5. Những đóng góp mới của đề tài
3.3.4 Mối quan hệ di truyền giữa các loài trong giống Bungarus tại Việt
Việt Nam
Tổng số 42 trình tự đoạn gen COI thuộc giống Bungarus có chiều dài
658 bp, trong đó 33 trình tự được tham khảo trên Genbank, 9 trình tự mới từ nghiên cứu nàỵ
Trong 658 bp, số vị trí bảo thủ là C=504/658, số vị trí đa dạng V=154/658, số vị trí đơn nhất là S=65/658. Tỉ lệ thành phần các loại Bazơ nitơ
là T= 30,6; C=27,5; A=26,8; G=15,2. Loài Naja naja (DQ343648) (Yan và cs.
2008) được sử dụng làm nhóm ngoài phân tích.
Cây quan hệ di truyền được được xây dựng dựa trên phương pháp phân
tích MrBayes có trong phần mềm Kakusan, giá trị -Lnl của mô hình là 2232,64700, tham số mô hình Gama là 0,146.
Các loài thuộc giống Bungarusnằm trên cùng một nhánh của cây quan hệ di truyền, tách biệt hoàn toàn với nhánh ngoài (chỉ có loài Naja naja) với giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh đạt tuyệt đối 100% (Hình 3.12).
tách thành 4 phân nhánh A, B, C, D trong đó:
Phân nhánh A gồm cáctrình tự các mẫu vật được xác định là B. candidus
và B. multicinctus, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh gần tuyệt đối
(98/100).
Phân nhánh B gồm các trình tự các mẫu vật được xác định là B. magnimaculatus và B. suzhenae, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh cao
(87/100).
Phân nhánh C gồm cáctrình tự đoạn gen COI củamẫu vật được xác định
là B. fasciatus
Phân nhánh D là trình tự đoạn gen COI của mẫu vật được xác định làB. slowinskii, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh tuyệt đốị
Phân nhánh A gồm 3 nhóm A1, A2, A3:
Nhóm A1: gồm các mẫu vật thu từ Bình Định, Bình Thuận, Ninh Thuận, Vĩnh Phúc, Vân Nam, Thừa Thiên Huế, Johor (Ma-lai-xi-a), Ratanakiri,
Cambodia, Bình Phước, Yala (Thái Lan), Đài Loan, Phúc Kiến (Trung Quốc), Quảng Tây (Trung Quốc), Nê-pan, Pa-ki-xtan, khoảng cách di truyền từ 0,00% đến 2,60%. Trong đó nhóm mẫu vật được thuộc nhánh A1 có sai khác về di truyền từ 0,00-1,41% (Bảng 3.4).
Nhóm A2 có sai khác di truyền trong khoảng 0,18%-1,63%. Nhóm A3 có sai khác di truyền trong khoảng 0,00-0,33%. Sai khác di truyền giữa nhóm A1 và A2 khoảng 0,88-2.45%. Sai khác di truyền giữa nhóm A1 và A3 khoảng
1,06-2.60%, và nhóm A2 và A3 khoảng 0,88-1.79% (Bảng 3.4). Trong nghiên
cứu của Chen và cs. 2021, nhóm tác giả cho rằng các mẫu vật có mã genbank gồm MN165149, MN165147, MN165158, MN165157, MN165159,
KY769759, KY769760, KY769761, KY769762 được định danh là B. wanghaotingi và mẫu vật kí hiệuMN165148, KY769757, KY769758 được định danh là B. candidus. Kết quả nghiên cứu nàycó kết quả gần tương tự như của Chen và cs. 2021.
Với nhóm mẫu vật ở nhánh A1 và A2, lý giải sự khác biệt của 2 nhóm này với nhóm A3 như sau: tuy có sự sai khác di truyền giữa nhóm A1 và A2
khoảng 0,88-2.45%, nhóm A1 và A3 khoảng 1,06-2.60%, và nhóm A2 và A3
khoảng 0,88-1.79%, việc định danh nhóm A1 và A2 là loài B. candidus và nhóm A3 là loài B. multicinctus là chưathựcsự tin tưởng do số lượng mẫu vật trong nghiên cứu còn ít, chưa đủ lớn và chỉ thực hiện trên một đoạn gen COI, tuy nhiên kết hợp với nghiên cứu của Xie và cs. 2017 [21] sử dụng 106 mẫu vật với trình tự Cyt b với cặp mồi L14910 / H16064 cho rằng các mẫu vật B. multicinctusthu thập được tại các địa điểm có vị trí từ phía Tây Nam và Nam Trung Quốc bao gồm Vân Nam, Quý Châu, Phúc Kiến, Quảng Tây và Quảng Đông và loài Bungarus m. wanghaotiở phía Tây Vân Nam là loài B. candidus.
