doanh có điều kiện chưa thực sự rõ ràng dẫn đến nhiều cách hiểu khác nhau. Ví dụ cụ thể là đoàn Kiểm toán Nhà Nước đã có nhiều quan điểm khác biệt với cơ quan Thuế trong vấn đề hoàn thuế dự án đầu tư, dẫn đến rủi ro cao cho cơ quan Thuế, thiệt thòi cho NNT mặc dù trong đó có những vấn đề trên thực tế hoàn toàn không hợp lý như đòi hỏi về giấy phép đảm bảo an toàn phòng cháy chữa cháy, giấy chứng nhận đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm, xác nhận đảm bảo vệ sinh môi trường, đảm bảo đủ tiêu chuẩn về sao của khách sạn, giấy phép kinh doanh của điện lực …. Rồi vấn đề gia hạn giấy phép xây dựng, giấy
chứng nhận đầu tư, đăng ký bổ sung vốn, hạng mục thi công, thời hạn thi công… đáng lý ra không thuộc chức năng, thẩm quyền của cơ quan Thuế. Ngay cả những công trình của Nhà nước, hàng năm đều được kiểm tra, thanh tra, kiểm toán không phát hiện sai phạm nhưng khi xét hồ sơ hoàn thuế lại kết luận những sai phạm của doanh nghiệp trong các lĩnh vực không thuộc trách nhiệm của cơ quan Thuế và quy trách nhiệm cho cơ quan Thuế như nêu trên.
- Giai đoạn chuyển tiếp trước và sau 1/7/2016 khi Luật số 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ -CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC có hiệu lực thi hành còn chưa quy định cụ thể nên có nhiều vướng mắc liên quan đến việc việc giải quyết hoàn thuế GTGT đối với các trường hợp:
+ Hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu được xác định theo nguồn gốc hàng hoá hay theo chủ thể.
+ Các yếu tố, chi phí để xác định hàng hoá là tài nguyên đã qua chế biến nhưng có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên; thời điểm xác định góp đủ vốn điều lệ của dự án đầu tư.
+ Việc xác định cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi đang trong giai đoạn đầu tư nhưng chưa đi vào hoạt động……
Với các vướng mắc nêu trên, nhiều Cục thuế, doanh nghiệp đã có văn bản gửi Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính. Tuy nhiên nhiều vướng mắc đã được Bộ giao cho Vụ Chính sách Thuế - BTC hướng dẫn hoặc Tổng cục Thuế trả lời nhưng đến nay vẫn chưa được giải quyết hoặc trả lời chung chung không rõ ràng nên khó áp dụng, khó xử lý dứt điểm.