Các doanh nghiệp thủy hải sản Việt Nam sẽ phải đối mặt với những thách thức không nhỏ do nhiều yếu tố: Giá giảm, biến động tiền tệ, các rào cản phi thuế quan…Những rào cản dưới dạng quy định kỹ thuật, lao động rất có thể sẽ vô hiệu hóa lợi ích từ việc cắt giảm thuế quan đối với hàng hóa Việt Nam. Đó là những thách thức từ bên ngoài. Ngay trong chính nội tại ngành thủy sản Việt Nam cũng bộc lộ nhiều bất cập. Trong đó, việc giá thành sản phẩm thủy sản Việt Nam cao hơn so với các nước đối thủ, trong khi đó chi phí sản xuất tiếp tục tăng do đầu vào phụ thuộc vào các nguồn cung cấp nước ngoài (con giống, thức ăn, thuốc thú y)... Hiện nay rất nhiều doanh nghiệp đang tích cực đẩy nhanh các hoạt động xúc tiến và mở rộng thị trường để đón đầu cơ hội khi hội nhập. Nhưng đáng tiếc là hầu hết các doanh nghiệp chưa thực sự ý thức hết cũng như chuẩn bị các phương án quản trị rủi ro cho mình khi mở rộng thị trường. Nếu các doanh nghiệp tiếp tục thờ ơ, tiếp tục xem nhẹ những vấn đề này thì sắp tới đây những hậu quả mà các doanh nghiệp phải gánh chịu sẽ rất lớn và ngoài sức tưởng tượng.
Ngành thủy hải sản Việt Nam cần có các giải pháp để dự phòng và hạn chế các rủi ro có thể gặp phải. Đầu tiên, phải có chiến lược quản trị rủi ro kỹ lưỡng, kiểm soát mọi vấn đề. Thứ hai, trong tường hợp những rủi ro không thể lường trước được thì có nhiều cách để dự trù rủi ro đó, bao gồm việc mua bảo hiểm dự phòng, mời các nhà đầu tư để chia sẻ rủi ro cùng mình, từ đó xây dựng quyền lợi cũng như trách nhiệm với các nhà đầu tư, xây dựng quỹ dự phòng rủi ro.
Rủi ro là biến cố xấu, rủi ro có nhiều loại và phải chia chúng ra để quản trị. Nhiệm vụ của nhà quản lí là phải làm sao để rủi ro ở tối thiểu mà lợi nhuận ở mức cao nhất. Về quy trình quản trị rủi ro, nhà quản lí cần vẽ ra được môi trường rủi ro trong một vòng tròn gồm bốn nội dung: Thời hạn giao dịch; mức độ giao dịch; con người; thị phần doanh nghiệp. Việc quản trị cần ba yếu tố: thứ nhất có bộ phận dự báo, thứ hai có sự đảm bảo về đối sách quản trị, thứ ba là việc phân tán rủi ro (đồng tài trợ giảm thiểu rủi ro).