Theo quy định của luật hải quan, hàng nhập khẩu từ nước ngoài về, để nhận được hàng, cần phải theo quy trình làm thủ tục hải quan:
- Khai và nộp tờ hải quan
- Xuất trình hàng hoá để kiểm tra hàng hoá nhập khẩu - Nộp thuế và thực hiện các nghĩa vụ về tài chính
Lên tờ khai hàng nhập là khâu quan trọng trong quá trình làm hàng và nếu như có sai sót thì sẽ bị trả lại và mất thời gian, ảnh hưởng đến quá trình làm hàng. Hiện nay EPI chọn khai báo điện tử vì đây là phần mềm dễ sử dụng và tiết kiệm thời gian.
Khi hàng từ nước ngoài về đến Cảng Hải Phòng, sân bay Nội Bài thì các đại lý sẽ gọi điện và gửi giấy thông báo nhận hàng cho công ty. Nếu hàng về Cảng Hải Phòng thì công ty sẽ cử nhân viên trực tiếp đến đó làm thủ tục hải quan để nhận hàng về đôi khi công ty cũng nhờ các công ty vận chuyển làm luôn thủ tục hải quan cho. Nếu hàng về sân bay Nội Bài thì công ty sẽ nhận được thông báo từ bên vận chuyển, sau khi làm thủ tục hải quan và thông quan xong bên vận chuyển sẽ làm thủ tục khai thác để lấy hàng và phát hàng.
Sau đó, chi cục hải quan sẽ ra quyết định hình thức kiểm tra đối với chủ đối tượng và đối tượng hải quan thông qua hệ thống quản lý rủi ro tự động phân luồng: luồng xanh, luồng vàng, luồng đỏ. Do công ty vẫn chưa thực sự chấp hành tốt pháp luật hải quan, nộp thuế nhập khẩu đầy đủ và đúng hạn nên khi làm thủ tục hải quan, hồ sơ hải quan của công ty thường được phân vào luồng vàng nên sẽ phải kiểm tra chi tiết hồ sơ, không kiểm tra chi tiết hàng hóa. Số tờ khai hải quan được phân vào luồng xanh có xu hướng tăng lên và bị phân vào luồng đỏ của công ty chiếm số lượng rất ít và có xu hướng ngày càng giảm.