Thứ nhất, thách thức về tài chính: Các dự án phát triển năng lượng
dài và các hạn chế về sử dụng đất. Năng lượng sinh khối có chi phí khơng phải là thấp hơn so với các phương pháp sản xuất điện khác do cần có hệ thống vận hành với nhiều cơng nghệ hiện đại có giá thành cao, cùng với đó là cần một khơng gian rộng lớn để thực hiện các dự án. Do đó sẽ gây áp lực tài chính và ảnh hưởng rất lớn đến lợi nhuận từ dự án đầu tư, gây khó khăn trong việc thu hút đầu tư vào nguồn năng lượng này. Hơn nữa, việc nhiều nhà đầu tư
Nhật Bản, bao gồm Cơ quan Hợp tác Quốc tế Nhật Bản, Ngân hàng Hợp tác
Quốc tế Nhật Bản và Tập đoàn Ngân hàng Sumitomo Mitsui của Nhật Bản đều ủng hộ các dự án năng lượng tái tạo ở nước ngoài. Trong khi đó, các khoản đầu tư vào các dự án năng lượng xanh của nước này đang bị đình trệ.
Thứ hai, về hệ thống lƣới điện: Lưới điện của Nhật Bản đã khơng có sự nâng
cấp trong suốt hơn 30 năm qua. Không giống với các nước công nghiệp khác, Nhật Bản khơng có một lưới điện quốc gia thống nhất mà có 2 lưới điện riêng biệt, một ở phía Đơng, một ở phía Tây Nhật Bản. Điện thế tiêu chuẩn là 100 V nhưng hai lưới điện lại có tần số khác nhau. Mạng ở phía Đơng Nhật Bản có tần số 50 Hz, cịn mạng ở phía Tây lại có tần số 60 Hz. Hai lưới điện này được nối với nhau ở 3 trạm biến tần. Đó là trạm biến tần Higashi- shimizu, trạm biến tần Shin Shinano và trạm biến tần Sakuma. Tuy nhiên những trạm này chỉ có cơng suất chuyển đổi là 1 GW. Khi động đất và sóng thần xảy ra ở miền Đông Bắc Nhật Bản năm 2011, làm cho 11 lị phản ứng phải đóng cửa cũng có nghĩa là thiếu hụt đi 9,7 GW điện ở phía Đơng thì 3 trạm biến tần trên chỉ có thể đáp ứng chuyển đổi được 1/10 lượng điện mà phía Đơng đang thiếu hụt.
Thứ ba, thách thức trong việc giải phóng mặt bằng: Vấn đề giải phóng mặt
bằng và chuyển đổi đất nơng nghiệp sang đất cơng nghiệp, cũng như những khó khăn trong việc kết nối điện mặt trời với lưới điện quốc gia. Sự bất cập của các chính sách khiến cho tỷ lệ triển khai các dự án điện mặt
trời lớn chỉ đạt 20% so với đăng ký. Chính Phủ Nhật Bản khơng quy định rõ thời hạn bắt buộc hoàn thành dự án khi nhà đầu tư đăng ký, những bất ổn liên quan đến giá mua điện dẫn đến tâm lý của các nhà đầu tư là đợi giá thiết bị sản xuất điện giảm để hạ chi phí đầu vào, chính điều này làm giảm tốc độ phát triển của các dự án đầu tư.
Thứ tƣ, trở ngại về địa lý: Nhật Bản bao gồm 6.850 hòn đảo, trong khi 70%
lãnh thổ là miền núi. Do là một hòn đảo nên lưới điện của Nhật Bản cũng bị cô
lập với các nước khác. Nó được phân đoạn và bao gồm nhiều lưới điện nhỏ hơn với kết nối yếu. Việc cân bằng cung cầu cần được duy trì ở từng lưới điện nhỏ, điều này càng thách thức quá trình chuyển đổi sang năng lượng tái tạo ở quốc gia này. Các nhà phát triển ở Nhật Bản phải chú ý hơn đến nguy cơ động đất và bão. Ở Nhật Bản, gió cũng có xu hướng yếu hơn và quần đảo này được bao quanh bởi vùng nước sâu hơn 50 mét, gây khó khăn cho việc neo các tuabin gió xuống đáy biển. Việc sản xuất điện từ năng lượng gió khơng thể ổn định ở một mức độ nào đó, điều này là khó tránh khỏi do điều kiện thời tiết bản địa.
Thứ năm, thiếu thiết bị, công nghệ cao: Một yếu tố quan trọng khác làm tăng
chi phí là vẫn chưa có ngành cơng nghiệp hỗ trợ phát triển tốt cho gió ngồi khơi như thiếu tàu, các tàu xây dựng phải được đưa từ châu Âu sang làm đội chi phí lên cao hơn rất nhiều. Hơn nữa, các nhà thầu phải cạnh tranh trong các cuộc đấu giá để giành được các dự án, cùng với đó là việc thiếu chuỗi cung ứng trong nước vì Nhật Bản khơng có nhà sản xuất tuabin gió lớn. Hitachi và Mitsubishi Heavy Industries từng sản xuất chúng, nhưng đã rút khỏi hoạt động kinh doanh và hiện tại cũng khơng có nhà sản xuất nước ngồi nào có nhà máy ở Nhật Bản nên tất cả phải nhập khẩu từ nước ngồi, đẩy chi phí lên cao, điều này dẫn đến giảm lợi nhuận, gây khó khăn trong việc thu hút đầu tư.
Thứ sáu, thiếu sự liên kết giữa các công ty điện lực: Việc các công ty điện lực lại
thiếu sự liên kết với nhau dẫn đến công suất phát điện bị giới hạn do nhu cầu tiêu dùng điện trong từng khu vực. Việc cài đặt các tuabin gió ở tất cả các khu vực trong phạm vi 10.000 kW/km2 cũng gặp khó khăn và do đó tiềm năng thực tế sẽ thấp hơn nhiều so với tiềm năng lý thuyết. Có thể nói Nhật Bản khơng phải là nước có điều kiện thích hợp để phát triển năng lượng gió, bởi vì có rất ít các khu vực khả thi để xây dựng các tuabin gió trên đất liền và vùng biển q sâu khơng thể xây dựng các tuabin gió ngồi khơi. Gần đây, các dự án cài đặt tuabin gió mới đã giảm do khả năng kết nối lưới điện không được cải thiện, hạn chế về địa điểm, sửa đổi luật xây dựng vào năm 2008, và nhu cầu tồn cầu đối với các nhà máy điện gió đã tăng thêm gánh nặng cho ngành công nghiệp năng lượng gió. Kết quả là thị trường năng lượng gió tại Nhật Bản vẫn bị trì trệ.
Năng lượng tái tạo có tỷ trọng vẫn thấp trong tổng nguồn cung điện quốc gia là do Nhật Bản đã chậm chân hơn so với nhiều nước trên thế giới trong việc đầu tư vào lĩnh vực năng lượng tái tạo do Nhật Bản đã không chú ý đến các xu hướng trên thế giới trong một thời gian dài, như sự giảm mạnh về chi phí sản xuất năng lượng tái tạo và sự chuyển dịch cần thiết sang nền kinh tế phi carbon hóa để theo đuổi mục tiêu phát triển kinh tế bền vững, bảo vệ mơi trường, ứng phó với hiện tượng BĐKH đang diễn ra trên phạm vi tồn cầu. Để có thể thúc đẩy ngành cơng nghiệp này phát triển, rất cần có những chính sách phù hợp, những hành động quyết liệt để thu hút đầu tư, nâng cao hiệu quả đầu tư, tạo những bước đột phá trong việc phát triển NLTT vì mục tiêu phát triển kinh tế bền vững ở Nhật Bản.