Về mặt hoạt động và quản lý hiện nay, VQG có đội ngũ bao gồm 34 cán bộ cơng nhân viên với 3 phòng chức năng và 1 đội chuyên trách bảo rừng. Tuy nhiên để đáp ứng yêu cầu và mục tiêu phát triển bền vững thì hệ thống tổ chức trên còn thiếu và yếu về số lƣợng cũng chất lƣợng. Với 3 phòng chức năng: Phịng Tổ chức hành chính; Phịng kế hoạch tài chính; Phịng hợp tác quốc tế và DLST. Và 3 đơn vị trực thuộc là: Hạt kiểm lâm; Trung tâm giáo dục môi trƣờng & Dịch vụ môi trƣờng rừng; Trung tâm cứu hộ, bảo tồn và phát triển sinh vật. Có thể thấy bộ máy quản lý còn đơn giản, chƣa có sự phân bổ chun mơn phù hợp, chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu và mục tiêu bảo tồn, phát triển bền vững. Cần có sự phân bổ chun mơn nghiệp vụ cũng nhƣ các phòng ban quản lý các lĩnh vực phù hợp.
Bên cạnh đó cần tăng cƣờng bổ sung đội ngũ cán bộ quản lý bảo vệ rừng, đội ngũ cán bộ chuyên môn về hoạt động du lịch sinh thái, cán bộ nghiên cứu bảo tồn và phát triển bền vững. Xây dựng chức năng và nhiệm vụ cụ thể, chuyên biệt cho từng bộ phận, từng vị trí nhân lực.
Tăng cƣờng nâng cao trình độ chun mơn, lập kế hoạch và phát triển lƣợng lao động du lịch.
Xây dựng các quy hoạch cụ thể về cơ chế và con ngƣời trong việc bảo tồn và sử dụng tài nguyên. Đƣa ra các chính sách quy hoạch chung cho tồn Vƣờn chi tiết và hợp lý. Nâng cao những quy hoạch chuyên biệt về phân khu bảo tồn sinh thái đặc dụng và phân khu tái sinh.
Xây dựng các quy chế quản lý, điều hành hoạt động chặt chẽ tại đơn vị, các điểm tham quan, tuyến du lịch đƣợc quy hoạch, cùng với đó là quản lý lƣợng khách bằng sức chứa du lịch.
Phối hợp với các công ty du lịch giới thiệu và phát triển lƣợng khách đến thăm quan. Xây dựng các chƣơng trình du lịch nhấn mạnh vào các đặc sắc tài nguyên của Vƣờn và vùng dựa trên định hƣờng tuyến du lịch trong định hƣớng quy hoạch Vƣờn của UBND tỉnh Phú Thọ.
Tại Vƣờn chƣa có phí vào cửa, cần xây dựng và áp dụng các vé tham quan cho hợp, tạo nguồn kinh phí cho hoạt động bảo tồn và hoạt động của Vƣờn.