Tại Ngân hàng TMCP Quân đội, bộ phận Kiểm toán nội bộ đ-ợc tổ chức thành 1 phòng kiểm toán nội bộ đặt tại Hội sở chính thực hiện kiểm toán các mảng nghiệp vụ của Ngân hàng theo 2 phân định mảng nghiệp vụ
lớn là nghiệp vụ kế toán tài chính, đầu t-, treasury và nghiệp vụ tín dụng, thanh toán quốc tế. Với số l-ợng 140 đơn vị trong đó 33 chi nhánh cấp 1 và 3 công ty con nh- hiện nay, số l-ợng nghiệp vụ phát sinh tại mỗi đơn vị thành viên lớn, tính chất các nghiệp vụ khác nhau thì việc tổ chức bộ máy kiểm toán hiện nay là ch-a hợp lý. Nhân lực của kiểm toán nội bộ còn quá mỏng ch-a thể đáp ứng đủ yêu cầu kiểm toán của toàn hệ thống Ngân hàng TMCP Quân đội. Chính vì vậy, cần phải mở rộng quy mô hoạt động của phòng Kiểm toán nội bộ hiện nay.
Đội ngũ nhân viên kiểm toán nội bộ đóng vai trò quan trọng đối với chất l-ợng và hiệu quả của hoạt động kiểm toán nội bộ. Ban Kiểm soát phải đảm bảo rằng bộ phận Kiểm toán nội bộ có đủ nhân lực, nhân viên kiểm toán nội bộ có đầy đủ khả năng, điều kiện để đáp ứng các đòi hỏi do tính chất và quy mô công việc đặt ra. Không những thể, Ban Kiểm soát phải áp dụng các biện pháp phù hợp để đảm bảo các cá nhân đ-ợc giao nhiệm vụ kiểm toán nội bộ có các phẩm chất cho phép họ có thể kiểm toán các hoạt động kinh doanh và quy trình nghiệp vụ mới, điều này đặc biệt cần thiết khi xu h-ớng phát triển của Ngân hàng TMCP Quân đội trong thời gian tới là mở rộng các sản phẩm, loại hình kinh doanh đáp ứng những yêu cầu ngày càng cao của nền kinh tế.
Thêm vào đó, trong mô hình tổ chức của Ngân hàng TMCP Quân Đội hiện nay phòng Kiểm toán nội bộ vẫn đang tổn tại song song với Phòng kiểm tra, kiểm soát nội bộ chuyên trách trực thuộc Ban Tổng Giám đốc. Phòng kiểm tra, kiểm soát nội bộ cũng tiến hành kiểm tra các mặt hoạt động của các chi nhánh, phòng giao dịch trong toàn hệ thống gần giống nh- chức năng của kiểm toán nội bộ. Vì vậy, trong thời gian tới Ngân hàng TMCP Quân Đội cần phải nghiên cứu, sắp xếp lại mô hình tổ chức của bộ phận này để tránh tình trạng tổn tại cả hai hệ thống chuyên trách: Kiểm toán nội bộ và Kiểm soát nội bộ dẫn đến sự chổng chéo trong hoạt động, gây lãng phí nguổn lực và kém hiệu quả.