BLTTHS năm 2003 mặc dù được sửa đổi, bổ sung sau BLHS năm 1999 nhưng chưa tiếp thu được tư tưởng nhân đạo thể hiện trong BLHS. Cụ thể, Điều 22 BLHS năm 1999 đã quy định hành vi không tố giác tội phạm của những người là ông, bà, cha, mẹ, con, cháu, anh chị em ruột, vợ hoặc chồng của kẻ phạm tội không phải là tội phạm (trừ trường hợp không tố giác tội phạm xâm phạm an ninh quốc gia hoặc các tội đặc biệt nghiêm trọng). Quy định này thể hiện sự quan tâm của Nhà nước đối với khía cạnh đạo đức trong quá trình giải quyết mối quan hệ giữa nhà nước và công dân. Nhà nước đã đặt lợi ích của mình - lợi ích về đấu tranh chống tội phạm trong mối quan hệ với lợi ích cá nhân để phù hợp với truyền thống đạo đức của dân tộc. Tuy nhiên BLTTHS năm 2003 khi quy định về nghĩa vụ của người làm chứng đã không tiếp thu và phát triển được tư tưởng nhân văn này ngay trong khoa học pháp lý của nước ta chưa nói đến trào lưu nhân đạo hóa, mở rộng bảo đảm quyền con người trong TTHS của nhiều nước trên thế giới16.
Vấn đề nữa đặt ra là khi người làm chứng khai ra một số tình tiết mà lời khai đó lại “bắt tội” lại chính họ thì trong trường hợp này pháp luật sẽ xử lý ra sao? Trường hợp của Nguyễn Việt Tiến trong vụ PMU 18 là một ví dụ. Ngày 6/3/2006 vụ án đưa nhận hối lộ và cố ý làm trái tại PMU 18 được khởi tố. Bùi Tiến Dũng - Tổng giám đốc PMU 18 và Phạm Tiến Dũng - Chánh văn phòng đã bị bắt, bị khởi tố bị can. Tại thời điểm đó ông Nguyễn Việt Tiến là Thứ trưởng Bộ giao thông vận tải. Ngày 20/3/2006 ông Tiến được cơ quan điều tra triệu tập với tư cách người làm chứng. Sau nhiều lần trình diện theo triệu tập của cơ quan điều tra, ngày 04/04/2006 ông Tiến đã bị khởi tố bị can về tội cố ý làm trái và thiếu trách nhiệm và bị tạm giam. Khi tham gia tố tụng với tư cách người làm chứng ông Tiến phải có nghĩa vụ trình diện, khai báo và khai báo trung thực những gì ông biết về sai phạm của Bùi Tiến Dũng nếu không sẽ bị dẫn giải, bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 307 và Điều 308 BLHS. Trong bối cảnh này Nguyễn Việt Tiến không còn lựa chọn nào khác là phải trình bày trung thực,
16 Xem Nguyễn Thái Phúc, Đại học luật TP Hồ Chí Minh “Bảo vệ người làm chứng và quyền miễn trừ làm
trả lời trung thực những câu hỏi của cơ quan điều tra, kể cả những câu hỏi về trách nhiệm của ông với tư cách là cấp trên của bị cáo Bùi Tiến Dũng. Những lời khai này của ông sau đó đã trở thành một trong những căn cứ để chống lại chính ông - căn cứ khởi tố bị can đối với ông. Thực hiện nghĩa vụ tố tụng vì lợi ích chung nhưng việc này có thể dẫn đến hệ quả là bản thân người làm chứng, người thân của họ có thể phải đối mặt với những bất lợi trong tương lai: Có thể bị truy cứu trách nhiệm hình sự trên cơ sở những lời khai mà họ có nghĩa vụ phải khai không được từ chối. Pháp luật một số quốc gia trên thế giới đã có hướng dẫn về vấn đề này. Pháp luật tố tụng hình sự Nhật Bản quy định người làm chứng được từ chối trả lời bất kỳ câu hỏi nào buộc tội những người thân thích của họ. Điều 147 Bộ luật tố tụng hình sự Nhật Bản quy định: "Một người làm chứng có thể từ chối trả lời bất kỳ câu hỏi nào mà có thể nghiêng về hướng buộc tội những người sau đây:
- Vợ chồng, người thân ruột thịt trong phạm vi ba đời hoặc người bà con gần gũi trong phạm vi hai đời của người làm chứng hoặc người đã có mối quan hệ với người làm chứng.
- Người giám hộ, người giám sát của người giám hộ hoặc người phụ trách của người làm chứng.
- Người mà được người làm chứng giám hộ, phụ trách hoặc giám sát người giám hộ của người đó17.
Pháp luật TTHS Đức cũng có quy định : Nhân chứng phải có nghĩa vụ xuất hiện trước Tòa, phải tường thuật sự việc đã thấy và phải thề nói sự thật về việc nói sự thật – tuyên thệ (trừ trường hợp nhân chứng là vị thành niên dưới 16 tuổi, hoặc những người không hiểu hết tầm quan trọng và bản chất lời tuyên thệ do họ có có nhược điểm, khiếm khuyết về trí tuệ, tâm thần (Điều 60 - 67 BLTTHS Đức)18. Những trường hợp vụ việc dính tới người thân thiết hoặc lời