Do nước ta là một nước có nền nông nghiệp lạc hậu, sản xuất nhỏ lẻ, manh mún, thủ công nên quá trình sản xuất của các HTX tạo ra nguyên liệu ban đầu về chất lượng chưa cao, công nghệ sau thu hoạch vẫn còn lạc hậu. Đây cũng là vấn đề khó khăn lớn nhất nên đòi hỏi phải có sự cố gắng lớn và trong thời gian dài. Đặc biệt là việc áp dụng công nghệ sinh học, khoa học kỹ thuật vào sản xuất.
Về cơ bản sản xuất chè của Việt Nam vẫn là sản xuất nông hộ nhỏ, nguyên liệu chè cung cấp cho chế biến chủ yếu từ các giống chè có chất lượng thấp. Cụ thể, sản xuất chè trong nông hộ chiếm gần 65% về diện tích, quy mô sản xuất nhỏ bình quân khoảng 0,2 ha/hộ. Ðiều này khiến cho chất lượng sản phẩm chè của nước ta không đồng đều và khó đưa khoa học kỹ thuật vào sản xuất tạo ra những sản phẩm chất lượng cao.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, hiện nay, nguyên liệu chè cung cấp cho các nhà máy chế biến chủ yếu từ các giống chè có chất lượng thấp. Có tới 70% số lượng giống chè của Việt Nam chỉ phù hợp cho chế biến chè đen, tỷ lệ giống cho chế biến chè xanh và các chè khác chỉ chiếm 30%. Do cơ cấu giống chưa hợp lý nên hiện nay chè đen vẫn là sản phẩm chủ lực xuất khẩu của Việt Nam với 55% sản lượng, chè xanh chiếm 44%, các loại chè khác chỉ chiếm 1%. Trong khi đó, trên thế giới cơ cấu giống chè đen chỉ chiếm xấp xỉ 10%; giống chế biến được cả chè đen và chè xanh chiếm 44,2%; giống chuyên chế biến chè xanh chiếm 21,2%, giống cho chế biến chè Ô long và các chè cao cấp khác chiếm gần 25%.
Số lượng các doanh nghiệp đầu tư chè chất lượng cao, đáp ứng yêu cầu của thị trường vẫn còn khiêm tốn. Hiện cả nước có 370 tổ chức, cá nhân tham
gia xuất khẩu chè tới 74 quốc gia và vùng lãnh thổ nhưng chủ yếu là sản phẩm thô, giá trị thấp. Trong khi đó, việc tổ chức sản xuất chè giữa các tỉnh có sự chênh lệch lớn, có nơi một ha chè đạt giá trị từ 500 đến 800 triệu đồng/năm, nhưng có nơi chưa đạt đến 100 triệu đồng/ha/năm.
Việc phát triển công nghiệp nặng để chế tạo máy móc để phục phụ công nghiệp chế biến cần được quan tâm, do nền nông nghiệp nước ta hiện nay chưa đủ sức để đảm nhiệm việc đó. Vì vậy, các loại máy móc phục vụ cho công nghiệp chế biến và bảo quản chúng ta vẫn phải nhập từ nước ngoài với giá cao. Hệ thống cơ sở hạ tầng như: Thủy lợi, giao thông, bến cảng, đã được nâng cấp nhưng chưa đáp ứng cho nhu cầu sản xuất và lưu thông. Sản xuất vẫn phụ thuộc vào thiên nhiên dẫn đến hiện tượng bị mất mùa do gặp điều kiện tự nhiên bất thường.
Cơ chế chính sách: Chưa có chính sách đặc thù cho ngành chè, người đầu tư vào cây chè gặp nhiều thiệt thòi hơn so với các ngành khác.