Người ta nhận ra rằng, thức ăn chăn nuơi cĩ chứa E.coli thơng qua việc nhiễm phân. Cĩ mối quan tâm đặc biệt vì sự xuất hiện của E. coli O157 vì nĩ cĩ liên quan rõ ràng đến việc bùng phát bệnh cụ thể ở người. Áp dụng bùn trên đồng cỏ gây ra bất đồng quan điểm giữa những người liên quan đến an tồn thực phẩm. Hancock và cộng sự (1998) cho rằng, điều quan trọng là phải phân biệt khái niệm hồ chứa đối với vật chủ ngẫu nhiên liên quan đến nguồn của E. coli O157. Họ khơng thể thống nhất luận điểm rằng, gia súc là lồi chứa vi khuẩn dạng này. Tập đồn Pennington (1997) cũng cho rằng, cần phải đánh giá ảnh hưởng của việc rải bùn trên đất nhưng đã đề xuất đưa ra các biện pháp phịng ngừa với thực trạng này. Do đĩ, sự ơ nhiễm của cỏ đồng cỏ với E. coli O157 từ bùn vẫn là một vấn đề gây tranh cãi.
Các dạng khác của E.coli xảy ra rộng rãi trong thức ăn chăn nuơi. Do đĩ, Lynn và cộng sự (1998) báo cáo rằng, chỉ hơn 30 % mẫu thức ăn chăn nuơi được thu thập từ 13 nhà máy sữa và bốn nhà máy thức ăn chăn nuơi ở Hoa Kỳ đã bị phát hiện nhiễm E. coli, mặc dù E. coli O157 khơng được phát hiện trong bất kỳ mẫu nào trong số này. Trong năm cơng ty sữa, nồng độ E.coli vượt quá 1000 đơn vị hình thành khuẩn lạc/g thức ăn. Các tác giả này cho rằng, cần chú ý đến sự sao chép của E. coli trong thức ăn ẩm và thời gian bảo quản thức ăn. Các nghiên cứu khác ở Hoa Kỳ cũng chứng minh sự xuất hiện của E. coli (khơng phải O157) trong thức ăn chăn nuơi. Jeffrey và cộng sự (1998) đã báo cáo rằng 13 loại vi khuẩn E. colibacteria khơng được phân lập từ 52 mẫu phân gia cầm khơ dành cho thức ăn chăn nuơi bị sữa.