Quyết toán ngân sách xã do Uỷ ban nhân dân cấp xã lập và trình Hội đồng nhân dân cấp xã phê chuẩn theo đúng quy trình quy định của Luật ngân sách Nhà nƣớc và các Văn bản hƣớng dẫn của cơ quan tài chính cấp trên. Tuy nhiên, vẫn còn một số tồn tại chủ yếu, cần phải khắc phục nhƣ sau:
- Báo cáo quyết toán cuối năm tiến hành nhƣ sau: Bộ phận tài chính kế toán cấp xã lập báo cáo quyết toán thu, chi hàng năm báo cáo UBND trình HĐND cấp xã phê chuẩn, đồng thời gửi Phòng TC - KH để tổng hợp vào quyết toán ngân sách cấp huyện. Sau khi HĐND cấp xã phê chuẩn, báo cáo quyết toán đƣợc gửi HĐND và UBND cấp xã, Phòng TC - KH, lƣu tại Bộ phận tài chính kế toán cấp xã; đồng thời đƣợc thông báo nơi trụ sở xã cho nhân dân trong xã biết. Theo quy định chung, cuối năm cấp xã phải tiến hành khóa sổ và quyết toán ngân sách cấp xã hàng năm. Thời gian chỉnh lý quyết toán ngân sách cấp xã đƣợc quy định đến hết ngày 31 tháng 01 năm sau.
- Việc phê chuẩn quyết toán của Hội đồng nhân dân cấp xã còn mang tính hình thức, phê chuẩn những cái đã có sẵn, do Uỷ ban nhân dân cấp xã báo cáo, chƣa quan tâm đến nguyên nhân tăng, giảm của từng chỉ tiêu thu, chi so với dự toán.
- Công tác thẩm định quyết toán của cấp trên cũng chƣa đƣợc quan tâm đúng mức, mới chỉ quan tâm ở mức độ xem xét tổng thu, tổng chi so với số Kho bạc nhà nƣớc xác nhận, việc hạch toán ghi chép sổ sách, sự hợp lệ, hợp lý của chứng từ chi ngân sách, việc sử dụng nguồn bổ sung từ ngân sách cấp trên, chƣa quan tâm đến việc quản lý, điều hành ngân sách theo dự toán đƣợc Hội đồng nhân dân cấp xã quyết định.
Có một số tồn tại chủ yếu nhƣ: Báo cáo quyết toán ngân sách lập thiếu biễu mẫu, chất lƣợng báo cáo không cao; việc phê duyệt quyết toán của HĐND cấp xã và thẩm định quyết toán của phòng Tài chính huyện còn mang tính hình thức, thủ tục.
Hiện nay, với nguồn thu ngân sách trực tiếp trên địa bàn xã cũng nhƣ của tỉnh còn hạn chế nên nguồn vốn phân bổ cho đầu tƣ xây dựng cơ bản ở các xã nói trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh chƣa đáp ứng kịp nhu cầu của các địa phƣơng. Bên cạnh đó, do năng lực quản lý ngân sách của các xã còn hạn chế nên việc thực hiện trình tự đầu tƣ, thẩm định và phê duyệt dự án đầu tƣ, thiết kế và dự toán đầu tƣ còn mang tính hình thức, chất lƣợng không cao; lựa chọn nhà thầu còn tùy tiền, công tác đấu thầu còn mang tính hình thức; đầu tƣ còn mang tính dàn trải, thiếu tập trung, chủ yếu đầu tƣ cho các dự án mới, chƣa quan tâm đến bố trí nguồn vốn trả nợ và một số công trình chƣa kịp bố trí nguồn vốn nên chƣa hoàn thành đúng tiến độ.
2.2.5. Kiểm tra, kiểm soát
Đây là một khâu quan trọng trong quản lý ngân sách nhà nƣớc cấp xã. Để góp phần nâng cao chất lƣợng quản lý ngân sách xã, trong những năm qua, Hà Tĩnh đã rất quan tâm, chú trọng đến công tác thanh tra, kiểm tra. Hà Tĩnh đã lựa chọn những cán bộ có năng lực và phẩm chất để thực hiện công tác này.
Qua công tác kiểm tra, thanh tra, Hà Tĩnh đã phát hiện và tiến hành xử lý nhiều vụ vi phạm chế độ, chính sách tài chính, hạch toán chứng từ khống để tham ô, tham nhũng tiền đóng góp của nhân dân hoặc tiền công quỹ, qua đó thanh lọc đƣợc đội ngũ chƣa đáp ứng đƣợc yêu cầu chuyên môn nghiệp vụ và đạo đức nghề nghiệp. Đồng thời chấn chính đƣợc những dấu diệu sai trái ở một số địa phƣơng.