Hoạt động tín dụng được thực hiện trên cơ sở đảm bảo ba mặt lợi ích: lợi ích nhà nước, lợi ích ngân hàng và lợi ích khách hàng dưới hình thức thuận mua vừa bán thông qua giá cả cho vay hoặc lãi suất cho vay. Vậy để hấp dẫn khách hàng là các HSX mức lãi suất cho vay phải linh hoạt, tùy vào từng thời kỳ, từng đối tượng mà áp dụng mức lãi suất cũng có những ưu tiên khác nhau.
Đối với các HSX, lãi suất cũng được quan tâm hơn do vốn đầu tư của họ thường không lớn nếu chi phí đầu vào quá cao lợi nhuận họ thu được không bù đắp nổi chi phí sẽ dẫn tới tình trạng không trả được nợ, xuất hiện nợ quá hạn, nợ xấu làm cho chất lượng tín dụng giảm sút sẽ là nguyên nhân hạn chế mở rộng tín dụng. Vì vậy ngân hàng cần theo kịp những thông tin thị trường về cung cầu vốn nhằm áp dụng mức lãi suất hợp lý bảo đảm lợi nhuận của ngân hàng nhưng cũng không loại trừ lợi ích của khách hàng và được thị trường chấp nhận.
Tùy vào từng tiêu chuẩn của các HSX mà ngân hàng đưa ra mức lãi suất khác nhau. Với những HSX có quan hệ lâu năm với ngân hàng, vay trả sòng phẳng có tín nhiệm thì ngân hàng có thể cho vay với mức lãi suất ưu đãi hơn, hoặc thời hạn trả nợ không hạn chế, có thể phụ thuộc vào thời gian thu hồi vốn… Những ưu tiên này sẽ thúc đẩy các HSX sử dụng vốn vay có hiệu quả, bảo đảm chất lượng trong quan hệ tín dụng để mối quan hệ này tiếp tục được mở rộng. Với những HSX mới vay vốn lần đầu nếu dự án khả thi thì ngân hàng có thể tạo điều kiện để việc giải ngân được nhanh chóng với những ưu đãi về lãi suất nhỏ hơn và vốn vay lớn hơn các món vay thông thường.