Bên cạnh những kết quả trên, hoạt động xóa đói, giảm nghèo ở thị xã Mường Lay vẫn còn có một số tồn tại, hạn chế cần phải được khắc phục trong thời gian tới như:
Thứ nhất, kết quả xóa đói, giảm nghèo chưa vững chắc, chênh lệch giàu nghèo chưa được thu hẹp. Mặc dù tỷ lệ nghèo đã giảm nhanh nhưng nhiều nơi tỷ lệ nghèo vẫn còn trên 20%; Tỷ lệ hộ tái nghèo hàng năm còn cao. Mặc dù mục tiêu, giải pháp, kế hoạch đã có, các chính sách hỗ trợ triển khai kịp thời nhưng địa phương vẫn còn lúng túng trong triển khai thực hiện. Kết quả thực hiện xóa đói, giảm nghèo còn hạn chế so với thực tiễn của tỉnh, công tác xóa đói, giảm nghèo cho người dân vẫn còn nhiều khó khăn, nan giải.
Thứ hai, chưa khai thác, huy động được nhiều nguồn lực tại chỗ, chưa phát huy được nội lực trong dân và chính người nghèo; quan điểm trông chờ, ỷ lại vào nguồn vốn ngân sách vẫn còn tồn tại ở địa phương và người nghèo.
Thứ ba, việc phân cấp bố trí kế hoạch cụ thể nguồn lực cho mục tiêu xóa đói, giảm nghèo là hoàn toàn phù hợp, tuy nhiên hiện nay lại thiếu chế tài về cơ chế quản lý, giám sát việc bố trí, sử dụng vốn cho mục tiêu xóa đói, giảm nghèo,
dẫn đến sử dụng nguồn lực cho xóa đói, giảm nghèo chưa hiệu quả.
Thứ tư, sự tham gia của các tổ chức đoàn thể chưa thực sự có hiệu quả, thậm chí các tổ chức đoàn thể hoạt động tự phát hoặc tham gia với vai trò hỗ trợ cho chính quyền mà chưa tích cực chủ động tham gia sâu rộng vào quá trình thực hiện.
Thứ năm, quá trình triển khai thực hiện các chính sách xóa đói, giảm nghèo chủ yếu được thực hiện theo hình thức từ trên xuống với những cơ chế, chương trình, kế hoạch cứng nhắc theo ý chí của cấp ban hành, thiếu sự tham gia của người nghèo và chính quyền cơ sở trong việc xây dựng các chương trình, dự án xóa đói, giảm nghèo.
Thứ sáu, công tác kiểm tra giám sát mặc dù đã được thực hiện thường xuyên nhưng chưa thực sự có hiệu quả. Vai trò của giám sát và đánh giá giải pháp là rất lớn. Tuy nhiên thời gian qua công tác giám sát mặc dù đã được thực hiện nhưng nặng về hình thức, chất lượng thấp, không kịp thời.
Thứ bảy, việc ban hành văn bản hướng dẫn về thực hiện các chương trình, dự án, mô hình hỗ trợ phát triển sản xuất chậm, vì vậy ảnh hưởng đến tiến độ triển khai thực hiện công tác xóa đói, giảm nghèo tại cấp cơ sở. Trong khi đó việc chuyển đổi hình thức hỗ trợ phát triển sản xuất theo mô hình/dự án, tổ nhóm sản xuất là hình thức mới của giai đoạn này, do vậy quá trình triển khai thực hiện tại cơ sở còn vướng mắc.
Hạn chế nhất trong công tác xóa đói, giảm nghèo của thị xã hiện nay đó là kế hoạch thực hiện xóa đói, giảm nghèo xã còn chung chung, chưa có giải pháp đối với từng đối tượng cụ thể (nghèo thu nhập, nghèo thiếu hụt tiếp cận dịch vụ xã hội cơ bản...), chưa gắn các mô hình phát triển sản xuất lồng ghép các nguồn vốn vào kế hoạch xóa đói, giảm nghèo, giải pháp khuyến khích động viên các hộ thoát nghèo. Đặc biệt là vẫn tồn tại tâm lý ỷ lại của một bộ phận người dân trông chờ vào sự hỗ trợ của nhà nước hơn là tìm cách thoát nghèo. Thực tế việc làm đơn “xin vào hộ nghèo” không phải là vấn đề mới lạ ở thị xã Mường Lay hiện nay..