Bờn cạnh những thành tựu đó đạt được trờn đõy, cụng tỏc tạm giữ, tạm giam và thi hành ỏn hỡnh sự trờn địa bàn thành phố Hà Nội cũn bộc lộ những tồn tại, hạn chế sau:
Vẫn cũn để xảy ra tỡnh trạng quỏ hạn tạm giữ. Trong giai đoạn 05 năm từ 2008 đến 2012 đó xảy ra 10 trường hợp quỏ hạn tạm giữ. Trường hợp quỏ hạn tạm giam cũn diễn ra nhiều: năm 2008 cú 8 trường hợp; năm 2009 cú 14 trường hợp, năm 2010 cú 9 trường hợp; năm 2011 cú 10 trường hợp; năm 2012 cú 14 trường hợp [55]. Việc quỏ hạn tạm giữ, tạm giam xõm phạm trực tiếp đến quyền và lợi ớch của người bị tạm giữ, tạm giam. Bờn cạnh đú cũn trường hợp tạm giữ nhưng sau đú khụng xử lý về hỡnh sự phải xử lý hành chớnh.
Cụng tỏc quản lý người bị tạm giữ, tạm giam cú nơi cũn lỏng lẻo khụng kịp thời nắm bắt diễn biến tỡnh hỡnh chấp hành phỏp luật nơi giam, giữ tại địa phương mỡnh nờn nhiều vi phạm phỏp luật trong lĩnh vực tạm giữ, tạm giam xảy ra đó khụng được kịp thời phỏt hiện để ỏp dụng biện phỏp loại trừ vi phạm phỏp luật chớnh vỡ vậy cú nhiều vi phạm phỏp luật diễn ra kộo dài hoặc tỏi diễn phức tạp và nghiờm trọng hơn như tỡnh trạng giam giữ chung buồng những người trong cựng một vụ ỏn, giữa những người cú tiền ỏn tiền sự và những người chưa cú tiền ỏn tiền sự, những người bị bệnh HIV và người khỏc; những người chưa thành niờn và những người đó thành niờn cũn diễn ra như cỏc quận, huyện Thanh Trỡ, Hai Bà Trưng, Long Biờn…Nhà tạm giữ, trại tạm giam ở một số quận, huyện đó cũ, xuống cấp chưa được sửa chữa gõy khú khăn trong cụng tỏc giam, giữ, khụng đảm bảo an toàn, tỡnh trạng quỏ tải trong Nhà tạm giữ, trại tạm giam cũn diễn ra phổ biến hầu hết tại cỏc quận nội
thành Hà Nội. Vẫn cũn tỡnh trạng bị can trốn như năm 2008 xảy ra 3 trường hợp, 2009 là 2 trường hợp, năm 2010 là 4 trường hợp, năm 2011 là 6 trường hợp và năm 2012 là 2 trường hợp. Tỡnh trạng người bị tạm giữ, tạm giam chết cũn diễn biến phức tạp: năm 2008 là 5 trường hợp, năm 2009 cú 7 trường hợp, năm 2010 cú 4 trường hợp, năm 2011 cú 2 trường hợp, năm 2012 cú 9 trường hợp [55]. Những người bị tạm giữ, tạm giam và thi hành ỏn phạt tự chết chủ yếu là do bệnh lý như HIV, lao.., tự tử và gõy thương tớch [55].
Chế độ đối với người bị tạm giữ, tạm giam về cơ bản chưa được đảm bảo theo đỳng quy định của phỏp luật như do quỏ tải Nhà tạm giữ, trại tạm giam nờn khụng đảm bảo diện tớch tối thiểu cho người bị tạm giữ, tạm giam 2 m2/1 người. Nhiều nhà tạm giữ chưa cú loa phỏt thanh, chưa tiến hành khỏm sức khỏe khi tiếp nhận người bị tạm giữ, tạm giam, nguồn nước sinh hoạt khụng đảm bảo vệ sinh; khụng cú buồng thăm gặp, khụng mở sổ sỏch theo dừi lưu ký, việc thăm gặp, nhận đồ tiếp tế vượt quỏ số lần quy định. Chế độ tiờu chuẩn ăn trong những ngày Lễ, tết cho người bị tạm giữ, tạm giam chưa đảm bảo, chế độ đối với người bị tạm giữ, tạm giam là nữ chưa được đảm bảo. Ngoài ra, chế độ thăm gặp, nhận quà, lưu ký, gửi thư, khỏm chữa bệnh ở nhiều quận huyện cũn vi phạm.
