Tác dụng chủ yếu của thuốc là tiêu diệt mầm bệnh, mỗi loại thuốc khác nhau cĩ tác dụng khác nhau. Người ta chia ra các tác dụng sau:
1. Tác dụng cục bộ và tác dụng hấp thu
1.1. Tác dụng cục bộ
Thuốc sử dụng ở bộ phận, cơ quan nào thì chỉ cĩ tác dụng ở bộ phận cơ quan đĩ mà khơng cĩ tác dụng đối với bộ phận, cơ quan khác.
Ví dụ: Cồn Iode, xanh Methylen bơi trực tiếp vào các vết thương, vết lĩet của cá bệnh.
1.2. Tác dụng hấp thu
Thuốc sau khi vào cơ thể hấp thu đến hệ thống tuần hồn phát huy hiệu quả như dùng kháng sinh trị bệnh cho cá.
2. Tác dụng lựa chọn
Tính mẫn cảm của các cơ quan trong cơ thể sinh vật với thuốc khơng giống nhau nên tác dụng trực tiếp của thuốc với các tổ chức cơ quan của cơ thể sinh vật cũng cĩ khả năng lựa chọn. Do quá trình sinh hĩa của tế bào tổ chức các cơ quan khơng giống nhau, tế bào tổ chức của cơ quan nào phân hĩa càng cao, quá trình sinh hĩa càng phức tạp thì khả năng can thiệp của thuốc càng lớn vì vậy tính mẫn cảm của thuốc càng cao như hệ thống thần kinh.
Tuy mỗi cơ quan cĩ đặc trưng riêng nhưng trên một số khâu cĩ sự giống nhau nên nhiều loại thuốc ngồi khả năng lựa chọn cao đối với đối với các tế bào của cơ quan ra cịn cĩ thể tác dụng trực tiếp đến các cơ quan khác nhất là lúc hàm lượng thuốc tăng. Vì vậy, tính lựa chọn của thuốc cũng mang tính tương đối.
Hiện nay, việc dùng một số hĩa chất để tiêu diệt sinh vật gây bệnh cĩ tính lựa chọn tương đối cao nên với nồng độ khơng độc hại vĩi cơ thể ký chủ nhưng can thiệp được quá trình sinh hĩa riêng của sinh vật gây bệnh phát huy hiệu quả trị liệu cao.
Những sinh vật gây bệnh ký sinh trong cơ thể ký chủ cĩ khả năng thích ứng càng cao chứng tỏ quá trình sinh hĩa càng gần với tổ chức ký chủ nên tiêu diệt rất khĩ như: Virus ký sinh trong cơ thể người và động vật.
Ngồi một số thuốc cĩ tính lựa chọn cao cịn cĩ một số thuốc lại cĩ tác dụng độc hại đối với tế bào chất nĩi chung. Thuốc vào cơ thể can thiệp quá trình sinh hĩa cơ bản nhất của bất kỳ tế bào chất nào, vì vậy tác dụng đến sự sống của tất cả các tổ chức cơ quan khác
như các ion kim loại mạnh kết hợp với gốc SH của men làm rối loạn chức năng hoạt động của hệ thống men nên tế bào tổ chức khơng tổng hợp được Protein.
3. Tác dụng hồi phục và khơng hồi phục
Tác dụng hồi phục là thuốc trong giây phút đầu tiên cĩ khả năng ức chế, kìm hãm khả năng hoạt động của cá nhưng sau một thời gian ngắn thì hoạt động đĩ sẽ trở lại bình thường.
Ví dụ: Khi sử dụng Clorua vơi Ca(OCl)2 chỉ sau một thời gian thì sẽ làm cá nỗi đầu do nĩ ức chế quá trình hơ hấp của cá, nhưng sau một thời gian thì hiện tượng nổi đầu chấm dứt.
Tác dụng khơng hồi phục là thuốc khi tiêu diệt mầm bệnh ở cơ quan nào đĩ thì cũng làm chức năng hoạt động cơ quan đĩ khơng hồi phục trở lại.
Ví dụ: sử dụng Iod để chữa lở lĩet, đốm đỏ cho cá (bơi trực tiếp vào chỗ bệnh) làm cho lớp tế bào trên bề mặt vết thương tổn chết đi, chức năng hoạt động của lớp tế bào đĩ khơng hồi phục trở lại.
4. Tác dụng chữa bệnh và tác dụng phụ của thuốc
Dùng thuốc để chữa bệnh nhằm mục đích tiêu diệt nguyên nhân gây bệnh và các triệu chứng bệnh nên thường người ta dùng thuốc chữa bệnh lại cĩ thêm thuốc bồi dưỡng khơi phục lại chức năng hoạt động của các tổ chức cơ quan.
Trong quá trình dùng thuốc tuy đạt được mục đích chữa bệnh nhưng cĩ một số thuốc gây ra một số phản ứng phụ cĩ thể tác hại đến cơ thể như:
Do tính tốn khơng chính xác nên nồng độ thuốc quá cao thì cá sẽ chết vì thuốc mà chưa chết vì bệnh. Cĩ khi dùng nồng độ thuốc trong phạm vi an tồn nhưng điều kiện mơi trường biến đổi xấu hoặc cơ thể động vật thủy sản yếu cũng dễ gây ngộ độc, với các bệnh ở bên trong cơ thể động vật thủy sản phải dùng thuốc trộn với thức ăn nhưng cĩ một số bỏ ăn nên tính lượng thuốc khĩ chính xác, những con tham ăn dễ bị ngộ độc. Do đĩ, mỗi khi dùng thuốc để trị bệnh cần phải tăng cường cơng tác quản lý chăm sĩc.
Dùng thuốc tiêm cho động vật thủy sản cĩ khả năng gây ra hiện tượng lở lĩet. Do ảnh hưởng của thuốc nên sau khi dùng thuốc để chữa trị, một số ao cĩ hiện tượng sinh trưởng khơng đều.
5. Tác dụng hợp đồng và tác dụng đối kháng của thuốc
Cùng một lúc dùng hai hay nhiều loại thuốc làm cho tác dụng mạnh hơn lúc dùng riêng rẽ, chẳng hạn như dùng Dipterex tinh
thể 90% với nồng độ 0.2 - 0.3 ppm cho xuống ao để trị sán lá đơn chủ ký sinh trên da và mang cá nhưng nếu phối hợp Dipterex và Na2CO3 theo tỷ lệ 1:0,6 chỉ cần dùng nồng độ 0,1-0,24 ppm cũng cĩ kết quả trị liệu.
Trái lại, một số thuốc khi dùng riêng lẻ tác dụng lại mạnh hơn pha trộn nhiều loại thuốc bởi giữa chúng cĩ thể triệt tiêu tác dụng làm cho hiệu nghiệm giảm, tuy nhiên vấn đề này ở động vật thủy sản chưa được nghiên cứu nhiều.