Công nghệ chế biến là khâu quan trọng trong chu trình sản xuất, nuôi trồng chếbiến và kinh doanh thuỷ sản. Hoạt động chế biến trong 15 năm qua đã đợc đánh giá là có hiệu quả, góp phần tạo sự khởi sắc cho ngành thuỷ sản trong sự đa dạng hoá các sản phẩm thuỷ sản xuất khẩu. Nếu nh năm 1986 cả nớc có trên 40 nhà máy chế biến thuỷ sản với công suất chế biến 210 tấn thành phẩm/ngày thì sau 15 năm đổi mới, năm 2001 đã có khoảng 266 nhà máy (tăng 86,64%, tăng bình quân 5,8%/năm) với công suất chế biến hơn 1.500 thành phẩm/ngày. Trong đócó 77 nhà máy có thành phẩm xuất khẩu vào EU và có khoảng 50 đơn vịáp dụng HACCP đủtiêu chuẩn xuất khẩu thuỷ sản sang Mỹ. Theo Thứ trởng Bộ thuỷ sản - Bà Nguyễn Thị Hồng Minh, trong 3 năm qua tổng đầu t vào lĩnh vực chế biến thuỷ sản của Việt Nam là trên 2000 tỷ đồng, trong đónhiều cơ sở chế biến thuỷ sản của ta hiện đã ngang với trình độ công nghệ của các nớc trong khu vực và bớc đầu tiếp cận với
trìnhđộcông nghệ tiên tiến của thế giới. Nhờ đó mà trong 5 năm qua tốc độtăng trởng của ngành thuỷ sản Việt Nam khá cao so với con số hiện thực năm 1996. Trong năm 2000, tổng sản lợng khai thác đạt 1.280.590 tấn, tăng 33,05%, sản lợng nuôi trồng đạt 723.110 tấn, tăng 75,94% với kim ngạch xuất khẩu đạt 1,475 tỷ USD tăng tới 120,14% so với năm 1996. Năm 2001 sản lợng khai thácđạt 1.347.800 tấn, sản lợng nuôi trồngđạt 879.100 tấn với kim ngạch xuất khẩu đạt 1,75 tỷ USD tăng 19,32% so với năm 2000. Năm 2002, tổng sản lợng thuỷ sản là 2.410.900 tấn, bằng 104,82% kế hoạch và tăng 5,4% so với thực hiện năm 2001, trong đó sản lợng khai thác là 1.434.800 tấn, sản lợng nuôi trồng và khai thác nội địa là 976.100 tấn; kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản là 2.021 triệu USD, bằng 100,70% kế hoạch năm và tăng 13,31% so với thực hiện năm 2001.
Không những thế, tỷ trọng hàng chế biến có giá trị gia tăng cũng tăng lên đáng kể, đạt khoảng 19,75% giá trịxuất khẩu năm 2001, năm 2002 tăng lên gần 21%. Tuy nhiên, số lợng cơsởchế biến chỉ chiếm khoảng 28,95% tổng số nhà máy chếbiến thuỷ sản hiện nay. Mặt khác, cũng theo các nguồn tin từ Bộ thuỷ sản thì trong số 266 nhà máy chế biến thuỷ sản xuất khẩu hiện nay, số nhà máy đợc xây dựng vào thập niên 90 chiếm vào khoảng 30%, số còn lại đợc xây dựng vào thập niên 80 và sớm hơn nên đều đãlạc hậu, xuống cấp không đáp ứng đợc yêu cầu ngày càng khắt khe hơn của các thị trờng mới khó tính nh thị