Trong thời kỳ này, thủ tục hành chính có thể được chia thành thời kỳ trước và sau năm 1992. Trước năm 1992 việc làm thủ tục cho tàu thuyền được thực hiện trên từng tàu (thường là ở phao số “O” trước khi tàu đi vào vùng nước cảng). Để thực hiện nhiệm vụ, các cơ quan chức năng tại cảng biển thành lập đoàn làm thủ tục liên ngành. Cách làm thủ tục này rất tốn kém về thời gian và kinh phí. Tuy nhiên, trong thời gian này, hệ thống cảng biển Việt Nam chưa phát triển, chủ yếu là một số cảng biển lớn như Hải Phòng, Quảng Ninh, Nghệ An, Đà Nẵng, Quy Nhơn, Nha Trang, Sài Gòn…; số lượng tàu thuyền (đặc biệt là tàu container) và hàng hố (trong đó có hàng chở bằng container) đến cảng cũng chưa nhiều như hiện nay nên nhìn chung thủ tục hành chính tại cảng biển trong thời kỳ này chưa bộc lộ các bất cập.
Năm 1992, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quy chế phối hợp hoạt động giữa các cơ quan, tổ chức làm nhiệm vụ quản lý nhà nước tại các cảng biển Việt Nam kèm theo Quyết định số 202/TTg. Sau đó, năm 1994, Chính phủ ban hành Quy chế Quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển và các khu vực hàng hải ở Việt Nam kèm theo Nghị định số 13/CP. Đây là những cơ sở
pháp lý cơ bản về thủ tục hành chính tại cảng biển, bao gồm quy định về thủ tục đối với tàu và hàng hoá chở trên tàu đến và rời cảng, và về cơ chế. Tuy nhiên, sau những năm 1992, hệ thống cảng biển Việt Nam đã được phát triển nhanh chóng cả về số lượng và chất lượng: Đã có những cảng container, cảng lớn, hiện đại với những thiết bị hiện đại có thể tiếp nhận được những tàu lớn, hiện đại và tàu container, là những tàu mà thời gian lưu tại cảng rất ngắn và cố định. Trước thực tế này, các quy định nói trên về thủ tục hành chính tại cảng biển đã bộc lộ các điểm bất cập địi hỏi phải có những điều chỉnh cho phù hợp với tình hình mới. Bên cạnh đó, thực hiện chủ trương cải cách hành chính nói chung và cải cách thủ tục hành chính nói riêng của Chính phủ, cải cách thủ tục hành chính tại cảng biển đã được cải cách một bước phù hợp với năng lực quản lý của các cơ quan hành chính tại cảng. Với đặc thù của thủ tục hành chính tại cảng biển là liên quan đến nhiều lĩnh vực pháp luật, nhiều cơ quan quản lý nhà nước tại cảng biển nên việc cải cách thủ tục hành chính tại cảng biển địi hỏi phải có sự thay đổi đồng bộ các quy định pháp luật có liên quan. Hơn nữa, việc tìm tịi lựa chọn thủ tục hành chính phù hợp nhất địi hỏi phải có sự thử nghiệm. Vì vậy, năm 2002, Thủ tướng Chính phủ đã cho phép thực hiện thí điểm cải cách thủ tục hành chính tại 2 cảng lớn, đó là: Cảng biển khu vực Thành phố Hồ Chí Minh và Cảng biển khu vực Hải Phịng. Qua một thời gian thực hiện thí điểm cho thấy cách thức và thủ tục hành chính thí điểm này về cơ bản là có hiệu quả và phù hợp với tình hình thực tế trong thời kỳ này. Vì vậy, ngày 8/12/2003 chính phủ đã ban hành Nghị định số 160/2003/ NĐ-CP về quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển và khu vực hàng hải của Việt Nam (thay thế nghị định số 13), sau đây gọi tắt là Nghị định 160, cho phép áp dụng cơ chế này ở tất cả các cảng biển Việt Nam; đồng thời, tích cực nghiên cứu để tham gia Cơng ước FAL.
Thủ tục hành chính tại cảng biển theo quy định của Nghị định 160 có hai thay đổi cơ bản so với thủ tục hành chính quy định tại Nghị định số 13, đó là:
Thứ nhất địa điểm làm thủ tục: Theo Nghị định số 13, người làm thủ
tục phải đến làm thủ tục tại từng cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng biển, đó là tại văn phịng cơ quan Cảng vụ hàng hải, Hải quan, Biên phòng, Kiểm dịch động vật, Kiểm dịch thực vật... Theo quy trình này, người làm thủ tục phải tốn kém thời gian để thực hiện từng khâu thủ tục tại các cơ này. Để khắc phục bất cập này, Nghị định 160 đã quy định địa điểm chung, hay cũng có thể gọi là “một cửa” theo nghĩa “nộp hồ sơ và nhận kết quả tại một nơi”, cho các cơ quan quản lý chuyên ngành tại cảng (hải quan, biên phòng, kiểm dịch động – thực vật, y tế) làm thủ tục cho tàu thuyền tại trụ sở cảng vụ hàng hải.
Thứ hai các loại giấy tờ làm thủ tục: Đối với các mẫu giấy tờ phải
nộp, Nghị định 160 đã đưa ra các mẫu giấy tờ dựa trên tham khảo Công ước quốc tế về tạo thuận lợi trong giao thông đường biển (FAL). Sự thay đổi này đã cho phép giảm thiểu số lượng giấy tờ trong các khâu thủ tục cấp giấy phép cho tàu vào, rời cảng biển và quá cảnh Việt Nam và sử dụng mẫu giấy tờ phù hợp với thông lệ quốc tế. Các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng biển liên quan đến quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển bao gồm: hàng hải, hải quan, biên phòng, kiểm dịch động thực vật và y tế.
Như vậy, theo quy định của các luật chuyên ngành địa điểm làm thủ tục cho tàu thuyền, hàng hoá, hành khách tại cảng, người làm thủ tục phải nộp hoặc xuất trình các giấy tờ liên quan cho từng cơ quan theo yêu cầu. Như vậy, có những loại giấy tờ nhiều cơ quan cần phải có, dẫn đến tổng số lượng các giấy tờ phải nộp và xuất trình tăng lên, ví dụ như: cùng quản lý về mặt giấy tờ xuất trình, cả Hải quan và cảng vụ đều yêu cầu tàu phải trình như đối với tàu đến cảng, phải nộp 36 loại giấy tờ, xuất trình 27 loại; Đối với tàu rời cảng, phải nộp 17 loại giấy tờ, xuất trình 19 loại; Đối với tàu vào cảng nộp 15 loại giấy tờ và xuất trình 13 loại giấy tờ….
Để giảm bớt các loại giấy tờ trùng lặp này và trong điều kiện tin học chưa được áp dụng rộng rãi, việc áp dụng theo nghị định 160 thực chất là biện pháp cơ học, đó là các cơ quan hành chính có liên quan ngồi chung một nơi tại trụ sở chính hoặc văn phòng của cảng vụ hàng hải. Biện pháp “cơ học” này tạo điều kiện thuận lợi cho các cơ quan hành chính tại cảng biển sử dụng chung một số loại giấy tờ và như vậy số lượng giấy tờ phải nộp hoặc xuất trình sẽ giảm đi; đồng thời người đi làm thủ tục không phải đi lại nhiều do phải đến từng cơ quan, mà thay vào đó chỉ cần đến trụ sở cơ quan cảng vụ hàng hải. Qua một năm thực hiện chính thức đối với tất cả các cảng biển Việt Nam cho thấy những cải cách thủ tục hành chính này đã mang lại hiệu quả nhất định.