Tiến độ CPH chậm, chưa đạt kế hoạch đề ra. Tuy đạt được những kết quả đáng ghi nhận nêu trên nhưng so với yêu cầu và mục tiêu của Nghị quyết TW3, TW9 (khoá IX), Nghị quyết Đại hội X của Đảng thì việc sắp xếp, nâng cao hiệu quả doanh nghiệp mà trọng tâm là CPH DNNN vẫn còn chậm, nhất là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực tài chính, ngân hàng.
Việc xác định giá trị tài sản của các doanh nghiệp còn nhiều hạn chế, sơ hở; giá trị doanh nghiệp chưa được tính đúng và thống nhất; giá trị thương hiệu, lợi thế kinh doanh, nguồn nhân lực tại doanh nghiệp chưa được xem xét đánh giá đầy đủ và nhất là chưa xác định đúng giá trị quyền sử dụng đất để
đưa vào giá trị doanh nghiệp khi CPH đã làm thất thoát lớn tài sản của Nhà nước, làm lợi cho một số người, tạo nên bức xúc cho xã hội.
Các hoạt động bổ trợ cho quá trình CPH doanh nghiệp (kiểm toán, tư vấn, các định chế tài chính trung gian, thị trường chứng khoán…) chưa được quan tâm phát triển đồng bộ, chưa đáp ứng yêu cầu; doanh nghiệp CPH chưa được thực sự chủ động lựa chọn đơn vị tư vấn, xác định giá trị tài sản, xây dựng phương án CPH, phương án phát triển doanh nghiệp sau CPH.
Mục tiêu thu hút các nguồn vốn xã hội vào sản xuất, kinh doanh khi CPH DNNN đạt được còn thấp.
CPH chưa thực hiện tốt mục tiêu tạo sự gắn bó, phát huy tính thần làm chủ của người lao động trong doanh nghiệp.
Cơ chế quản lý đối với DNNN sau CPH, nhất là với những doanh nghiệp mà Nhà nước nắm giữ trên 51% cổ phần còn nhiều điều chưa rõ, chưa phù hợp.
Quản lý nhà nước đối với doanh nghiệp sau CPH còn nhiều bất cập. Hiện đang có tình trạng chưa phân định rõ và nhận thức đúng về người đại diện sở hữu cổ phần nhà nước và người trực tiếp quản lý cổ phần nhà nước tại CTCP.
Sau CPH, ở hầu hết các doanh nghiệp, hoạt động của các tổ chức Đảng và đoàn thể đều gặp khó khăn - nhất là ở các doanh nghiệp mà nhà nước không giữ cổ phần chi phối.