Nghiên cứu cũng cho rằng giới hạn cuối với loài B. multicinctuslà ở phía Nam trong lãnh thổ của Trung Quốc và các mẫu vật được định danh là B. multicinctus
ở Việt Nam, Thái Lan, Myanmar là loài B. candidus.
Chính vì vậy, từcác dữ liệu hiện có chúng tôi đưa ranhận định: Loài B. multicinctuskhông phân bố ở Việt Nam, các địa điểm trước đây ghi nhận loài
B. multicinctusở Việt Nam loài B. candidus.
Nhóm A3 gồm các mẫu của loài B. multicinctus thu từ Đài Loan, Phúc Kiến, Quảng Tây và Hải Nam có sai khác di truyền tương đối tách biệt với các mẫu vật còn lạị
Hình 3.13. Cây quan hệ di truyền của các loài thuộc giống Bungarus xây
dựng trên mô hình BI
Phân tích được thực hiện trên 1x107 thế hệ. Lấy mẫu sau 1000 thế hệ - ln Likelihood
đạt mức độ ổn định sau 16000 thế hệ. Chiều dài nhánh thể hiện khoảngcách di truyền giữa các taxon. Giá trị của gốc nhánh được coi là đạt độ tin cậy khi ≥ 95%). Các số hiệu phía sau tên loài là số đăng kí trên GenBank hoặc kí hiệu thực địạ (xem Bảng
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 1. Kết luận
Đã ghi nhận 04 loài thuộc giống Rắn cạp nia Bungarusở Việt Nam. Loài
B. slowinskii có tên trong Danh lục đỏ IUCN (2021) [77] bậc VỤ
Bổ sung dữ liệu cập nhật các đặc điểm hình thái và phân bố của 3 loài
thuộc giống Rắn cạp nia Bungarus ở Việt Nam, trong đó ghi nhận vùng phân bố mới của 03 loài gồm: B. candidus tại tỉnh Khánh Hòa và Quảng Ninh, B. fasciatus tại tỉnh Hà Giang. Xây dựng khóa phân loại đến loài trong giống
Bungarustại Việt Namgồm 04 loài với các đặc điểm hình thái rõ ràng.
Cung cấp thêm 08 trình tựđoạn gen COIcủa loài B. candidus và bổ sung
lần đầu đoạn gen COI của loài B. slowinskiiở Việt Nam.
Về quan hệ di truyền, các loài thuộc giống Bungarus ở Việt Nam nằm
trên 3 phân nhánh A, B, C, D trong đó:
Phân nhánh A gồm các mẫu vật được xác định là B. candidus và B. multicinctus, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh đạt gần tuyệt đối (98/100).
Phân nhánh A gồm 3 nhóm A1, A2, A3
Nhóm A1 và A2 được xác định là B. candidus
Nhóm A3 được xác định là B. multicinctus và B. “wanghaotingi”
nhưng không phân bố ở Việt Nam
Phân nhánh B gồm các mẫu vật được xác định là B. magnimaculatus và
B. suzhenae, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh cao (87/100).
Phân nhánh C gồm các mẫu vật được xác định là B. fasciatus
Phân nhánh D gồm các mẫu vật được xác định là B. slowinskii, giá trị xác suất hậu nghiệm gốc nhánh tuyệt đối
Từ các dữ liệu hình thái kết hơp với di truyền phân tử kết hợp với các nghiên cứu gần đây của Xie và cs. 2018 và Chen và cs. 2021 [21, 14], nghiên
cứu khẳng định loài B. multicinctus và loài B. wanghaotingi không phân bố ở Việt Nam. Loài B. multicinctus ghi nhận trước đây ở Việt Nam được định loại
và loài B. wanghaotingi không phân bố ở Việt Nam.
