Cần cụ thể hóa Luật tổ chức Chính phủ theo hướng xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc
Chính phủ và của chính quyền địa phương các cấp nhằm loại bỏ tình trạng chồng chéo về nhiệm vụ và không rõ về trách nhiệm. Trong bộ máy hành chính, mỗi việc phải có một tổ chức, một người chịu trách nhiệm; việc nào chưa thể tách bạch rõ ràng để giao cho một cơ quan, tổ chức thì phải quy định cơ quan, tổ chức chủ trì và có quy chế phối hợp.
Trong hoạt động chỉ đạo điều hành, Chính phủ tham gia ở tầm vĩ mô chứ không tham gia quản lý trực tiếp sản xuất. Do đó, trước hết cần phân biệt chức năng quản lý Nhà nước của Chính phủ với quản lý sản xuất kinh doanh của các chủ thể kinh doanh; làm rõ chất lượng dịch vụ hành chính của Chính phủ với tư cách Chính phủ là chủ thể dịch vụ cơng phục vụ nhân dân (từ khái niệm đến cơ chế cung ứng, điều hành). Bên cạnh đó, cần làm rõ cơ chế, mối quan hệ giữa các cơ quan trong hệ thống chính trị với tư cách là cơ quan hành chính, chủ yếu thực hiện quyền hành pháp trong mối quan hệ với quyền lập pháp, tư pháp và tham gia của các tổ chức xã hội trong việc thực hiện các quyền này.
Xác định rõ phạm vi và nội dung quản lý Nhà nước của cơ quan hành chính nhà nước các cấp. Làm rõ chức năng quản lý nhà nước của cơ quan hành chính và chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của các đơn vị sự nghiệp, phân cấp mạnh cho các đơn vị sự nghiệp về sử dụng ngân sách, kinh phí, tuyển dụng và bổ nhiệm cán bộ. Đẩy mạnh xã hội hóa các hoạt động sự nghiệp, dịch vụ công.
Về hoạt động dự báo và tư vấn: trong một thời kỳ dài, công việc này được xem là độc quyền của các cơ quan Nhà nước. Chính vì vậy mà ở cấp Trung ương, các tổ chức tư vấn thuộc Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ tăng đến con số kỷ lục. Hoạt động tư vấn, thẩm định độc lập và dự báo nên được chuyển giao một cách thích hợp cho các tổ chức xã hội. Tuy nhiên, cần
tránh nguy cơ “hành chính hóa” các hoạt động này sau khi đã được xã hội hóa.
Đồng thời với việc xác định rõ chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ thì cũng cần tạo điều kiện để có một Chính phủ vững mạnh về thẩm quyền, yêu cầu đặt ra đối với Chính phủ ở Việt Nam là một Chính phủ mà Thủ tướng không nên là những thể chế quản lý sự vụ. Cơ cấu lại nhiệm vụ, chức năng, thẩm quyền của Chính phủ đảm bảo cho Chính phủ thật sự thốt khỏi tình trạng sa vào “sự vụ”, là nơi phải gánh chịu các đùn đẩy công việc, dồn công việc từ các Bộ, các ngành, các cấp quản lý hành chính. Chính phủ phải kiểm sốt được hoạt động của các Bộ, các ngành, nhưng không làm thay công việc của Bộ, ngành. Không phải mọi vấn đề nảy sinh trong hoạt động của Bộ, ngành, khi khó khăn, phức tạp đều chuyển lên giải quyết ở cấp Chính phủ. Một Chính phủ mạnh chỉ quản lý xã hội ở tầm vĩ mô. Một số công việc thuộc thẩm quyền của Trung ương phải được chuyển giao xuống cho bên dưới. Cần có sự phân cấp về thẩm quyền giữa Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng, giữa Trung ương và địa phương.
Thẩm quyền của Chính phủ cần tập trung vào những vấn đề vĩ mô, phải tăng cường thẩm quyền cho Chính phủ trong việc hoạch định chính sách vĩ mơ của quốc gia. Các Bộ, ngành quản lý theo ngành, lĩnh vực được giao và phải chịu trách nhiệm về lĩnh vực mình phụ trách. Một cơ chế phân công, phân cấp hợp lý, kèm theo một nỗ lực thực hiện sẽ là một yếu tố góp phần tạo dựng một Chính phủ trong Nhà nước pháp quyền.