Bên cạnh những yếu tố thuận lợi đã góp phần tạo lên sự thành công của Công ty Kiểm toán và Tư vấn tài chính quốc tế (IFC) và giúp Công ty tạo dựng uy tín của mình trên thị trường Kiểm toán Việt Nam IFC còn gặp phải một số khó khăn thách thức trong quá trính hội nhập và phát triển như:
Hiện nay khung pháp lý về kế toán và Kiểm toán của nước ta còn đang trong quá trình hoàn thiện, chưa ổn định. Đây cũng là thách thức lớn nhất của Công ty cung như các Công ty Kiểm toán trong nước. Điều này đòi hỏi các thay đổi phải đước Công ty thay đổi cập nhật liên tục, nếu không Công ty sẽ gặp khó khăn và sẽ bị mất uy tín trên thị trường đồng thời nó sẽ ảnh hưởng không nhỏ đến việc thay đổi trong quuy trình Kiểm toán của Công ty.
Về khách hàng của Công ty
Đây cũng là một trong những yếu tố tạo ra sự khó khăn cho Công ty. Qua thực tế Kiểm toán cho thấy việc tổ choc hạch toán kế toán tại nhiều Công ty khách hàng còn nhiều yếu kém. Hệ thống Kiểm soát nội bộ của Công ty khác hàng chỉ được xây dung một cách đơn giản chưa thể bao chùm được hết các hoạt động phát sinh tại đơn vị khách hàng. Hơn nữa tại nhiều đơn vị khách hàng còn sử dụng kế toán thư công hay chỉ áp dụng kế toán máy đối với một số phần hành kế toán. Bên cạnh đó, việc ý thức về hoạt động Kiểm toán của khách hàng còn chưa cao. Trong nhiều trường hợp khách hàng đã không thực hiện nhiều những kiến nghị và các bút toán điều chỉnh của Kiểm toán viên gây những cản trở nhất định cho việc phát hành Báo cáo kiểm toán và gây khó khăn cho Kiểm toán viên trong những kỳ kiểm toán sau.
Về bản thân công ty ngoài những yếu tố khách quan, về bản thân nội bộ Công ty cũng có những yếu tố tạo lên những thách thức cho Công ty trong quá trình phát triển hội nhập. Điều kiện vật chất, nguồn nhân lực cho một cuộc kiểm toán của công ty vẫn còn thiếu. Số lượng Kiểm toán viên còn chưa đáp ứng được nhu cầu của kiểm toán, các kiểm toán viên được cấp chứng chỉ kiểm toán viên chưa nhiều