Tổ chức bộ máy kế toán là việc sắp xếp, bố trí, phân công công việc cho những ngƣời làm công tác kế toán trong đơn vị sao cho bộ máy kế toán phù hợp với quy mô hoạt động và yêu cầu quản lý của đơn vị. Theo đó, bộ máy kế toán của đơn vị là tập hợp những ngƣời làm kế toán tại đơn vị, cùng các phƣơng tiện trang thiết bị để ghi chép, tính toán xử lý toàn bộ thông tin liên quan đến khâu tổng hợp, cung cấp những thông tin kinh tế tài chính về các hoạt động của đơn vị. Vì vậy, tổ chức bộ máy kế toán phải đảm bảo chỉ đạo và thực hiện toàn diện, thống nhất và tập trung các thông tin kinh tế của đơn vị; tổ chức bộ máy kế toán phải gọn nhẹ, hợp lý, chuyên môn hóa, đủ năng lực hoàn thành tốt nhiệm vụ
Theo quy định của ngành BHXH, các đơn vị BHXH đều tổ chức bộ máy kế toán riêng để thực hiện toàn bộ công việc kế toán của đơn vị, hoạt động và hạch toán độc lập với cấp trên. Các viên chức kế toán trong đơn vị đều tốt nghiệp đại học trở lên và yêu cầu đƣợc đào tạo đúng chuyên ngành kế toán.
Về tổ chức, bộ phận kế toán của một đơn vị BHXH đƣợc chia tối đa thành 6 vị trí công việc nhƣ sau: Kế toán trƣởng; Kế toán tổng hợp; Kế toán chi; Kế toán ngân hàng; Kế toán thanh toán; Thủ quỹ. Số lƣợng viên chức trong bộ phận kế toán của đơn vị tùy vào quy mô mà đƣợc phân công mỗi viên chức kế toán phụ trách một hoặc hai vị trí công việc. Nhiệm vụ cụ thể của mỗi vị trí do kế toán trƣởng quy định, về tổng quát thì nhiệm vụ của các vị trí nhƣ sau:
Kế toán trưởng: tổ chức thực hiện công tác kế toán trong đơn vị theo quy định của pháp luật; Thực hiện việc kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ các hoạt động thu, chi tiền mặt, tiền gửi. Nghiêm cấm thực hiện các công việc thay kế toán viên và thủ quỹ. Kiểm soát chặt chẽ việc lập chứng từ kế toán, ghi sổ kế toán theo quy định. Thực hiện việc đối chiếu số liệu về thu, chi tiền mặt, tiền gửi; thu, chi BHXH, BHYT, BHTN; tạm ứng kinh phí chi KCB, công nợ với các bộ phận có liên quan theo quy định. Hàng ngày, thực hiện đối chiếu tiền mặt giữa kế toán viên và thủ quỹ. Định kỳ thực hiện đối chiếu giữa sổ kế toán và sổ phụ ngân hàng. Kịp thời báo cáo Thủ trƣởng đơn vị những sai sót phát sinh trong công tác quản lý tài chính, tài sản.
Các kế toán viên: thực hiện các công việc trong phạm vị đƣợc phân công. Lập và hạch toán các chứng từ thu, chi tiền mặt, tiền gửi theo đúng chế độ, định mức của Nhà nƣớc và quy chế chi tiêu nội bộ của ngành, của đơn vị. Theo dõi số thu trên tài khoản tiền gửi, phối hợp với ngân hàng, kho bạc để chuyển kịp thời theo quy định về BHXH cấp trên. Ghi sổ kế toán trung thực, đầy đủ, kịp thời. Đối chiếu số phát sinh, số dƣ tiền gửi theo quy định. Hàng ngày thực hiện đối chiếu số phát sinh, số dƣ tiền mặt với thủ quỹ. Định kỳ đối chiếu số thu BHXH, BHYT tự nguyện, BHTN, số biên lai đã sử dụng của các đại lý với cán bộ làm công tác thu các quỹ BHXH.
Thủ quỹ: đối chiếu các nội dung ghi trên Phiếu thu, Phiếu chi đảm bảo khớp đúng với hồ sơ kèm theo. Thực hiện xuất, nhập quỹ tiền mặt đúng với số tiền ghi trên Phiếu thu, Phiếu chi. Ghi sổ quỹ tiền mặt trung thực, chính xác và đầy đủ. Sắp xếp quản lý tiền mặt trong két khoa học, gọn gàng. Phối hợp cùng kế toán làm thủ tục nộp tiền vào ngân hàng khi lƣợng tiền mặt tồn quỹ vƣợt quy định. Thực hiện khóa két sắt khi ra khỏi vị trí làm việc và niêm phong két khi nghỉ lễ dài ngày.