Bộ máy hành pháp vẫn chưa thốt khỏi một cách hồn tồn các quy định cũng như các cách thức điều hành theo cơ chế tập trung quan liêu bao cấp, vẫn nặng nề việc điều hành trực tiếp nền kinh tế mà chưa thấy tầm quan trọng trong việc đề ra các đường lối chủ trương, nhất là trách nhiệm phải trình dự án luật trước Quốc hội – lập pháp; cịn ít cơ chế tự kiểm tra nhằm phòng ngừa trước những tệ nạn quan liêu, tham nhũng của bộ máy nhà nước.
Bộ máy hành pháp của chúng ta chưa phản ứng một cách kịp thời, thông qua các đường lối chủ trương của mình.
Từ những yếu kém mang tính chủ quan của bộ máy quản lý nhà nước, cơng cuộc cải cách hành chính chưa đem lại hiệu quả cao, tổ chức bộ máy và đội ngũ cán bộ còn chưa đáp ứng yêu cầu đổi mới, những yếu tố khó lường của sự biến động về giá cả, thiên tai, dịch bệnh … luôn tiềm ẩn tác động khơng thuận đến cơng tác điều hành của Chính phủ.
Một biểu hiện đáng lo ngại khác trong phương thức hoạt động của Chính phủ là tình trạng giải quyết cơng việc không đúng thẩm quyền: Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ thay vì giải quyết cơng việc thuộc trách nhiệm của mình lại chuyển lên để Thủ tướng, Phó Thủ tướng giải quyết. Có những
việc có lẽ cần được quy trách nhiệm cho một chủ thể thì lại được đề nghị để thành lập Ủy ban liên ngành gây ra tính hình thức và sự cồng kềnh bộ máy, khó quy kết trách nhiệm cho một người cụ thể. Chính vì lẽ đó mà Quy chế làm việc của Chính phủ mới được ban hành đã có quy định khá đặc biệt và khó lý giải dưới góc độ kỷ luật hành chính là “Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ phải đề cao trách nhiệm cá nhân, thực hiện đúng quyền hạn, nhiệm vụ được giao (kể cả các việc được ủy quyền), không chuyển công việc thuộc nhiệm vụ, thẩm quyền của mình lên Thủ tướng Chính phủ hoặc chuyển cho các cơ quan khác, không giải quyết các công việc thuộc thẩm quyền của cơ quan khác”. (khoản 2 Điều 7 Quy chế làm việc của Chính phủ ban hành kèm theo Nghị định số 179/2007/NĐ-CP ngày 03/12/2007 của Chính phủ).
Đề cập tới hạn chế trong phương thức làm việc thuộc thẩm quyền của Chính phủ, khơng thể khơng nói tới tình trạng ủy quyền một cách tràn lan và thiếu căn cứ như hiện nay. Có một số văn bản quy phạm pháp luật được ban hành dưới hình thức quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ lại được ủy quyền cho Phó Thủ tướng ký. Tương tự như vậy với các văn bản quy phạm pháp luật của Bộ, cơ quan ngang Bộ và Ủy ban nhân dân. Đây là một nguyên nhân dẫn đến sự mâu thuẫn, chống chéo trong hệ thống văn bản pháp luật.
Hiện nay, ngoài sự tham mưu của các Bộ, cơ quan ngang Bộ là những chủ thể quản lý Nhà nước, Thủ tướng Chính phủ cịn có khả năng tranh thủ ý kiến của các tổ chức tư vấn riêng của mình và những cá nhân có liên quan. Tuy nhiên, phương thức hoạt động của các tổ chức tư vấn còn thiếu rõ ràng và chồng lấn lên chức năng quản lý Nhà nước của các cơ quan của Chính phủ, chẳng hạn như một số Ban nghiên cứu, tổ chức tư vấn trực thuộc Thủ tướng lại dự kiến được trao những thẩm quyền như những cơ quan quản lý Nhà nước.