Cỏc doanh nghiệp sau cổ phần hoỏ cũn bị phõn biệt đối xử, gặp khú khăn khi vay vốn, nhất là cỏc khoản vay ưu đói của Nhà nước. Ngõn hàng yờu cầu những thủ tục, giấy tờ phức tạp hơn, hạn mức vay thấp hơn khi cũn là doanh nghiệp nhà nước.
Chưa cú quy định rừ ràng và chưa cú chế tài đủ mạnh để cỏc ngõn hàng thương mại và cỏc tổ chức tớn dụng xử lý nợ cho doanh nghiệp cổ phần hoỏ, dẫn đến những vướng mắc và tồn tại trong giải quyết nợ phải trả, làm doanh nghiệp sau cổ phần hoỏ phải gỏnh chịu hậu quả.
Cỏc quy định về bỏn cổ phần cũn mang tớnh “chớnh sỏch” là nguyờn nhõn trực tiếp dẫn đến hiện tượng cổ phần hoỏ nội bộ, khụng thu hỳt được cỏc nhà đầu tư bờn ngoài, nhất là cỏc nhà đầu tư chiến lược. Hậu quả là khụng
thực sự tạo chuyển biến trong đổi mới quản lý nội bộ cụng ty, chưa phỏt huy hết tớnh năng động của doanh nghiệp. Vẫn cũn hiện tượng cổ đụng chuyển nhượng cổ phiếu tự do khụng đỳng luật và điều lệ cụng ty cổ phần khụng kiểm soỏt được.
Cũn nhiều vướng mắc trong tiến trỡnh cổ phần hoỏ như: xỏc định giỏ trị doanh nghiệp, giải quyết dư nợ, tớnh toỏn giỏ đất, bố trớ việc làm cho người lao động...; một số yếu tố như: lợi thế kinh doanh, thương hiệu, giỏ trị quyền sử dụng đất chưa được tớnh toỏn khi xỏc định giỏ trị doanh nghiệp, gõy thiệt hại cho Nhà nước và người lao động trong doanh nghiệp. Trong quỏ trỡnh xỏc định giỏ trị doanh nghiệp chậm giải quyết dứt điểm số tài sản chờ xử lý, khụng tớnh vào giỏ trị doanh nghiệp; khụng phản ỏnh đầy đủ số vốn gúp của Nhà nước vào doanh nghiệp.
Khi chuyển từ cơ chế doanh nghiệp nhà nước sang hoạt động theo Luật Doanh nghiệp, khụng ớt cỏn bộ quản lý vẫn điều hành cụng ty cổ phần theo phương thức điều hành doanh nghiệp nhà nước. Mặt khỏc, do thiếu kiến thức cần thiết về quản trị cụng ty cổ phần nờn nhiều cổ đụng chưa sử dụng hết quyền của mỡnh hoặc lạm dụng vai trũ, quyền hạn của cổ đụng làm cho hiệu quả quản trị doanh nghiệp chưa cao.
Qua kiểm toỏn, cỏc cơ quan chức năng phỏt hiện một số doanh nghiệp cổ phần hoỏ lợi dụng thời gian chờ chuyển sang cụng ty cổ phần (thường mất khoảng từ 1 năm đến 1 năm rưỡi từ khi định giỏ doanh nghiệp) và quy định của nhà nước về kết chuyển kết quả sản xuất kinh doanh của giai đoạn từ khi xỏc định giỏ trị doanh nghiệp đến khi chớnh thức chuyển sang cụng ty cổ phần (lói thỡ tăng vốn nhà nước, lỗ thỡ giảm vốn nhà nước), đó tỡm mọi cỏch hạch toỏn tăng chi phớ, giảm doanh thu, chuyển lỗ cho nhà nước phải gỏnh chịu.
Cỏc cơ chế tài chớnh cho việc thực hiện chuyển đổi doanh nghiệp nhà nước sang cụng ty cổ phần tại Nghị định số 64/2002/NĐ-CP cũn thiếu cỏc
quy định về trỏch nhiệm của doanh nghiệp trong việc chủ động xử lý nợ, giải quyết lao động dụi dư, nờn cú xu hướng để Nhà nước xử lý tạo ra gỏnh nặng cho ngõn sỏch nhà nước, tạo kẽ hở thất thoỏt vốn và tài sản và làm chậm tiến trỡnh cổ phần hoỏ; việc xỏc định giỏ trị doanh nghiệp cổ phần hoỏ chủ yếu ỏp dụng cơ chế hội đồng cũn mang nặng tớnh chủ quan của cơ quan quản lý, thiếu tớnh chuyờn nghiệp, ảnh hưởng đến thời gian và kết quả định giỏ…; việc bỏn đấu giỏ cổ phần thụng qua cỏc tổ chức tài chớnh trung gian (cỏc cụng ty chứng khoỏn, cụng ty tài chớnh, cỏc ngõn hàng thương mại và cỏc tổ chức tớn dụng ) vẫn cũn hạn chế.