Gia nhập WTO đòi hỏi bộ máy điều hành của chính phủ phải thích ứng nhanh với những biến động của thị trƣờng thế giới. Do vậy, thách thức lớn nhất của việc gia nhập WTO đối với Việt Nam là thách thức đối với chính phủ. Chính phủ phải chuyển từ phƣơng thức lãnh đạo, quản lý một nền kinh tế thị trƣờng định hƣớng xã hội chủ nghĩa quốc gia tuy có những quan hệ kinh tế đối ngoại mở rộng, sang phƣơng thức lãnh đạo, quản lý một nền kinh tế thị trƣờng định hƣớng xã hội chủ nghĩa hội nhập toàn cầu, tuỳ thuộc ngày càng nhiều và các quan hệ kinh tế toàn cầu. Sau khi gia nhập WTO, chính phủ có thêm một chức năng mới đó là tham gia đàm phán đa phƣơng với các chính phủ thành viên WTO định ra những thể chế toàn cầu mới, đồng thời phải chuyển những thể chế đã đƣợc cam kết toàn cầu đó thành những thể chế quốc gia, thực thi chúng và ứng phó kịp thời với những biến động của tình hình kinh tế thế giới. Để dảm đƣơng đƣợc các chức năng nói trên, chính phủ cần phải thực hiện một số giải pháp sau:
- Cần xây dựng một nền hành chính minh bạch, một môi trƣờng pháp lý thuận lợi, hoàn chỉnh, phù hợp với yêu cầu phát triển kinh tế và tiến trình gia nhập WTO. Đẩy mạnh cải cách hành chính, tiếp tục rà soát các giấy phép kinh doanh hiện hành và điều kiện kinh doanh đối với những ngành có điều kiện, nhất là trên những ngành, lĩnh vực cho đến nay chƣa đƣợc rà soát. Đơn giản hóa các thủ tục hoàn thuế, hải quan, đất đai, xây dựng.. phù hợp với chuẩn mực quốc tế. Xây dựng quy chế công bố thông tin của các cơ quan nhà
nƣớc về quy hoạch, về chính sách có liên quan, quy chế trả lời ý kiến công dân và doanh nghiệp. Thể chế hoá việc tổ chức đối thoại giữa doanh nghiệp với các cơ quan chức năng và chính quyền địa phƣơng; quy định trách nhiệm thực hiện các cam kết và thời hạn giải quyết. Khẩn trƣơng thực hiện chƣơng trình sử dụng công nghệ thông tin trong hệ thống quản lý nhà nƣớc, từng bƣớc xây dựng “chính phủ điện tử”.
- Hoàn thiện, xây dựng một hệ thống các cơ quan nghiên cứu quốc tế toàn diện từ chính trị, an ninh tới kinh tế - xã hội, văn hoá, môi trƣờng, đặc biệt là những cơ quan nghiên cứu về WTO và các định chế toàn cầu, khu vực. Các cơ quan này có chức năng báo cáo, tham mƣu cho chính phủ về những biến động của tình hình quốc tế và đề xuất những chính sách, giải pháp...
- Bồi dƣỡng, nâng cao trình độ cho đội ngũ nghiên cứu, hoạch định các chính sách kinh tế đối ngoại - quan trọng nhất là các chính sách hội nhập toàn cầu, khu vực và song phƣơng, nghiên cứu đề xuất những sáng kiến về chính sách với các tổ chức trên và hoàn thiện thể chế kinh tế Việt Nam phù hợp với WTO.
Xây dựng một trung tâm tƣ vấn, thông tin và đào tạo về WTO. Trung tâm này có nhiệm vụ thu thập tất cả các tài liệu về WTO, biên soạn các tài liệu cần phổ biến về WTO cho các cấp, các ngành và ngƣời dân, tổ chức các khoá huấn luyện các vấn đề cần thiết nhƣ: vấn đề chống bán phá giá, vấn đề chống trợ cấp, vấn đề giải quyết tranh chấp...
- Xây dựng một bộ phận thanh tra chuyên về kinh tế đối ngoại, kiểm tra hệ thống văn bản pháp quy của các cấp, các địa phƣơng, có tuân thủ đúng các thể chế của WTO không...
- Mỗi bộ, ngành, địa phƣơng, cần có bộ phận chuyên theo dõi về các quan hệ với WTO, để có thể xử lý kịp thời những vấn đề nảy sinh.