Một số cỏn bộ, chiến sĩ làm cụng tỏc quản lý giam, giữ cũn thiếu trỏch nhiệm để người bị tạm giam vi phạm kỷ luật nơi giam, giữ, xử lý người bị tạm giữ, tạm giam chưa kịp thời nờn dẫn đến tỡnh trạng vi phạm nội quy, quy chế trại tạm giam diễn ra nhiều. Ngoài ra, cỏc cỏn bộ quản lý cũn lỏng lẻo trong việc nhận quà, đồ dựng sinh hoạt dẫn đến vượt quỏ quy định của phỏp luật. Cũn để xảy ra nhiều trường hợp người bị tạm giữ, tạm giam bị đỏnh đập, xõm phạm đến tớnh mạng, sức khỏe.
Cụng tỏc giỏo dục phỏp luật, giỏo dục truyền thống, giỏo dục cụng dõn cho phạm nhõn cũn cú những hạn chế, nội dung chương trỡnh giỏo dục cũn chung chung, chưa tổ chức giỏo dục cỏ biệt đối với những phạm nhõn vi phạm kỷ luật. Việc đỏnh giỏ xếp loại thi đua người chấp hành ỏn phạt tự cú nơi chưa chớnh
xỏc, chưa sỏt với nội dung cỏc văn bản hướng dẫn, chưa phản ỏnh đỳng thực chất quỏ trỡnh cải tạo. Việc dạy văn húa đối với phạm nhõn chưa biết chữ, cụng tỏc dạy nghề cũng cũn nhiều bất cập, chưa phỏt huy được sức mạnh tổng hợp của cỏc ngành chức năng. Chế độ cấp phỏt trang phục cho phạm nhõn cũn chưa đỳng theo tiờu chuẩn, việc đề nghị giảm thời hạn chấp hành hỡnh phạt tự cú trại cũn chưa thực hiện đỳng như giảm thời hạn chấp hành hỡnh phạt tự cho những người chưa thực sự cải tạo tốt, chưa đủ thời gian để xột giảm thời hạn.
Trong cụng tỏc thi hành ỏn treo và cải tạo khụng giam giữ trờn một số nơi cũn chưa cú sự phối hợp giữa Tũa ỏn, cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự và Ủy ban nhõn dõn cấp xó. Vỡ vậy nhiều trường hợp hết thời hạn thử thỏch nhưng chưa được cấp giấy chứng nhận, việc lập và bàn giao hồ sơ người chấp hành ỏn treo, cải tạo khụng giam giữ giữa cơ quan thi hành ỏn hỡnh sự và Ủy ban nhõn dõn cấp xó khụng cú biờn bản, khụng đầy đủ tài liệu hồ sơ gõy khú khăn trong việc tớnh thời hạn cải tạo khụng giam giữ cũng như giỏm sỏt giỏo dục người chấp hành ỏn. Việc theo dừi, đề nghị xột miễn, giảm thời hạn thử thỏch đối với ỏn treo và miễn, giảm thời hạn cải tạo khụng giam giữ cú nơi cũn chưa được chỳ trọng. Theo đú, trong giai đoạn 05 năm từ năm 2008 đến năm 2012 số lượng người chấp hành ỏn treo, cải tạo khụng giam giữ được xột miễn giảm thời hạn chấp hành ỏn cũn ớt, việc xột miễn, giảm một số nơi cũn chưa đỳng theo quy định của phỏp luật. Vỡ vậy, chất lượng theo dừi, giỏm sỏt giỏo dục đối với người chấp hành ỏn treo, cải tạo khụng giam giữ cũn chưa cao, số lượng người đang thi hành ỏn treo, cải tạo khụng giam giữ phạm tội mới ở một số quận huyện cũn cao.