2. Kiến nghị
Tiếp tục những nghiên cứu khác vềcác loài thuộc giống Bungarusở Việt Nam, tập trung vào các vấn đề sau:
Thu thập bổ sung mẫu vật để phân tích đặc điểm hình thái và sinh học phân tử của các loài B. flavicepsở ngoài tự nhiên và các loài khác trong giống để làm rõ hơn về mối quan hệ giữa các quần thể khác nhau trong cùng loài và
khác loài trong giống.
Tiến hành nghiên cứu các đặc điểm sinh học sinh thái của các loài thuộc giống Bungarus ở Việt Nam để có thể phát triển thành công trong điều kiện nuôi nhốt nhằm hạn chế khai thác trực tiếp ngoài tự nhiên.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Myers, N., Mittermeier, R. Ạ, Mittermeier, C. G., Da Fonseca, G. Ạ, & Kent, J. (2000). Biodiversity hotspots for conservation priorities. Nature, 403(6772), 853-858.
2. Nguyen, S.V., Ho, C.T. and Nguyen, T.Q. 2009. Herpetofauna of Vietnam. Chimaira, Frankfurt, 768 pp.
3. Uetz, P., Freed, P. & Hošek, J. (eds.) (2021) The Reptile Database, http://www.reptile-databasẹorg, accessed.
4. Kuch, Ụ; Kizirian, D.; Nguyen, Q.T.; Lawson, R.; Donnelly, M.Ạ & Mebs, D. 2005. A new species of krait (Squamata: Elapidae) from the Red River System of Nothern Vietnam. Copeia 2005 (4): 818-833 5. Slowinski, J.B. (1994) A phylogenetic analysis of Bungarus (Elapidae)
based on morphological characters. Journal of Herpetology, 28, 440–
446.
6. Kharin V. Ẹ, Orlov N. L., and Ananjeva N. B. (2011), “New records and redescription of rare and little-known Elapid snake Bungarusslowinskii
(Serpentes: Elapidae: Bungari-nae),” Russian Journal of Herpetoly
18(4), 284 – 294.
7. Wall, F. (1907). A new krait from Oudh (Bungarus walli). J. Bombay Nat. Hist. Soc, 17, 608-611.
8. Kuch, Ulrich & Dietrich Mebs 2007. The identity of the Javan Krait,
Bungarus javanicus Kopstein, 1932 (Squamata: Elapidae): evidence from mitochondrial and nuclear DNA sequence analyses and morphologỵ Zootaxa 1426: 1-26
9. Abtin, Ẹ, Nilson, G., Mobaraki, Ạ, Hosseini, Ạ Ạ, & Dehgannejhad, M. (2014). A new species of krait, Bungarus (Reptilia, Elapidae, Bungarinae) and the first record of that genus in Iran. Russian Journal of Herpetology, 21(4).
10.Fry, B. G., & WinKeL, K. D. J. c. WicKramaratna, W. c. hoDGson, anDW. Wüster. 2003. Effectiveness of snake antivenom: species and regional venom variation and its clinical impact. J. Toxicol. Toxin Rev, 22, 23-34.
11.Williams, D. J. (2011). Gutié rrez JM, Calvete JJ, Wü ster W, Ratanabanangkoon K, Paiva O, et al. Ending the drought: New strategies for improving the flow of affordable, effective antivenoms in Asia and Africạ J Proteomics, 74, 1735-1767.
12.Hebert P.D.N., Penton ẸH., Burns J.M., Janzen D.H., Hallwachs W (2004). Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator. PNAS 101: 14812- 14817.
13.Liu J, Provan J, Gao LM, Li DZ (2012a). Sampling strategy and potential utility of indels for DNA barcoding of closely related plant species: A case study in Taxus. Int J Mol Sci, 13: 8740-8751.
14.Liu, Z., Zeng, X., Yang, D., Ren, G., Chu, G., Yuan, Z., ... & Chen, S. (2012). Identification of medicinal vines by ITS2 using complementary discrimination methods. Journal of Ethnopharmacology, 141(1), 242- 249.
15.Chen S, Yao H, Han J, Liu C, Song J, Shi L, Zhu Y, Ma X, Gao T, Pang X, Luo K, Li Y, Li X, Jia X, Lin Y, Leon C (2010). Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species.
PloS one, 5 (1): e8613.
16.Gao, T., Yao, H., Song, J., Liu, C., Zhu, Ỵ, Ma, X., ... & Chen, S. (2010). Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2. Journal of ethnopharmacology, 130(1), 116-121.
