Thứ nhất, Tốc độ tiến hành cổ phần húa cũn chậm, cỏc doanh nghiệp đó cổ phần hoỏ mới chỉ chiếm một phần khụng đỏng kể trong tổng nguồn lực cỏc doanh nghiệp nhà nước núi chung. Theo số liệu của Ban Chỉ đạo đổi mới và phỏt triển doanh nghiệp, số vốn nhà nước tại cỏc doanh nghiệp đó cổ phần hoỏ chỉ chiếm khoảng 6 - 7% so với tổng số vốn của cỏc doanh nghiệp nhà nước.
Thứ hai, Cú tỡnh trạng về hỡnh thức là cổ phần hoỏ, nhưng về nội dung lại là tư nhõn hoỏ và thậm chớ là tư nhõn hoỏ khụng minh bạch. Chẳng hạn việc "cổ phần hoỏ" một số khỏch sạn ở một vài thành phố, trong đú đó đỏnh giỏ giỏ trị tài sản của khỏch sạn rất thấp (chỉ vài tỷ đồng) mà thực ra là gần một trăm tỷ đồng, phần lớn giỏ trị này rơi vào tay một số người "mua lại" cổ phần của cụng nhõn.
Thứ ba, Chưa đạt được mục tiờu chớnh là huy động vốn của toàn xó hội
vào đầu tư phỏt triển.
Đối tượng cổ phần hoỏ cũn quỏ hẹp, dẫn đến kết quả cổ phần hoỏ cũn nhỏ bộ so với toàn bộ nền kinh tế núi chung và khu vực doanh nghiệp nhà nước núi riờng. Trong số doanh nghiệp nhà nước đó cổ phần trước năm 1998
cú khoảng 40% số doanh nghiệp khụng cú cổ đụng là người ngoài doanh nghiệp, sau năm 1999 là 26%. Thực tế, chỉ bỏn tài sản nhà nước hiện cú tại doanh nghiệp, tức là chuyển đổi sở hữu tài sản chứ chưa làm tăng tài sản doanh nghiệp. Mặt khỏc, hơn 90% số doanh nghiệp đó cổ phần cú quy mụ vốn nhỏ dưới 10 tỷ đồng, trong đú trờn 2/3 cú vốn dưới 5 tỷ đồng. Việc bỏn cổ phần cho cỏc nhà đầu tư nước ngoài cũn rất hạn chế.
Việc tạo điều kiện để người lao động cỏc doanh nghiệp cổ phần được mua cổ phiếu với giỏ ưu đói đó nảy sinh nhiều sự khụng cụng bằng. Vớ dụ, mức thu nhập dưới 300.000 đồng/người/thỏng ỏp dụng cho tất cả cỏc thành phố trong tiờu chớ “người lao động nghốo” là khụng hợp lý. Chưa cú cơ chế, chớnh sỏch giỳp người lao động nghốo giữ được cổ phần sau khi mua và tài sản nhà nước bị thất thoỏt nhiều trong quỏ trỡnh cổ phần húa. Ngoài ra tổ chức Đảng trong cụng ty cổ phần chưa đổi mới về chức năng, nhiệm vụ, phương thức hoạt động nờn lỳng tỳng trong sinh hoạt, chưa phỏt huy tốt vai trũ lónh đạo của mỡnh.
Thứ tư, cụng tỏc chỉ đạo và việc tổ chức thực hiện cũn nhiều nhược điểm.
- Một số bộ, ngành, địa phương, doanh nghiệp chưa nhận thức được tớnh cấp thiết phải cổ phần hoỏ doanh nghiệp nhà nước, vẫn cũn muốn duy trỡ cơ chế chủ quản, nờn cũn chần chừ.
- Một số địa phương đó "khoỏn trắng" cho Ban Chỉ đạo đổi mới doanh nghiệp, thiếu sự phối hợp giữa cấp uỷ Đảng và chớnh quyền.
- Cụng tỏc giỏm sỏt, kiểm tra, đụn đốc việc tổ chức thực hiện cỏc đề ỏn đó được phờ duyệt cũn chưa thường xuyờn, chưa kịp thời.
- Nhiều Giỏm đốc doanh nghiệp chưa tớch cực thực hiện đề ỏn sắp xếp đó được Thủ tướng Chớnh phủ phờ duyệt, vỡ quyền lợi và ảnh hưởng cỏ nhõn,
hoặc sợ trỏch nhiệm trong việc xử lý cỏc tồn tại phỏt sinh khi chuyển đổi doanh nghiệp.
- Ngõn hàng thương mại nhà nước chưa tớch cực phối hợp với doanh nghiệp cơ cấu lại nợ, xử lý nợ theo tinh thần Nghị định số 69/2002/NĐ-CP và Quyết định số 149/2001/QĐ-TTg ngày 5/10/2001 của Thủ tướng Chớnh phủ về việc phờ duyệt Đề ỏn xử lý nợ đọng của cỏc Ngõn hàng thương mại (đến nay ngõn hàng chưa xử lý được nợ cho doanh nghiệp nào).
Hệ thống định chế trung gian mới hỡnh thành, chưa đỏp ứng được yờu cầu của cụng tỏc đổi mới nờn hoạt động sắp xếp, chuyển đổi doanh nghiệp nhà nước trong thời gian qua vẫn cũn mang tớnh hành chớnh, thủ tục rườm rà, qua nhiều khõu, nhiều cấp, mất nhiều thời gian.