Phần lớn các doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu tôm của Việt Nam là doanh nghiệp nhỏ và vừa, do vậy phương thức xuất khẩu chủ yếu được các doanh nghiệp trong nước ưa chuộng áp dụng để xuất khẩu là thông qua trung gian (nhà nhập khẩu nước ngoài). Mặt hàng tôm của Việt Nam xuất khẩu sang EU thường được chuyên chở bằng đường biển và được bảo quản bằng container lạnh và vì phải qua trung gian nên các doanh nghiệp Việt Nam phải chịu chi phí và các khoản phí phát sinh.
Vì là các công ty nhỏ và vừa, đồng thời Việt Nam là nước chấp nhận giá trên thị trường quốc tế nên đa số trong các hợp đồng xuất nhập khẩu các doanh nghiệp Việt Nam bị hạn chế, rủi ro và gặp khá nhiều bất lợi trong các điều khoản hợp đồng như phương thức thanh toán, điều kiện cơ sở giao hàng, thời hạn và đồng tiền thanh toán,…
Theo tập quán thông thường, trong các hợp đồng xuất khẩu mặt hàng tôm Việt Nam sang thị trường EU, điều kiện cơ sở giao hàng trong INCOTERM thường thuộc về nhóm F (FOB, FAS, FCA). Tuy hiện nay các cơ quan ban ngành đang tích cực xây dựng và triển khai đẩy mạnh xuất khẩu theo CIF và nhập khẩu theo FOB nhưng thực tế hầu hết các doanh nghiệp xuất khẩu tôm đều xuất khẩu theo các điều kiện nhóm F. Đặc trưng của các điều kiện nhóm F trong INCOTERM là nhà nhập khẩu (người mua) là người thuê phương tiện chuyên chở để đưa hàng đến cảng nhập khẩu. Việc sử dụng điều kiện nhóm F để xuất khẩu tôm làm hạn chế việc tiếp cận và phát triển nguồn lực trong nước như bảo hiểm, vận tải và các lợi ích khác như chiết khấu hay hoa hồng từ người chuyên chở (hãng tàu).
Về phương thức thanh toán, đa số các hợp đồng xuất khẩu tôm của Việt Nam sang EU sử dụng các phương thức thanh toán như tín dụng chứng từ (L/C), các phương thức thanh toán nhờ thu kèm chứng từ (D/A, D/P) và điện chuyển tiền (T/T).
Theo tập quán thương mại với các đối tác ở EU, hầu hết các hợp đồng xuất khẩu tôm của Việt Nam được thanh toán T/T hoặc D/P trả chậm (ứng trước từ 10 – 20%, sau khi nhận bộ chứng từ gốc thì thanh toán 80-90% còn lại). Điều này gây ra một số rủi ro và khó khăn cho các doanh nghiệp xuất khẩu tôm của Việt Nam như thiếu hụt vốn lưu động, do thời gian vận chuyển và thu hồi công nợ dài (30-45 ngày), rủi ro biến động tỷ giá hối đoái trong bối cảnh kinh tế thế giới có nhiều sự kiện lớn như chiến tranh thương mại Mỹ - Trung hay bất ổn, căng thẳng chính trị diễn ra khắp nơi trên thế giới,...làm tác động rất lớn đến kinh tế toàn cầu.