Do ngành vận tải thủy chỉ được phân bổ một lượng vốn hạn hẹp từ ngân sách Nhà nước nên cần ưu tiên nhiều nhất cho việc bảo trì các tuyến đường thủy nòng cốt. Cần nạo vét thường xuyên và bảo vệ các đoạn cong cho sông, đồng thời đảm bảo các tiêu chuẩn kỹ thuật đã ấn định cho cấp sông đó. Theo báo cáo, mỗi năm chỉ đáp ứng được 60% nhu cầu bảo trì, vậy nên ta cần ổn định nguồn kinh phí cho bảo trì luồng lạch. Do đó, ngành cần cố gắng giải quyết công việc tồn đọng bằng việc thiết lập một chương trình bảo trì quy mô lớn cho 10 năm tới. Để chương trình này hiệu quả thì cần dựa vào kết quả tiến hành khảo sát liên tục và thường xuyên các tuyến sông.
Cần ưu tiên công tác bảo trì. Lợi ích từ những luồng tàu được nâng cấp chỉ có thể được thừa nhận khi nó thu hút hoạt động của những phương tiện vận tải đường thủy nội địa lớn hơn và hiệu quả hơn. Chi phí đầu tư vào các phương tiện vận tải thuỷ rất lớn nên nếu các tiêu chuẩn về luồng tàu không được đảm bảo nhờ công tác bảo trì thường xuyên thì các đơn vị vận tải sẽ không đầu tư vào các phương tiện có chất lượng tốt hơn. Đầu tư vào phát triển và nâng cấp luồng tàu sẽ trở nên kém hiệu quả, trừ phi bảo đảm được các tiêu chuẩn. Hiện tại nguồn vốn chi cho công tác bảo trì luồng tàu – chủ yếu cho công tác nạo vét và bảo vệ bờ kè – được trích từ ngân sách nhà nước và không đáp ứng đủ nhu cầu. Dù không có con số ước tính cụ thể nào về khoản chi tối thiểu cần thiết dành cho công tác bảo trì, nhưng ước tính chung là hiện chỉ đáp ứng được 60% nhu cầu.
Có thể thí điểm giao tư nhân quản lý, khai thác một số luồng tuyến đường thủy có mật độ phương tiện hoạt động cao, các tuyến kết nối khu vực Đồng bằng sông Cửu Long với TP Hồ Chí Minh. Việc tư nhân tham gia quản lý luồng tuyến sẽ mang đến nhiều lợi ích, Nhà nước sẽ giảm dần kinh phí đại tu, bảo dưỡng, đầu tư cơ sở hạ tầng, chất lượng
quản lý nhà nước sẽ tập trung vào công tác hoàn thiện thể chế, xây dựng quy hoạch, đưa ra quy định khung để nhà đầu tư tham gia