Luật Thanh tra năm 2010 quy định hai loại hoạt động thanh tra là thanh tra hành chính (TTHC) và TTCN với trình tự thủ tục chặt chẽ, nhằm bảo đảm khách quan, cơng khai, minh bạch, hiệu quả, cụ thể, khoản 2, khoản 3, Điều 3 quy đinh:
- TTHC là hoạt động thanh tra của cơ quan Nhà nước cĩ thẩm quyền đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân trực thuộc trong việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn được giao.
- TTCN là hoạt động thanh tra của cơ quan Nhà nước cĩ thẩm quyền theo ngành, lĩnh vực đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên mơn - kỹ thuật, quy tắc quản lý thuộc ngành, lĩnh vực đĩ. TTCNhiện nay chủ yếu là nhiệm vụ phát hiện và xử lý vi phạm với đối tượng là các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp trong mọi lĩnh vực của đời sống kinh tế - xã hội để bảo đảm trật tự quản lý, trong khi đĩ TTHC hướng vào việc chấn chỉnh cơ chế quản lý và bảo đảm thực hiện cơng vụ, sự chấp hành pháp luật trong các cơ quan Nhà nước và đội ngũ cán bộ, cơng chức Nhà nước.
Tuy nhiên trên thực tế, sự phân định này đã khơng cịn nhiều ý nghĩa, phạm vi hoạt động giữa các cơ quan tiến hành
TTHC và TTCNđã trở nên hết sức mờ nhạt. Luật quy định nguyên tắc, trình tự, thủ tục chung cho cả hai loại hoạt động TTHC và TTCN trên thực tế là khơng phù hợp do tính chất khác nhau của hai hoạt động này. Ví dụ: Tính cơng khai và tuân thủ trình tự thủ tục là yêu cầu bắt buộc và nguyên tắc của TTHC tuy nhiên nếu áp dụng cho TTCNsẽ khĩ khăn cho chủ thể thanh tra trong việc kịp thời phát hiện các vi phạm pháp luật của đối tượng thanh tra. Sự phân định thẩm quyền thanh tra giữa các cấp cũng khơng rõ ràng dẫn đến cùng một nội dung cĩ thể xảy ra thanh tra trùng lặp, gây khĩ khăn phiền hà cho đối tượng thanh tra. Chưa kể, giữa TTCN và kiểm tra thường xuyên theo chức năng quản lý Nhà nước cũng cĩ sự lẫn lộn khĩ phân biệt khiến cho hoạt động thanh tra, kiểm tra của các ngành trở nên chồng chéo, liên tục, kéo dài gây ảnh hưởng tới hoạt động của các đối tượng thanh tra, kiểm tra. Người ta cho rằng, TTCNhiện nay về thực chất là hoạt động kiểm tra thường xuyên được tiến hành dưới hình thức pháp lý của một cuộc thanh tra.
Cĩ thể nĩi, chính sự phân biệt giữa TTHC và TTCN, giữa TTCN và kiểm tra thường xuyên theo chức năng quản lý Nhà nước khơng rõ ràng đã khiến cho hoạt động thanh tra, kiểm tra của các ngành trở nên dày đặc, chồng chéo, gây bức xúc cho các đối tượng thanh tra, kiểm tra cũng như mối quan tâm lo lắng của lãnh đạo Đảng và Nhà nước. Mặc dù thời gian qua, các cấp các ngành đã triển khai thực hiện khá nghiêm túc Chỉ thị số 20/CT-TTg ngày 17/5/2017 của Thủ tướng Chính phủ về việc chấn chỉnh hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp phần nào khắc phục tình trạng nêu trên nhưng chỉ là biện pháp tạm thời, thiếu căn bản do hoạt động thanh tra, kiểm tra chuyên ngành được thực hiện trên cơ sở nhiều quy định khác nhau trong các văn bản pháp luật.