Hiện nay, xu hướng sử dụng hóa đơn điện tử để thay thế cho hóa đơn giấy ngày càng trở nên phổ biến trên thế giới, để phù hợp với thông lệ quốc tế và tạo điều kiện thuận lợi cho các tổ chức, cá nhân trong quá trình sản xuất kinh doanh cũng như tạo thuận lợi cho cơ quan thuế trong công tác kiểm tra, quản lý cần tiếp tục đẩy mạnh công tác tuyên truyền việc sử dụng hóa đơn điện tử.
Cần khuyến khích những đơn vị đang sử dụng khối lượng lớn hóa đơn giấy, những đơn vị đã thực hiện giao dịch điện tử qua ngân hàng và đã thực hiện khai thuế qua mạng internet, những đơn vị hoạt động trong lĩnh vực ngân hàng, viễn thông, điện lực, hàng không… sớm triển khai áp dụng hình thức hóa đơn điện tử. Đồng thời, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hóa đơn điện tử, kết nối dữ liệu trong toàn ngành trên phạm vi cả nước. Bên cạnh đó, thông qua việc quản lý và sử dụng hóa đơn điện tử sẽ tạo thuận lợi, nâng cao hiệu quả, kịp thời, chính xác và rút ngắn thời gian xác minh hóa đơn cho cơ quan Thuế.
3.2.3. Giải pháp về công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế
Hoàn thuế là một trong những vấn đề lớn trong việc thực hiện Luật thuế GTGT. Việc hoàn thuế trong thời gian qua đã có những tác động tích cực, giúp doanh nghiệp phát triển sản xuất, kinh doanh. Tuy nhiên, công tác hoàn thuế vẫn luôn diễn biến phức tạp và tiềm ẩn nhiều rủi ro với nhiều thủ đoạn mới, tinh vi hơn của một số doanh nghiệp, đặc biệt các gian lận nổi lên trong thời gian qua về mua bán hoá đơn GTGT, làm giả hợp đồng, chứng từ thanh toán.... Qua công tác
kiểm tra, đã xử lý nghiêm các sai phạm về thuế. Kết quả kiểm tra không chỉ dừng ở vấn đề tăng thu ngân sách mà còn có tác dụng thúc đẩy, nâng cao hiệu lực và hiệu quả của quản lý thuế đặc biệt là quản lý hoàn thuế GTGT. Nâng cao ý thức trách nhiệm, nghĩa vụ thuế của người nộp thuế trong việc nhận thức được những thiếu sót, sai phạm về thuế, từ đó có biện pháp khắc phục, điều chỉnh những thiếu sót và ý thức chấp hành pháp luật thuế ngày càng nâng cao. Trên cơ sở đó, để làm tốt công tác kiểm tra hoàn thuế cần làm tốt những nội dung sau: