Hệ thống tổ chức thị trường, mô hình và cấu trúc thị trường ngày càng được nâng cấp phát triển.
Cấu trúc TTCK Việt Nam ngày càng được hoàn thiện với sự ra đời của Trung tâm Giao dịch Chứng khoán Hà Nội vào năm 2005 (nay là HNX) và Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam (VSD) năm 2006.
TTCK còn ghi nhận một sự kiện mới vào năm 2009, đó là việc tổ chức thị trường trái phiếu Chính phủ chuyên biệt. Đây là thị trường đóng vai trò then chốt trên thị trường trái phiếu, nhằm đáp ứng hai mục tiêu là kênh huy động vốn hiệu quả cho ngân sách nhà nước, hỗ trợ công tác phối hợp điều hành chính sách tài chính - tiền tệ của Chính phủ và góp phần củng cố hình ảnh, độ tín nhiệm của Việt Nam trên thị trường tài chính quốc tế.
Các SGDCK, VSD đã thực hiện chức năng giao dịch, lưu ký, thanh toán chuyển giao chứng khoán thông suốt, an toàn. Đồng thời, chú trọng phát triển công nghệ thông tin, nguồn nhân lực, quản trị nội bộ và cung cấp các sản phẩm, dịch vụ đa dạng cho thị trường. Theo đó, cho phép rút ngắn thời gian thanh toán, cắt giảm và đơn giản hóa các thủ tục đăng ký, lưu ký chứng khoán, đăng ký niêm yết, đăng ký giao dịch chứng khoán. Thời gian thanh toán giao dịch trên thị trường giao dịch chứng khoán cơ sở đã giảm từ T+3 xuống T+2. Cơ chế bù trừ đối tác trung tâm (CCP) đã được triển khai từ tháng 8/2017 cho TTCK phái sinh, đảm bảo hoạt động bù trừ, thanh toán thông suốt cho thị trường này; việc chuyển chức năng thanh toán tiền giao dịch Trái phiếu chính phủ sang Ngân hàng Nhà nước được triển khai từ
tháng 8/2017 đã đáp ứng yêu cầu về an toàn thanh toán trên thị trường trái phiếu chính phủ.
Ngày 23/12/2020 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 37/2020/QĐ- TTg về việc thành lập và tổ chức hoạt động của Sở giao dịch chứng khoán Việt Nam (VNX) trên cơ sở sáp nhập Sở giao dịch chứng khoán Hà Nội và Sở giao dịch chứng khoán TP.Hồ Chí Minh đã đánh dấu một cột mốc mới trong quá trình phát triển TTCK Việt Nam. Sở giao dịch chứng khoán Việt Nam ra đời làm thống nhất về mô hình tổ chức, cơ chế, chính sách, tư duy phát triển và hạ tầng công nghệ thông tin phục vụ thị trường.
Đặc biệt, sự ra đời của Sở giao dịch chứng khoán Việt Nam sẽ thống nhất các mảng TTCK Việt Nam còn phân tán. Từ đó tăng quy mô, vị thế của thị trường chứng khoán Việt Nam, hội tụ đủ tiêu chuẩn để hội nhập và liên kết quốc tế, thu hút mạnh mẽ hơn vốn đầu tư trong nước và nước ngoài.