi tố điều tra, truy tố, xét xử các tội xâm phạm BMNN còn rất thấp, đặc biệt là tỷ lệ khởi tố
điều tra chỉ đạt 12,5%. Trong khi đó, tỷ lệ truy tố so với số vụ đã khởi tố điều tra đạt 98%; tỷ lệ xét xử so với số vụ truy tố đạt 85,4%. Đối với tội vô ý làm lộ BMNN, tội làm mất BMNN, trong nhiều năm nay ngành tư pháp rất ít thụ lý, xét xử những vụ án này (chỉ có 01 vụ, 01 bị cáo). Nghiên cứu thực tiễn công tác điều tra, truy tố, xét xử và công tác bảo vệ BMNN tại các Bộ, ngành, địa phương, cho thấy những hạn chế nêu trên xuất phát từ một số nguyên nhân sau:
Thứ nhất, nhiều vụ lộ, mất BMNN xảy ra trong thời gian dài mới được cơ quan chức năng phát hiện, bởi vì cơ quan chủ quản, người có trách nhiệm quản lý, lưu giữ BMNN không khai báo kịp thời hoặc không muốn khai báo vì sợ trách nhiệm hoặc không phát hiện BMNN bị mất. Chỉ khi BMNN được đăng công khai trên các phương tiện thông tin, truyền thông hoặc được các cơ quan, tổ chức, cá nhân sử dụng hoặc do cơ quan điều tra phát hiện trong quá trình điều tra vụ án khác thì cơ quan chủ quản, người có trách nhiệm mới báo cáo. Do đó việc điều tra gặp nhiều khó khăn, có những vụ không tìm được tài liệu mật bị mất, không xác định được đối tượng làm lộ.
Ví dụ vụ mất 02 tập hồ sơ lưu giữ tài liệu mật tại Công an huyện V, tỉnh H đã nêu ở tiểu mục 2.1.1.2. Sau khi phát hiện tài liệu mật bị mất, Công an huyện V đã tổ chức truy tìm, xác minh, làm rõ nhưng không tìm được tài liệu và đối tượng lấy cắp tài liệu.
Thứ hai, nhiều vụ lộ BMNN, đặc biệt là lộ trên các trang mạng Internet, cơ quan chức năng không xác định được nguồn lộ, nguyên nhân lộ, cơ quan, tổ chức cá nhân làm lộ nên không có căn cứ để khởi tố vụ án, khởi tố bị can để điều tra, làm rõ.
Thứ ba, các cá nhân để lộ, mất BMNN chủ yếu được các cơ quan chủ quản xử lý kỷ luật theo quy định của Luật Cán bộ, công chức hoặc kiểm điểm, phê bình trước tập thể hoặc điều chuyển công tác khác… Theo thống kê, các cơ quan, tổ chức Trung ương và địa phương đã xử lý kỷ luật đối với 185 cán bộ, công chức, đảng viên vi phạm quy định pháp luật về bảo vệ BMNN [3].