17.Hollingsworth ML, Clark AA, Forrest L, Richardson J, Pennington R, Long D, Cowan R, Chase M, Gaudeul M, Hollingsworth P (2009). Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate loci
with species‐level sampling in three divergent groups of land plants.
Molecular Ecology Resources, 9 (2): 439-457.
18.Group, C. P. B., Li, D. Z., Gao, L. M., Li, H. T., Wang, H., Ge, X. J., ... & Duan, G. W. (2011). Comparative analysis of a large dataset indicates that internal transcribed spacer (ITS) should be incorporated into the core
barcode for seed plants. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108(49), 19641-19646.
19.Chen, Z. N., Shi, S. C., Vogel, G., Ding, L., & Shi, J. S. (2021). Multiple lines of evidence reveal a new species of Krait (Squamata, Elapidae, Bungarus) from Southwestern China and Northern Myanmar. ZooKeys, 1025, 35.
20.Nguyen, S. N., Nguyen, V. D. H., Nguyen, T. Q., Le, N. T. T., Nguyen, L. T., Vo, B. D., ... & Zhang, Ỵ P. (2017). A new color pattern of the
Bungarus candidus complex (Squamata: Elapidae) from Vietnam based on morphological and molecular datạ Zootaxa, 4268(4), 563-572. 21.Xie, Ỵ, Wang, P., Zhong, G., Zhu, F., Liu, Q., Che, J., ... & Guo, P.
(2018). Molecular phylogeny found the distribution of Bungarus candidus in China (Squamata: Elapidae). 动物分类学报, 43(1), 109- 117.
22.Nguyen, Q. T., Nguyen, V. S., Dang, T. T. & Nguyen, T. T., 2009. Diversity of venomous snakes in Vietnam, pp. 159–167. In: Ngo, D. C., 23.Bourret R. (1936), “Les serpents de l’Indochine”, H. Dasuyau, Toulouse,
1 et 2, pp. 141-505
24.Bourret R. (1940), Notes Herpétologiques sur l’Indochine française. Vol. XXỊ Reptiles et Batraciens reçus au Laboratoire des Sciences Naturelles
de l’Université au cours de l’année 1940. Description de deux espèces
nouvelles, Bulletin général de l’Instruction publique, Hanoi, pp. 1-16 25.Đào Văn Tiến(1978), “Về khóa định loại rùa và cá sấuViệt Nam”,Tạp
chí Sinh vật - Địahọc, Hà Nội, XVI(1), tr. 1-6.
26.Đào Văn Tiến (1979), “Về khóa định loại thằn lằn Việt Nam”, Tạp chí Sinh vậthọc, Hà Nội, I(1), tr. 2-10.
27.Đào Văn Tiến (1981), “Về khóa định loại rắn Việt Nam (phần1)”, Tạp chí Sinh vậthọc, Hà Nội, III(4), tr. 1-6.
28.Đào Văn Tiến (1982), “Về khóa định loại rắnViệt Nam (phần2)”, Tạp chí Sinh vậthọc, Hà Nội, IV(5), tr. 5-9.
29.Trần Kiên, Nguyễn Quốc Thắng (1980), Các loài rắn độc ở Việt Nam, Nxb Khoa học và Kỹthuật, Hà Nội.
30.Nguyễn Văn Sáng (2007), Động vật chí Việt Nam: Phân bộ rắn, NXB Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nộị
31.NguyễnQuảng Trường, NguyễnVũ Khôi (2005), Nhận dạng một số loài
bò sát - ếch nhái ở Việt Nam, NXB Nông Nghiệp, Chi Cục Kiểm Lâm
TP. HCM, Tổ Chức Wildlife At Risk Việt Nam, Viện sinh thái và Tài Nguyên Sinh Vật, TP Hồ Chí Minh.
32.Truong, N. Q. (2006). Herpetological collaboration in Vietnam. In Proceedings of the 13th Congress of the Societas Europaea Herpetologicạ pp (Vol. 233, p. 240).
33.Zhao EM (2006) Snakes of Chinạ Anhui Science, Technology Publishing House, Hefei, 669 pp.
34.Đinh Đoàn Long, Đỗ Lê Thăng (2008). Cơ sở di truyền phân tử và tế bào, NXB Đại học Quốc gia, Hà Nộị
35.Hebert PD, Cywinska A, Ball SL. (2003a). Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270 (1512): 313-321
36.Hebert PD, Ratnasingham S, De Waard JR. (2003b). Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270 (Suppl 1): S96-S99.
