Kiểm toán báo cáo tài chínhĐồng thời với việc bổ sung, chỉnh sửa các quy trình nghiệp vụ đã ban24 29 13 hành trước đây (Quy trình kiểm tra, kiểm soát công tác tài chính, kế toán; quy trình kiểm tra, kiểm soát xây dựng cơ bản; quy trình kiểm tra, kiểm soát hoạt động kho quỹ...), một số quy trình kiểm toán mới đã được nghiên cứu, xây dựng và ban hành (quy trình kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động; Quy trình kiểm toán ngoại hối, quy trình kiểm toán tin học; quy trình thẩm định báo cáo kiểm toán; Quy chế hoạt động của Đoàn kiểm toán; biểu ghi chép các công việc kiểm toán..).
Quá trình xây dựng quy trình kiểm toán đã dựa trên quy định trong các văn bản pháp luật của Nhà nước, của Ngân hàng Nhà nước, kết hợp với tham khảo các quy định của ngân hàng Trung ương một số nước trên thế giới đang áp dụng. Hiện nay, về cơ bản các quy trình kiểm toán được xây dựng trên nguyên tắc quy định đầy đủ các bước của quy trình kiểm toán theo thông lệ chung (chuẩn bị kiểm toán, thực hiện kiểm toán, lập báo cáo kiểm toán, theo dõi thực hiện kiến nghị sau kiểm toán) tạo hành lang thuận lợi cho việc chỉ đạo và triển khai thực hiện kiểm toán tại các đơn vị thuộc Ngân hàng Nhà nước.
Năm 2004, Ngân hàng Nhà nước đã ban hành sổ tay kiểm toán nội bộ trên cơ sở hệ thống hoá các văn bản quy phạm pháp luật, các quy trình kiểm toán và một số tài liệu về kiểm toán nội bộ ngân hàng Trung ương các nước. Cuốn sổ tay bao gồm 3 phần: văn bản quy phạm pháp luật về hoạt động kiểm soát, kiểm toán nội bộ; các quy trình kiểm toán đối với các mặt nghiệp vụ; tài liệu tham khảo.
Sổ tay kiểm toán nội bộ đã trở thành cuốn cẩm nang đối với kiểm soát viên và cán bộ làm công tác kiểm soát. Đối với cán bộ quản lý, cuốn sổ tay đã cung cấp các thông tin tham khảo về cách tiếp cận hệ thống kiểm soát nội bộ và kiểm toán nội bộ ngân hàng Trung ương theo chuẩn mực quốc tế.