Theo Nghị định số 50/1999/NĐ-CP ngày 8/7/1999 của Chính phủ và Quyết định số 231/1999/QĐ-TTg ngày 17/12/1999 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ hỗ trợ phát triển, bộ máy quản lý và điều hành của Qũy HTPT gốm có: Hội đồng quản lý; Ban
kiểm soát; Tổng giám đốc, các Phó Tổng giám đốc và các phòng, ban nghiệp vụ (cơ quan điều hành).
- Hội đồng quản lý: gồm 05 thành viên, trong đó có 02 thành viên chuyên trách là Chủ tịch và Phó Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc và 03 thành viên bán chuyên trách là đại diện có thẩm quyền (Thứ trường) của Bộ Tài chinh. Bộ Kế hoạch và đầu tư, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
- Ban Kiểm soát: gốm 3-5 thành viên chuyên trách (trừ Trưởng và Phó ban).
- Cơ quan điều hành:
Quỹ có Tổng Giám đốc, các Phó Tổng Giám đốc giúp Tổng Giám đốc vả các Phông. Ban chuyên môn nghiệp vụ. Bộ máy điều hành Quỹ Trung ương bao gồm các Ban, Văn phòng, Trung tâm.
Quỹ Hỗ trợ phát triển ở địa phương là các Chi nhánh Quỹ hỗ trợ phát triển, Sở Giao dịch.
Thủ tướng Chính phủ quyết định bổ nhiệm Hội đồng quản lý, Trưởng ban Kiểm soát, Tổng Giám đốc và các Phó Tổng Giám đốc.
Tổng Giám đốc là đại diện pháp nhân của Quỹ. - Tại các tỉnh, thành phố trực thuộc TW:
Hệ thống Quỹ HTPT có 02 Sở Giao dịch và 59 Chi nhánh tại 62 tỉnh. thành phố trực thuộc TW