37.Suárez-Díaz E, Anaya-Munoz VH (2008). History, objectivity, and the construction of molecular phylogenies. Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 39 (4): 451-468.
38.Kress WJ, Erickson DL (2007). A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the non-coding trnH- psbA spacer region. PLoS one, 2 (6): e508.
39.Hollingsworth ML, Clark AA, Forrest L, Richardson J, Pennington R, Long D, Cowan R, Chase M, Gaudeul M, Hollingsworth P (2009). Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate loci
with species‐level sampling in three divergent groups of land plants.
Molecular Ecology Resources, 9 (2): 439-457.
40.Kaur S (2015). DNA Barcoding and Its Applications”, International Journal of Engineering Research and General Science, 3 (2): 602-604. 41.CBOL Plant Working Group (2009). A DNA barcode for land plants.
Proc. Natl. Acad. Scị USẠ, 106: 12794–12797
42.Lebonah, D. Ẹ, Dileep, Ạ, Chandrasekhar, K., Sreevani, S., Sreedevi, B., & Pramoda Kumari, J. (2014). DNA barcoding on bacteria: a review. Advances in Biology, 2014.
43.Seifert KẠ (2009). Progress towards DNA barcoding of fungị
Molecular ecology resources, 9 (s1): 83-89.
44.Hollingsworth PM, Graham SW, Little DP (2011). Choosing and using a plant DNA barcodẹ PloS one, 6 (5): e19254.
45.Li X, Yang Y, Henry RJ, Rossetto M, Wang Y, Chen S (2015). Plant DNA barcoding: from gene to genomẹ Biological Reviews, 90 (1): 157- 166 46.Yu H, Wu K, Song J, Zhu Y, Yao H, Luo K, Dai Y, Xu S, Lin Y (2014)
Expedient identification of Magnoliaceae species by DNA barcoding.
Plant Omics 7, 47
47.Pyron R. Ạ, Burbrink F. T., Wiens J. J. (2013), “A phylogeny and
revised classification of Squamata, including 4161 species of lizards and
snakes”, BMC Evolutionary Biology, pp. 1-53.
48.Zaher H., Grazziotin F. G., Cadle J. Ẹ, Murphy R. W., de Moura-Leite J. C.,
Bonatto S. L. (2009), “Molecular phylogeny of advanced snakes (Serpentes, Caenophidia) with an emphasis on South American Xenodontines: A revised
classification and descriptions of new taxa”, Papéis Avulsos de Zoologia, pp. 115-153.
49.Conrad J. L., Ast J. C., Montanari S., Norell M. Ạ (2010), “A combined evidence phylogenetic analysis of Anguimorpha (Reptilia: Squamata)”,
Cladistics, 26, pp. 1-48.
50.Guo, P., Zhu, F., Liu, Q., Zhang, L., Li, J. X., Huang, Ỵ Ỵ, & Pyron, R. Ạ (2014). A taxonomic revision of the Asian keelback snakes, genus
Amphiesma (Serpentes: Colubridae: Natricinae), with description of a new species. Zootaxa, 3873(4), 425-440.
51.Takeuchi, H., Savitzky, Ạ H., Ding, L., de Silva, Ạ, Das, Ị, Nguyen, T. T., ... & Mori, Ạ (2018). Evolution of nuchal glands, unusual defensive organs of Asian natricine snakes (Serpentes: Colubridae), inferred from a molecular phylogenỵ Ecology and evolution, 8(20), 10219-10232. 52.Purkayastha, J., Kalita, J., Brahma, R. K., Doley, R., & Das, M. (2018).
A review of the relationships of Xenochrophis cerasogaster Cantor, 1839 (Serpentes: Colubridae) to its congeners. Zootaxa, 4514(1), 126- 136.
53.Ren, J. L., Wang, K., Guo, P., Wang, Ỵ Ỵ, Nguyen, T. T., & Li, J. T. (2019). On the generic taxonomy of Opisthotropis balteata (Cope, 1985) (Squamata: Colubridae: Natricinae): taxonomic revision of two natricine generạ Asian Herpetological Research, 10(2), 105-128.
54.Pyron, R. Ạ, Kandambi, H. K. D., Hendry, C. R., Pushpamal, V., Burbrink, F. T., & Somaweera, R. (2013). Genus-level phylogeny of